Le dépôt littéraire de la rue de Thorigny, dont Pyre était le conservateur, destiné aux livres de même origine, reçut notamment les bibliothèques des émigrés Maubec, Paulmier, Thiroux de Mondésir, Villedeuil, Visieux.
Le dépôt littéraire de la rue Saint Marc recueillit les bibliothèques de Penthièvre, Philippe d’Orléans, Croy d’Havri, Renard, Montaigne, Choiseul, Egmont, Montmorency, etc. Dambreville avait la garde de ce dépôt.
Les dépôts littéraires des Cordeliers et de l’Arsenal furent également affectés aux volumes confisqués sur les émigrés.
Les livres des établissements religieux furent spécialement versés dans les dépôts des Capucins Saint-Honoré, de Louis-la-Culture, des Elèves de la Patrie, ci-devant la Pitié. Mais la plupart des bibliothèques religieuses restèrent dans les maisons qui les avaient formées. Il y eut ainsi des dépôts notamment aux Célestins, aux Feuillants, aux Jacobins, aux Minimes, à l’Oratoire, aux Petits-Pères, à l’Abbaye de Saint-Victor, à la Sainte-Chapelle, à la Sorbonne, à l’abbaye de Saint-Germain-des-Près.
Il serait difficile de dire le nombre des volumes imprimés que la Bibliothèque retira de ces dépôts, et l’époque précise à laquelle ces prélèvements eurent lieu. L’opération, principalement dirigée par Van Praet et Capperonnier, gardes du département des Imprimés, commença en 1794 et dura plusieurs années. Une masse énorme de volumes affluèrent ainsi au département des Imprimés. Mais le choix de ces hommes, forcément hasardeux, porta souvent sur des exemplaires doubles et triples, qui vinrent s’entasser pêle-mêle dans les greniers, sans nul profit pour la Bibliothèque, tandis que lui échappait telle édition rare, tel exemplaire précieux, à jamais perdu pour elle et pour la science.
Le même désordre se produisit dans le triage des manuscrits. Cependant si les mesures révolutionnaires ne produisirent pas dans cette partie de nos collections tous les résultats qu’on pouvait en attendre, on peut dire qu’elles donnèrent plus au département des manuscrits qu’à celui des Imprimés. En 1790, le département des Manuscrits s’était déjà annexé le cabinet des Chartes où par les soins de l’historiographe Moreau se trouvaient réunies plus de 40,000 chartes, recueillies soit à Paris, soit en province, collection qui forme aujourd’hui 1834 volumes. Moins de deux ans plus tard, le 9 mai 1792, il reçut les collections généalogiques formées par Clairembault et que son neveu avait cédées à l’ordre du Saint-Esprit. Les pièces échappées aux ordres de la Convention, qui en fit brûler la moitié, ont constitué une collection qui comprend encore 1348 volumes. De 1794 à 1795, ce fut encore dans son département des manuscrits que la Bibliothèque donna asile aux débris des bibliothèques religieuses supprimées. Enfin elle recueillit presqu’intégralement les manuscrits des abbayes Saint-Germain-des-Prés, de Saint-Victor, de la bibliothèque de la Sorbonne. La magnifique bibliothèque de Saint-Germain-des-Prés, même après le vol dont elle fut victime en 1791 et qui fit passer à l’étranger des documents de la plus grande valeur, même après l’incendie qui détruisit en 1792 presque tous les imprimés, apporta au département des manuscrits un appoint considérable. Plus de 9,000 volumes orientaux grecs, latins, français, des caisses énormes de papiers, vinrent prendre place dans notre dépôt. De l’abbaye de Saint-Victor, la Bibliothèque ne retira que 1265 manuscrits, mais elle recueillit en entier le fonds de la Sorbonne composé de près de 2000 volumes.
Les dépôts provisoires, formés en province, fournirent également leur contingent. Des manuscrits furent expédiés à Paris de différents points de la France et centralisés à la Bibliothèque nationale. Des délégués du Conseil de Conservation des objets d’art et de science durent reconnaître dans les dépôts provisoires les documents qui pouvaient convenir à la Bibliothèque. C’est en cette qualité que Chardon de La Rochette fut envoyé à Troyes, à Dijon, à Nîmes. Mais son incurie et son infidélité rendirent sa mission beaucoup moins fructueuse qu’elle aurait dû l’être.
La circulaire ministérielle du 11 décembre 1798 qui prescrivit d’envoyer à la Bibliothèque tous les cartulaires des ci-devant instituts religieux ne donna pas non plus tous les résultats qu’on était en droit d’en attendre. Onze départements seulement y répondirent, leurs envois formèrent un total de 120 volumes.
Avec Paris et la province, les pays conquis furent mis à contribution. A la suite des conquêtes des armées françaises, des commissaires du gouvernement, notamment Keil, Neveu, Joubert, Rudler, Denon en Allemagne, Cubières, Monge, Daunou en Italie, furent chargés de choisir et d’envoyer à Paris les objets qui devaient être distribués à nos établissements scientifiques et littéraires. Un état dressé à cette époque fait connaître le nombre des livres venus de l’étranger en 1795 et 1796. Dans ces deux années seulement, la Belgique et la Hollande avaient envoyé 2000 volumes imprimés et 942 manuscrits, l’Italie 284 volumes imprimés ou manuscrits parmi lesquels des manuscrits de Léonard de Vinci, de Galilée, le Josèphe sur papyrus, le Virgile de Pétrarque. Ces envois continuèrent jusque vers 1809, mais quelques années plus tard, sous le coup des revers, la France dut rendre ce que ses victoires lui avaient donné.
La suppression des maisons religieuses fit arriver au département des médailles les trésors des églises, celui de l’abbaye de Saint-Denis y fut apporté au commencement de 1791. Le Cabinet s’enrichit en même temps des monuments composant le trésor de la Sainte-Chapelle qui avait été réuni provisoirement à celui de Saint-Denis. L’entrée du fameux camée de l’apothéose d’Auguste date de cette époque. Le 17 septembre 1793, on incorpora dans les collections nationales des pièces gravées provenant du trésor de la cathédrale de Chartres, parmi lesquelles se trouvait le superbe camée de Jupiter debout. Mais l’accroissement le plus important que reçut le Cabinet pendant la période révolutionnaire lui vint du médaillier de l’abbaye de Sainte-Geneviève. Le transport, décidé à la suite d’une tentative de vol dont il faillit être victime, eut lieu le 15 mai 1793. «Ce beau cabinet, dit M. Du Mersan, enrichit notre suite de plus de 7,000 médailles romaines, dont 842 en or, 1625 en argent, 5139 en grand, moyen et petit bronze, et d’environ 10,000 médailles de peuples, villes et rois, de médailles modernes, de sceaux et de jetons.» Quelques années plus tard, en 1797, le département recueillit encore les objets d’art et de curiosité conservés au Muséum, à la Monnaie, au Garde-meuble. Avec le dépôt formé à l’hôtel de Nesle des collections ayant appartenu aux émigrés, entrèrent à la Bibliothèque les curiosités chinoises du célèbre cabinet de Bertin.