Le 20 août 636, la bataille de Yarmuk sonne le glas de la Palestine.
Jérusalem est sans doute prise en 638, sans effusion de sang. Appelée Aelia dans les récits musulmans de l’époque, la ville n’est pas pour eux un point stratégique dans l’avance des armées. Il n’existe pas de récits de témoins directs. Un récit de cette prise est donné par deux historiens contemporains, Baladhuri et Ya’qubi, et repris ensuite par l’historien musulman Tabari, mort en 923 [2].
Voici le récit de Ya’qubi: "Omar vint dans la région de Damas, puis il arriva à la Ville Sainte, la prit sans bataille et envoya aux habitants le message suivant: 'Au nom de Dieu, charitable et miséricordieux. Voici un écrit d’Omar ibn al-Khattab aux habitants de la Ville Sainte. Il vous garantit que votre vie, vos biens et vos églises ne seront jamais pris ni détruits, aussi longtemps que votre attitude ne sera pas à blâmer.' Ceci fut confirmé par des témoins."
L’invasion musulmane favorise le retour des Juifs et met fin aux tourments que leur infligent les Chrétiens. Omar garantit bien la liberté individuelle et religieuse aux Chrétiens et aux Juifs.
Les Juifs ont amorcé leur retour dans la ville pendant le court règne perse, à la fin de la période byzantine. Après 638, les interdits les frappant sont abolis. Ils sont officiellement autorisés à se réinstaller à Jérusalem pour la première fois depuis 135, et à vivre à nouveau à l’intérieur de la ville [3].
Le calife Omar demande aux Juifs où ils veulent s’installer. Ils décident d’avoir leur quartier au sud de la ville, à côté du site du Temple et près des piscines de Siloam, qu’ils peuvent utiliser pour leur bain rituel. La communauté juive construit des synagogues et des centres d’étude. En 661, il existe une synagogue située sur le Mont du Temple. Les Juifs ont toute liberté et bénéficient de l’aide des Musulmans. Ils projettent de reconstruire le Temple de Salomon à l’endroit appelé le Saint des Saints.
Omar proclame la colline du Temple lieu de prière. Dans la tradition de l’Islam, Jérusalem est la ville où Mahomet, dans sa vision nocturne, est transporté sur son légendaire coursier. Et son ascension au Ciel aurait eu lieu à partir du site du Temple juif. Jérusalem est également reconnue comme Ville Sainte par l'Islam, puisque consacrée par les deux religions prenant racine dans la Bible - le Judaïsme et le Christianisme - considérées par les Musulmans comme précédant l’Islam.
Cependant la Ville Sainte n’est qu’une ville de province, dans un royaume dont les capitales sont successivement Damas, Bagdad, Le Caire ou Constantinople. Trois dynasties se succèdent: le dynastie ommeyade, la dynastie abbasside et la dynastie fatimide.
= = La dynastie ommeyade (650-750)
Sous la dynastie omeyyade, Israël devient une province du vaste empire musulman. Jérusalem n’est ni capitale ni centre culturel. Abd al-Malik fait bâtir le Dôme du Rocher en 691 et 692. Son fils Al-Walid fait construire la mosquée al-Aksa entre 705 et 715. Le nombre d’habitants de Jérusalem, qui était de quatre-vingt mille pendant la période byzantine, décroît énormément. La capitale devient Emmaüs. Plus tard, à cause d’une épidémie de peste, Suliman, le deuxième fils d’Abd al-Malik, désigne Ramleh comme capitale provinciale et centre commercial.