La Moscovie poursuivait toujours sa politique centralisatrice et profitait de toutes les occasions pour restreindre l’autonomie ukrainienne. A chaque élection de l’hetman on renouvelait les pactes fixant les rapports de l’Ukraine à la Moscovie — à cette époque-là cela se faisait sous la forme d’un traité international — et les représentants du tzar y introduisaient chaque fois de nouvelles restrictions.
Lorsque le métropolite de Kiev mourut, en 1684, le gouvernement moscovite réussit à obtenir de l’hetman, qu’on élirait à sa place un homme qui reconnaîtrait l’autorité du patriarche de Moscou, et puis, par l’intermédiaire de la Porte, on obligea le patriarche de Constantinople à sanctionner cet état de choses.
Toutes ces immixtions dans la vie ukrainienne n’étaient pas sans exciter du dépit. Les Moscovites, en effet, étaient considérés comme des barbares : leurs mœurs plus rudes, les formes sévères de leur vie publique, l’atrocité de leurs châtiments corporels, l’affreux bannissement en Sibérie, tout cela provoquait l’horreur et la répugnance.
Néanmoins, la population n’avait plus de force de résistance et les gens au pouvoir, les hetmans eux-mêmes, Samoïlovitch et puis Mazeppa, prenaient soin de rester en bons termes avec le gouvernement moscovite et de s’assurer son appui, afin de bien tenir en mains la population ukrainienne. De leur côté, les agents du tzar, instruits par l’insurrection de 1668, se gardaient bien d’exciter les susceptibilités par des immixtions trop brusques et faisaient exécuter leurs desseins politiques par des mains ukrainiennes.
C’est ainsi que se passa cette période de 40 ans, qui marqua l’affaiblissement graduel des libertés du pays, tout en laissant à la vie nationale des possibilités de développement. Le résultat s’en manifeste au tournant du siècle, à l’époque de Mazeppa (1687–1709), quoique tout se préparât déjà dans les vingt années précédentes, au temps de Mnohohrichny et de Samoïlovitch.
Les chefs des cosaques commençaient à former une aristocratie, quoique sans prérogatives légalement définies. Convaincus de leur impuissance contre la politique moscovite, ils cherchent à conserver l’autonomie du pays par des voies pacifiques. Au lieu de heurter de front leurs protecteurs, ils se servent de leur aide pour consolider leur propre position sociale et leurs droits sur les terres qu’ils avaient occupées, ainsi que sur les populations qui venaient s’y installer.
C’est, en effet, sur ces territoires que s’arrêtait le flot des fuyards venant, comme nous l’avons vu, de la rive droite du Dniéper. L’aristocratie cosaque essaya de prendre le rôle, sous une forme quelque peu mitigée, de la noblesse polonaise. La vie se reconstruisait ici sur les principes du droit polonais, principalement sur les prescriptions du deuxième statut lithuanien et sur le code de droit municipal (droit de Magdebourg), qui restaient en usage dans les tribunaux locaux, à défaut d’une codification du droit national.
Ces prétentions sociales des officiers cosaques excitaient la méfiance de la population et cette méfiance paralysait toutes les tentatives qu’on aurait pu faire contre la politique du gouvernement de Moscou. Celui-ci tirait avantage de ces discordes : il ne se faisait pas faute de menacer ouvertement ce nouveau patriciat de soulever contre lui les populations, au cas où il s’engagerait dans la voie de l’opposition. Mais en même temps, il encourageait les tendances nobiliaires des chefs cosaques, car elles se trouvaient en accord avec la structure sociale de l’état moscovite, pour qui une classe de paysans libres était une perpétuelle menace et parce que l’asservissement des populations entretiendrait en Ukraine des luttes intestines, qui feraient oublier les aspirations nationales.
Les hetmans choisis par les chefs cosaques, Samoïlovitch et Mazeppa, étaient en quelque sorte les champions de leur programme social. La Sitche, où s’assemblait toujours tout ce qu’il y avait de plus radical et de plus intransigeant dans la nation, formait opposition, mais elle n’était plus en état de mener une lutte active contre « le nouvel asservissement ». La tentative de Petryk Ivanenko, figure intéressante, qui, à la fin du XVIIe siècle, voulut « renouveler l’œuvre de Chmelnytsky », ne put y trouver un appui efficace.
Cette dangereuse évolution intérieure sapait à la base l’épanouissement intellectuel et national qui marqua cette époque. L’hetmanat de Mazeppa est remarquable à cet égard.