Cette nouvelle ère de prospérité sera bien courte ; de nouvelles complications intérieures se produiront en Chine et au Thibet, et les missionnaires seront les premiers à en ressentir les contrecoups.
Durant ces troubles qui agitent Chinois et Thibétains, la mission subit une grande perte dans la personne de M. Renou. Charles-Alexis Renou, du diocèse d’Angers, Lou (en chinois) qu’on a surnommé à juste titre le « Père de la mission du Thibet », s’éteint à Kiang-ka en 1863. Il a été enseveli près de cette ville à l’ombre d’un rocher, sentinelle dressée à l’entrée de cette contrée ingrate à laquelle il a donné sa vie sans pouvoir la conquérir à la foi.
La mort de M. Renou est bientôt suivie de la perte de Bonga. Attaquée en 1864 et défendue avec héroïsme par Desgodins, la colonie est définitivement détruite l’année suivante.
Le légat chinois, acheté par les grandes lamaseries au prix de vases pleins de pièces d’or (c’est sous cette forme que sont donnés les pots de vin au Thibet), a apposé sa signature à l’ordre de destruction.
A Pékin, la légation française ne fait rien pour obtenir une réparation ; c’est à peine si on envoie aux missionnaires un passeport pour M. Renou qui est mort. Nous sommes loin du temps où des troupes européennes entraient à Pékin et brûlaient le Palais d’été : on suit maintenant une autre politique envers la Chine ; une politique de concessions où nos ministres compromettent leur dignité et affaiblissent le prestige du nom français. Bientôt les Chinois savent qu’à tout prix on veut éviter des complications ; aussi, après les épouvantables massacres de Tien-tsin (1870), ne s’étonneront-ils pas d’en être quittes pour une somme d’argent et des excuses faites à M. Thiers par le promoteur même de ces horreurs.
Bonga est définitivement abandonné. Est-ce à dire que la mission française ait renoncé au Thibet ? Non. Franchissons un espace de quatorze années et examinons la situation en 1877, à la mort de Mgr Chauveau, qui a pris, en 1863, la succession de Mgr Demazures, rentré en France.
La mission du Thibet compte 561 chrétiens partagés en 7 districts, ayant chacun une résidence et une chapelle : 4 pharmacies, 4 écoles et 1 collège-séminaire ont été fondés.
Le siège épiscopal est à Tatsien-lou, dans le Setchuen thibétain. La ville est très bien choisie, c’est un centre de commerce important. A Tatsien-lou, le cuir et les cornes du Dégué, l’or de Batang, le musc du Kham, sont troqués contre le thé et les étoffes de Pékin, que portent à Lhaça les longues caravanes de yaks. A Tatsien-lou, le Talaï-lama a son acheteur, son « carbun ». L’ambassade du Népaul à Pékin et la caravane du Trachileumbo s’arrêtent à Tatsien-lou un mois, la première tous les cinq ans, la seconde tous les deux ans. A la frontière de deux contrées, Tatsien-lou est le grand marché entre le Thibet et la Chine.
A Yerkalo, pays des salines sur le haut Mé-kong, à quelques journées au sud de Kiang-ka et au nord d’Atentzé, prospère un vaste établissement. Une grande maison a été construite en 1873, pouvant abriter, outre les missionnaires, plusieurs familles chinoises ; une cathédrale a été édifiée par des charpentiers du Yunnam, et la bibliothèque comprend près de 4000 volumes.
Yerkalo, par sa position centrale, est appelée à devenir la procure de la mission du Thibet.