Ma più grossa questione stava per risolversi in Italia.
Se la rivoluzione francese nella sincerità della propria idea republicana, decapitando il re per sostituire al vecchio principio monarchico quello moderno della sovranità popolare, aveva poi dovuto naturalmente sopprimere il papato, imbastendo a Roma una indefinibile republica; e se Napoleone, ricostituendolo nel concordato per farne puntello al proprio dispotismo cesareo, sembrava invece averne riaffermato la necessità millenaria; tuttavia il principio rivoluzionario, dirigente attraverso tutte le antitesi la politica dell'impero, esigeva daccapo la sua soppressione. L'impero come forma rivoluzionaria non poteva mantenersi in se stesso il papato sempre ostile col proprio diritto canonico ad ogni progresso del diritto civile, sempre superiore ad ogni altra sovranità pel proprio principio teocratico, sempre incompatibile con ogni riorganizzazione dell'Italia per il proprio minimo regno. Quindi nel concordato rivoluzione e papato avevano patteggiato come potenze piuttosto irreconciliabili che concordi, ribadendo nel nuovo patto ricalcato sull'antico l'antitesi secolare della chiesa collo stato. La religione vi si atteggiava sempre a fatto storico superiore a tutte le leggi della storia, mentre la chiesa, seguitando a dirvisi radice di ogni verità e di ogni diritto, pretendeva di assegnare ancora la parte ai re e ai popoli col verificare la giustizia di tutte le leggi, approvando o condannando tutti i governi. Ciò era assurdo ed impossibile dopo la rivoluzione francese. La religione nel secolo XIX, e in tutti i secoli avvenire, non doveva essere più che un inviolabile principio spirituale, significato ed operante con organismo pari a quello della scienza e dell'arte: non più papi-re o principi-cardinali sotto pena che la sovranità popolare fosse negata; il sacerdozio stesso per l'efficacia del proprio esercizio aveva d'uopo di liberarsi da tutte le armature e le armi, che nei secoli passati lo avevano trasformato in ministero politico di un governo monarchico-feudale.
Involontariamente l'incoronazione di Napoleone metteva il principio della consacrazione religiosa più alto di quello dell'elezione popolare. Impero e papato, restavano dunque distinti e aggrovigliati come nel medioevo, con tutti i problemi delle investiture e delle immunità ancora insoluti. L'accordo doveva presto mutarsi in dissidio per entrambi, risognando il passato in una nuova contesa sulla universalità del dispotismo. Il papa concepirebbe ancora l'imperatore come proprio gendarme e vorrebbe colla sua spada difendere dalle conseguenze rivoluzionarie i propri privilegi; l'imperatore considererebbe il papa come proprio ministro e vorrebbe ottenere dalla sua insidiosa predicazione l'ubbidienza del popolo.
La lotta religiosa era dunque inevitabile. Infatti si accese all'indomani del concordato per opera di Napoleone, che ne trasgredì molti articoli: a tutte queste cause spirituali, s'aggiungevano le ragioni politiche. Lo stato pontificio, tagliando l'Italia in due, v'impediva ogni opera militare e civile; la violazione del suo territorio vi diventava così necessaria a ogni momento che il papa stesso finì poi coll'accordarla. Naturalmente i nemici della Francia ne profittavano quanto Napoleone. Questi, più forte e più violento, pretese di essere solo in tale beneficio come successore di Carlomagno primo donatore di quegli stati alla Santa Sede. Il papa gli rispose come agli antichi imperatori di Germania, sostenendo la donazione libera ed assoluta, e schermendosi come padre di tutti i fedeli, da un'alleanza militare colla Francia. Ma questa ragione, per essere troppo buona, menava diritto all'abolizione del potere temporale. Infatti Napoleone minacciò subito il papa di restituirlo semplice vescovo di Roma. Quindi il generale Miollis pretestando di andare verso Napoli occupò Roma (1808) e si stanziò al Quirinale, intimando ai cardinali napoletani e del regno d'Italia di rimpatriare tosto. Pio VII protestò; Napoleone di rimando mutò le quattro Provincie di Ancona, Macerata, Camerino e Urbino in tre dipartimenti del regno italico. Allora i vescovi oscillarono sul giuramento di fedeltà imposto dal nuovo padrone, e al solito cercarono salute nell'equivoco della formula. La nuova guerra coll'Austria sospese per un istante la querela, ma le sconfitte dell'arciduca Carlo in Germania, costringendo l'arciduca Giovanni a ritirarsi dall'Italia inseguito colla baionetta alle reni dal vicerè Eugenio, permisero a Napoleone di decretare da Vienna, nell'ebbrezza del trionfo, l'abolizione del regno pontificio. Impero e papato medioevali cadevano così sotto il medesimo colpo.
Il papa protestò fra la disattenzione sprezzante del mondo. Napoleone, abolendo il papato medioevale, invocava invece del diritto moderno quello di Carlomagno, e sognava di ricostruirne un altro a Parigi con un papa, docile istrumento politico. La sua fantasia esaltata dalla teatralità di tanti regni improvvisati si smarriva nel desiderio di un impero politico-religioso come quelli dell'Asia: l'esempio della Prussia, della Russia e dell'Inghilterra, nelle quali i sovrani sono papi, lo spingeva a farsi signore del cattolicismo riorganizzando ogni confessione religiosa dell'Impero. Già a Parigi aveva adunato il gran sinedrio per accordare le pratiche ecclesiastiche colle leggi francesi; al papa, prima di torgli il regno, aveva chiesto che un terzo almeno dei cardinali votanti in conclave fossero francesi, per impadronirsi così dell'elezione papale, Pio VII avvertì il pericolo e resistette. Ora, decaduto, scomunicava con effimera arditezza l'imperatore, effondendosi in lamenti per tutto il rapido viaggio da Roma a Savona assegnatagli per carcere.
Quindi Roma diventava la seconda città dell'impero francese: Napoleone, aspettando il figlio che sta per nascergli, lo nomina anticipatamente re di Roma. L'antica città trasognata accetta nuove forme politiche. L'ordine del buon governo, creato da Sisto V e organizzato da Clemente VIII per amministrare i comuni, viene sostituito da municipi alla francese; il consiglio comunale romano s'intitola pomposamente senato, si purga il territorio dai banditi, si coscrivono legioni. Il nuovo codice livella tutte le antiche leggi, riformando la società; il giuramento politico imposto al clero è più presto accettato dai vescovi che dai parroci; nullameno molti giurano, altri fuggono vilmente. Nessuna grandezza di carattere in essi. Si conservano i due conventi di Montecorona e di San Romualdo; si decretano imperiali le spese del Sacro Collegio e di Propaganda Fide; si concede persino una pensione alla parmense duchessa di Borbone e a Carlo Emanuele di Sardegna, sepolto a Roma in pratiche della più imbecille bigotteria. Ed entrambi accettano.
Prony francese e Fossombroni italiano concordano studi sul risanamento delle paludi Pontine.
Ma la coscienza politica del popolo romano non si risveglia. I più non credono alla stabilità del nuovo governo; l'aristocrazia, ligia al papato per egoismo di privilegio, si chiude nel riserbo dei timidi; la borghesia non vigoreggia nè per scienze, nè per industrie, nè per governo; il popolo non è che clientela delle grandi case patrizie; clero e superstizione paralizzano ogni moto. Nullameno le violenze francesi esasperano; perfino la lingua italiana è minacciata di cedere alla francese negli atti ufficiali; delirio di unità dispotica, intelligibile solo in una natura onnipotentemente violenta come Napoleone!
Per contrasto il papa s'acconciava a resistenza passiva, dopo aver lanciata la scomunica e ricusato di riconoscere il divorzio di Napoleone. Quindi all'accusa di aver colla scomunica tentato di sollevare il popolo francese contro l'imperatore, rispondeva, contraddicendo agli antichi principii papali, la scomunica non sciogliere i sudditi dal vincolo di fedeltà, e la consacrazione degli imperatori non essere che la vidimazione religiosa dell'elezione popolare: terribile risposta che, annullando il nuovo diritto divino di Napoleone, riproduceva le teoriche della rivoluzione. E la querela, avviluppandosi in questioni di gallicanismo e di investiture, rievocava i tempi più torbidi del medio evo. Ma fra queste ambagi il pensiero di Napoleone, incaponitosi a volere un papa a Parigi togliendo a Roma l'ultima superiorità di centro cattolico, si veniva chiarendo tra minaccie e blandizie al pontefice per mezzo del clero e della diplomazia. Pio VII, sempre sdegnato, ricusava di provvedere alle molte sedi vescovili vacanti col riconoscere le nomine imperiali. Napoleone, dopo aver nominato ad arcivescovo di Parigi il cardinale Maury, come uno dei più fedeli giannizzeri, convocava un concilio per riparare a questo danno, facendo eleggere dai capitoli i nuovi vescovi. Brevi pontifici e decreti imperiali si urtavano; la polizia armeggiava nella più goffa delle persecuzioni; i cardinali divisi in rossi e neri parteggiavano vivacemente pel papa e per l'imperatore, i vescovi oscillavano, il clero basso, più sicuro nella fede ma più scarso nell'intelligenza, non sapeva più che cosa credere. Napoleone, arieggiando con grottesca gravità Costantino e Carlomagno, discuteva tutti i giorni con ecclesiastiche commissioni, proponeva loro quesiti, anticipandone prepotentemente la soluzione. Le pretese contro il pontefice, a proposito dei privilegi gallicani e per strappargli il consenso all'abolizione del regno pontificio, crescevano di quanto s'indeboliva la costanza di questo. Pio VII viveva cinto d'assedio da prelati d'ogni genere e guardato a vista da soldati. Quindi, passando dalle minaccie ai fatti, Napoleone imprigionava i suoi scarsi fedeli, confiscava beni e prebende ai capitoli e ai preti ricalcitranti; il popolo, malgrado la secolare superstizione, non si commoveva a questo duello fra un papa prigioniero e un imperatore onnipotente. Forse non aveva ancora dimenticato con quanta remissione Pio VI avesse trattato colla rivoluzione francese.
Il concilio nazionale adunato a Parigi, e al quale avevano aderito anche vescovi italiani, destreggiandosi colla tradizionale abilità di tutte le assemblee ecclesiastiche, appoggiava le pretensioni imperiali, senza nè violare i dogmi romani nè stabilire contro il papa alcun principio chiaro. Lo scandalo, prima divertente per tutti i vecchi increduli della rivoluzione e i nuovi miscredenti della scienza, diventava ignobile per la politica servilità dei prelati e per l'ambiguità del pontefice, resistente a Napoleone senza usare la scomunica contro quel concilio subdolamente ribelle. L'agonia del principio politico nella chiesa romana appariva dall'incertezza e dalla vacuità delle ragioni intese così a mantenerlo come a rimuoverlo. Infatti Pio VII trattò con una deputazione del medesimo concilio, (composta di quindici fra cardinali, arcivescovi e vescovi), del quale oppugnava l'autorità condannandone le teoriche; e si lasciò tanto da questa persuadere colla minaccia della rottura del concordato e d'altri maggiori mali alla chiesa, che tolse la scomunica, cedette a tutte le pretensioni imperiali sulle nomine dei vescovi, estese il concordato, già per lui umiliante, alle chiese di Toscana e di Parma, mostrandosi persino disposto a dibattere in altro trattato la propria condizione di ex-re di Roma. Poscia, pentito, si ritrattò. Napoleone, fatto più forte dalle concessioni ottenute, insisteva per la loro esecuzione immediata e per l'abdicazione alla sovranità di Roma col relativo giuramento di fedeltà all'impero. Ma Pio VII, tornato alla caparbietà secondo le contraddizioni della propria natura, tenne sodo malgrado ogni pressione e il trasferimento da Savona a Fontainebleau, ove due anni dopo doveva concedere a Napoleone vinto e quasi prigioniero quanto aveva negato a Napoleone onnipotente.