Ma prima di questa l'onda della vita travolse francescani e domenicani; gli eroi del dolore e gli eroi del dogma si smarrirono insieme dentro la facilità gaudiosa dei nuovi tempi, e davanti all'improvviso ascetismo della Riforma non seppero opporre un'altra virtù d'intelletto e di cuore. Quindi i loro tempii ne soffersero come le loro anime.
Poi l'avvento gesuitico parve superare tutto e tutti: la sofistica annullò quasi ogni fisonomia dei dogmi e ogni carattere di virtù, mentre il lusso falsava nelle chiese qualunque poesia di fede e di arte.
Il bel tempio francescano di Bologna non si salvò.
Forse i suoi frati troppo addentro nella città presero il contagio dei suoi morbi; forse anco dovettero espiare contro la rivalità di altri ordini religiosi la gloria passata sino a dimenticare l'anima dell'incomparabile fondatore e la propria. L'illustre cimitero, che fioriva intorno di grandi nomi e di belle tombe, non bastò nemmeno a ritardare l'assalto vario e quotidiano, interno ed esterno: i glossatori del diritto romano, che avevano dato a Bologna la prima gloria moderna, ebbero violati i sepolcri come tutti gli altri morti anonimi; dai fianchi, dall'abside, dal pronao, dalla facciata, fino alla cornice e più alto fino alle torri, quasi i mattoni germinassero, orribili e frequenti escrescenze crebbero a deformare la modestia elegante delle prime linee. Ed erano cappelle nuove di una nuova bigotteria, senz'arte e senza fede, che una ostinata perversità di ogni senso poetico e religioso ripeteva ed ingrandiva: poi nella chiesa stessa, dentro le navate si fabbricò struggendo, falsando, violando tutto, anche le finestre, le policromie, gli altari, le arche, le parole ed i versetti, la lingua e la musica.
Mai forse tempio sopportò più ignobile e tragica persecuzione.
Ma non era l'eterna guerra della natura all'opera umana, quell'assedio e quell'assalto così vivamente imaginato e significato dallo Zola nella Faute de l'Abbè Mouret, contro la povera chiesetta, sulla quale le piante s'inerpicano penetrando nelle fessure, sfaldando le pietre, coprendo del proprio manto ogni ferita, giungendo al tetto e sfondandolo per alzarvi come vessillo di vittoria un alberello sottile, ondeggiante.
Era invece una guerra cittadina e fratricida di plebee forme bigotte contro la pura forma dell'idea francescana, una rivolta del clero ignavo e schiavo contro l'asceta liberamente povero e sublime di Assisi, una arroganza patrizia e villana contro la bellezza della nudità e della povertà, che il tempio doveva opporre alla vicenda di tutte le corruzioni nei secoli.
Chi pensava allora a San Francesco, mentre Roma, a difendersi dal protestantesimo, non credeva necessarii che i nuovi pretoriani disciplinati da Sant'Ignazio, ed a consolidare il proprio stato, uscito anch'esso dall'ultima crisi delle signorie, si esauriva in una politica monarchica di brevi espedienti e di miseri compromessi?
Ma il tempio è risorto.
Bisognò anche a lui attendere il soffio della rivoluzione nazionale e che nella calma succeduta alcuni, i più eletti fra gli spiriti, si voltassero a guardare indietro per rendere giustizia al passato. E questa fu vivace se non intera, mentre in questo ultimo ventennio quasi una febbre di restauri si apprese a tutti gli eruditi, e centinaia di monumenti risorsero cittadini del nostro tempo moderno.