En 1464 enfin, Timbouctou est conquise par le puissant roi du Sonrhay Sonni Ali et presque complètement détruite ; une partie des habitants sont, dit-on, cruellement massacrés. A partir de cette époque, Timbouctou demeure incorporée au royaume du Sonrhay, jusqu’à sa conquête par les Marocains.
Sous Sonni Ali commencèrent également les premières relations avec les États chrétiens, car le roi Jean II de Portugal envoya une ambassade au roi du Sonrhay. Sonni Ali se noya dans une rivière en revenant d’une expédition entreprise contre les Foulbé, alors établis au sud de son pays.
Le fils d’Ali, monté sur le trône, fut vaincu par un lieutenant de son père qui avait rassemblé une armée autour de lui ; cette mort mit fin à la dynastie. Cet indigène du Sonrhay, Mouhamed abou Bakr, monta sur le trône avec le titre de « chalif el-Moslemin » et se nomma le roi Askia. Il entreprit le voyage de la Mecque et se fit reconnaître officiellement comme chalifa du Sonrhay. Au cours de son long règne, Askia entreprit des expéditions nombreuses dans toutes les directions et augmenta la puissance du royaume. Mais son fils Askia Mouça se révolta contre lui et le força en 1529 à abdiquer. Les successeurs de ce grand prince ruinèrent peu à peu le pays par des guerres continuelles, et dès 1584 le danger parut imminent du côté du Maroc. Le sultan Mouley Hamid envoya une grande armée, qui périt, il est vrai, presque tout entière, mais lui donna les salines de Teghasa. En 1588 les Marocains, commandés par Bacha Djodar, reparurent. Ce chef arriva à Timbouctou et éleva une kasba dans le quartier des Rhadamèsiens ; il fut plus tard remplacé par Mahmoud Bacha. Le dernier roi du Sonrhay fut enfin battu ; il s’enfuit chez des païens dont il avait autrefois envahi le pays et fut tué.
Ce fut la fin de ce puissant empire, qui avait étendu sa domination des pays du Haoussa jusqu’à l’océan Atlantique, et de Mosi jusqu’au Touat.
Les Marocains mirent alors des garnisons dans Timbouctou, Djinni et Bamba ; ils cherchèrent à fortifier leur domination par des mariages avec des indigènes, et parmi leurs descendants on compte encore les Rami, dont j’ai parlé et dont fait partie le kahia actuel de Timbouctou.
En 1603 mourut Mouley Hamed el-Mansour, sultan du Maroc et conquérant du Sonrhay ; son jeune fils Sedan lui succéda. Timbouctou avait repris une importance considérable, que des troubles intérieurs vinrent bientôt compromettre. En 1640 la ville fut inondée par une crue du Niger.
Cependant des troubles éclataient aussi au Maroc, et les sultans ne furent bientôt plus en état de tenir concentré dans leurs mains un empire aussi étendu. En 1680 Timbouctou est conquis par les Mandingo, qui sont peu à peu chassés à leur tour par les Touareg, de sorte que la ville redevient plus ou moins indépendante, car ces nomades ne s’y établiront jamais, et se borneront à y prélever des impôts. Cette situation paraît avoir duré jusqu’au début de ce siècle. En 1805 et 1806, Mungo Park suivit le Niger et traversa Kabara.
En 1826 les Foulbé du Moassina devinrent enfin assez puissants pour occuper Timbouctou et en chasser les Touareg. C’est également à cette époque que le major Laing vint à Timbouctou ; mais il en fut expulsé par les Foulbé, et, après avoir été dépouillé et blessé par les Touareg, il fut assassiné sur le chemin d’Araouan, à l’instigation du cheikh des Berabich. La même année mourut également le grand cheikh Sidi Mouhamed el-Bakay ; son fils, le cheikh el-Mouktar, lui succéda à Timbouctou. Caillé demeura dans cette ville du 10 avril au 3 mai 1828 ; pendant les années suivantes, les Foulbé y pénétrèrent en grand nombre ; c’est de là que datent leurs querelles presque ininterrompues avec les Touareg. Ceux-ci les vainquirent complètement en 1844 et les chassèrent de la ville. En 1855, après le retour de Barth, les Foulbé entreprirent une grande guerre contre les Touareg. Dès le temps de Barth, leur influence n’était pas sans importance ; son protecteur, le cheikh el-Bakay, s’appuyait, comme on sait, sur les Imocharh.
Peu après que Barth eut quitté Timbouctou, un nouvel ennemi apparut pour le pays et pour la ville : c’était le célèbre Hadj Omar. Ce chef de la race des Fouta, qui habite au Sénégal, revint en 1854 ou 1855 d’un pèlerinage à la Mecque et éprouva le besoin de jouer un grand rôle. Il voulut d’abord se donner pour le Christ revenu sur terre, puis il se contenta de la situation prise par le Prophète. Il avait entendu parler du célèbre cheikh arabe Abd el-Kader et avait vu les Foulbé fonder de puissants empires ; il voulut, lui aussi, mettre en honneur le nom des Fouta. Il entreprit donc une guerre de religion en armant ses nombreux esclaves ; ses compatriotes, avides de butin et guerriers comme ils étaient, le suivirent sans difficulté, et, le Coran dans une main, l’épée dans l’autre, il commença ses conquêtes. Il eut bientôt une armée de 20000 aventuriers pillards et fanatisés, et la jeta d’abord sur les pays noirs du Bambouk, pour convertir les Mandingo. Elle y commit les atrocités les plus horribles et anéantit tout, de sorte que, aujourd’hui encore, certains pays ne se sont pas relevés des brigandages de Hadj Omar. Il se dirigea alors vers le haut Sénégal et menaça même Ségou, alors capitale des Nègres bambara, qui avaient conservé le paganisme avec le plus grand entêtement. Mais il en fut repoussé, se rabattit sur le pays de Kaarta et le mit à sac ; les Nègres bambara qui survécurent furent forcés d’embrasser l’Islam. Hadj Omar revint alors dans le pays des Fouta, chargé d’un immense butin, et voulut faire de cette contrée le centre d’un grand empire. Ses tentatives pour chasser les Français du Sénégal ayant échoué, il se tourna vers Timbouctou. Uni avec les Foulbé, aussi fanatiques que lui, il envoya une petite armée de 4000 hommes contre la ville, avec mission d’exiger un tribut.
Le cheikh el-Bakay abandonna Timbouctou, mais força bientôt, avec l’aide des Touareg et des nombreuses tribus arabes des environs, les représentants et les troupes de Hadj Omar à se retirer. A la suite de cette retraite, Hadj Omar revint lui-même avec une grande armée de Fouta, au début de l’année 1863, et, soutenu par les Foulbé, arriva devant Timbouctou. A l’approche de Hadj Omar, el-Bakay et les Touareg quittèrent le camp dressé au sud de la ville, et le chef fouta, aussi fanatique que pillard, put y entrer et la faire piller. Mais à peine ses soldats s’étaient-ils dispersés dans Timbouctou, que les Arabes et les Touareg y pénétrèrent de tous côtés, et l’inondèrent du sang des Fouta ; Hadj Omar ne put s’échapper qu’avec une faible partie de ses forces.