D’ailleurs l’hetman de « l’armée Zaporogue » avait pris, de fait, la place d’un chef d’état. Les colonels cosaques étaient les véritables gouverneurs des « régiments » ou territoires qui se divisaient l’Ukraine et dans lesquels ils commandaient non seulement les cosaques, mais aussi la population paysanne, dont c’était le devoir de maintenir le régiment. Les municipalités, les communautés religieuses et la noblesse privilégiée étaient elles aussi sous le protectorat et le contrôle du colonel. Les régiments se subdivisaient en sotnia avec un centurion à la tête. Enfin dans les communes les chefs cosaques de concert avec les maires, choisis par la population civile, administraient les affaires.

C’est cette organisation en cercles, à la fois militaires et politiques, qu’on désirait compléter, mettre au point et étendre sur toute l’Ukraine, voire même au territoire blanc-russien, qui semblait bien faire partie de la « Petite Russie » — à tout le ressort du métropolite de Kiev.

Mais les desseins du gouvernement russe étaient tout autres. L’union devait être, selon lui, le commencement d’une incorporation réelle à la Moscovie, à titre de simples provinces, de toutes les contrées de l’ancien royaume de Kiev, qui restaient encore sous la suzeraineté de l’état lithuano-polonais.

En Ukraine même, il consentait à reconnaître l’autonomie de l’armée cosaque, mais les autres couches de la population devaient dépendre immédiatement du tzar, l’église ukrainienne se soumettre au patriarche de Moscou, les impôts être établis et perçus par les agents du fisc moscovite, etc. On était prêt à faire quelques concessions d’un caractère provisoire eu égard à la personne de l’hetman Chmelnytsky, mais on ne voulait point entendre parler de sanctionner constitutionnellement l’état de choses créé en Ukraine par les guerres de l’indépendance.

L’opposition entre les tendances centralistes et autocratiques de la Moscovie et les visées autonomes et républicaines des Ukrainiens se fit déjà sentir dans la réponse du tzar aux « articles » présentés par les envoyés. Il faisait sur certains points des concessions considérables (ainsi l’hetman conservait le droit d’entretenir des relations avec les puissances étrangères) mais, en général, l’autonomie de l’Ukraine était réduite le plus possible. L’hetman en fut si peu satisfait qu’il tint ce document secret, comme il l’avait fait auparavant pour le traité de Zborov.

Ces divergences se manifestaient encore davantage dans la pratique. Les voïvodes moscovites, qui avaient amené en Ukraine les troupes de renfort depuis longtemps désirées, refusèrent de se placer sous le commandement de l’hetman et conservèrent leur liberté de mouvement. Sans demander son autorisation, ils édifièrent à Kiev leur propre forteresse, ne se souciant d’aucune autorité ou de droits acquis et y tinrent garnison sans vouloir reconnaître aucun pouvoir supérieur. De pareils voïvodes allaient paraître dans d’autres villes.

Les troupes, envoyées au secours de l’hetman pour délivrer les pays ukrainiens occidentaux du joug de la Pologne, s’appliquèrent à soumettre ces contrées à la suzeraineté immédiate du tzar, de sorte que Chmelnytsky jugea nécessaire d’en finir le plus tôt possible avec cette expédition. En Russie Blanche, où les voïvodes opéraient de concert avec les cosaques, ils ne permirent pas à ces derniers d’y établir leurs organisations habituelles, mais insistèrent pour que les pays occupés passassent immédiatement sous l’administration des autorités moscovites.

Le mécontentement qui en résulta, poussa les chefs politiques ukrainiens à chercher ailleurs un autre appui, puisque le tzar se montrait beaucoup trop exigeant pour un allié et protecteur. La Suède et la ligue protestante dont elle faisait partie : Transylvanie-Brandebourg-Suède, semblaient être des alliés tout désignés. Les cosaques avaient déjà eu anciennement des relations avec la Suède, qui avait essayé de les gagner pour entreprendre des opérations communes pendant les nombreuses contestations dynastiques et territoriales que ce pays avait eues avec la Pologne. Aussi Chmelnytsky décida-t-il de s’aboucher avec le gouvernement suédois, mais il n’y réussit guère tant que régna la reine Christine, peu encline à s’immiscer dans les affaires de la Pologne. Au contraire, son successeur Charles X, dès son accession au trône (1654), décida de profiter des difficultés qui résultaient pour la Pologne de sa guerre avec l’Ukraine. Il fit proposer à Chmelnytsky d’agir de concert, lui conseillant de ne point avoir confiance en la Moscovie, mais plutôt de rompre avec elle, car le régime autocratique du tzar ne tolérerait jamais qu’un peuple libre vécût sous sa suzeraineté, qu’il était incapable de tenir ses promesses et qu’en conséquence les cosaques marchaient à l’assujettissement.

Au premier abord les Ukrainiens montrèrent peu de penchant à renoncer définitivement à leur alliance avec la Moscovie qui leur avait coûté tant de peines à obtenir et Chmelnytsky essaya au début de persuader Charles de ne pas rompre avec la Moscovie et de ne pas obliger l’Ukraine à le faire. Évidemment l’idée des hommes politiques ukrainiens était de faire de leur pays un état neutre sous la protection de la Moscovie, de la Suède, et peut-être aussi de la Turquie, avec qui Chmelnytsky, après avoir prêté serment à la Moscovie, avait renoué les anciennes relations. Mais était-ce possible de rester longtemps neutre entre la Moscovie et la Suède ? Il fallut choisir.

Quand les Suédois, favorisés par la chance, se furent emparés de tout le nord de la Pologne, celle-ci employa tous les moyens pour amener une guerre entre la Moscovie et la Suède. On fit briller aux yeux du tzar l’espoir d’être élu roi de Pologne et d’accroître ainsi considérablement ses états. De cette façon on parvint à signer un armistice avec la Moscovie qui, sans régler définitivement ses rapports avec la Pologne, entra en guerre contre la Suède. Toutes ces négociations s’étaient passées à l’insu du gouvernement ukrainien, qui ressentit comme une offense cette paix conclue avec son ennemie derrière son dos.