Néanmoins l'ennemi se ressaisit. Une armée de Prussiens, de Hessois et d'Autrichiens investit Mayence en avril 1793. Bientôt le roi de Prusse, Frédéric-Guillaume, vint presser les travaux du siège. La ville fut héroïquement défendue, mais, faute de vivres, dut capituler à la fin de juillet. Vainement Kléber en 1795 et Jourdan en 1796 tentèrent-ils de reprendre Mayence. Jourdan, trahi par Pichegru, dur se retirer avec pertes devant les Autrichiens. Ce ne fut qu'après le traité de Campo-Formio que les Français rentrèrent à Mayence le 30 décembre 1797: ils devaient l'occuper jusqu'en 1814.
Cologne accueillit nos troupes avec enthousiasme le 6 octobre 1794, et planta sur la place du Marché un arbre de la liberté.
Mais déjà une loi du 30 mars 1793 avait organisé les provinces rhénanes en les divisant en quatre départements.
La Sarre, comprenant le bassin de cette rivière et une grande partie de l'Électorat de Trèves, avait Trèves pour chef-lieu, et Birkenfeld, Prum et Sarrebruck pour villes principales: 173.000 habitants.
Le Mont-Tonnerre comprenait l'électorat de Mayence, le Palatinat, les
évêchés de Worms et de Spire, le duché des Deux-Ponts. Chef-lieu:
Mayence; villes principales: Deux-Ponts, Bingen, Kaiserslautern,
Germersheim, Spire et Worms: 342.000 habitants.
Le Rhin-et-Moselle comprenait une partie du Palatinat et des Électorats de Trèves et de Cologne. Chef-lieu: Coblentz; villes principales: Bonn, Simmern, Kreuznach, Saint-Goar: 255.000 habitants.
La Roer comprenait les provinces de Clèves, Gueldre, Juliers, Aix-la-Chapelle et Cologne. Chef-lieu: Aix-la-Chapelle; villes principales: Clèves, Gueldre, Montjoie, Cologne, Juliers, Créfeld: 617.000 habitants.
À la tête de chaque département était un préfet, placé lui-même sous l'autorité d'un «commissaire du gouvernement dans les pays entre Meuse et Rhin et Rhin et Moselle».
Néanmoins l'instabilité de la conquète que l'ennemi disputa âprement en 1794 et 1795 ne permettait pas d'accorder aux habitants le même statut politique qu'aux autres Français. On attendait que l'autorité de nos armes fût suffisamment établie pour que l'on n'eût plus à craindre un retour offensif de l'Autriche.
C'est ce qui arriva au traité de Bâle (4 avril 1795), conclu entre la Prusse et la France. Barthélemy, l'agent de la République, avait pour mandat de maintenir nos droits aux «limites naturelles». Notons toujours ce mot qui exprime bien la perpétuelle et inlassable tendance de la France. Mais la situation européenne n'étant pas encore équilibrée, il fut stipulé que la République retirerait ses troupes de la rive droite du Rhin, ce qui était la sagesse même, et qu'elle continuerait à occuper la rive gauche jusqu'à la paix générale avec l'Empire Germanique, où le sort des provinces rhénanes serait définitivement réglé.