La lettera lasciata dal papa al marchese Sacchetti non raccomandava che di salvaguardare i palazzi apostolici: volgarità di padrone di casa, che nel supremo disastro di un regno millenario e in una terribile rivoluzione della patria non pensa che ai propri mobili! Nullameno il nuovo ministero, nel quale dominava il tribuno Sterbini, rimaneva nella propria dignità poco più alto del papa, giacchè, invece di profittare di quella fuga per dichiarare abrogato per sempre il potere temporale, lamentava invece che Pio IX fosse fuggito, cedendo ad infami consigli, ed invitava patriotticamente i cittadini alla calma. Il circolo popolare con arbitrio rivoluzionario e con pusillanime ipocrisia dichiarava legittima l'autorità del ministero, non perchè riconosciuta dal popolo ma come riconfermata dal papa in una frase ambigua della sua lettera al Sacchetti. Il popolo della capitale e delle provincie rimaneva sospeso in tale incertezza di governo, ascoltando le esortazioni dei due Consigli, che gli predicavano la temperanza virile: Mamiani ricondotto dal pericolo dello stato al ministero riusciva a scartare la proposta del principe di Canino invocante la costituente.
Ma intanto che ministero e parlamento armeggiavano infelicemente per mantenere l'accordo col pontefice fuggito, vietando a Garibaldi di avvicinarsi a Roma colla sua legione ed ammansando il popolo coll'ordinare grossi lavori pubblici, Pio IX promulgava un breve da Gaeta, quasi a risposta pei circoli che domandavano la costituente, nel quale, protestando contro le necessità della propria fuga, dichiarava nulli tutti gli ultimi atti del governo e lo sostituiva con una commissione di monsignori e di aristocratici. Però non uno di essi ardì accettare il difficile ufficio.
Alla violenta smentita del pontefice, ministero e parlamento risposero con instancabile servilità arzigogolando curialescamente che la protesta papale, datata dall'estero e senza firma di ministro responsabile, non poteva credersi autentica, e deputando oratori a Gaeta per convincere Pio IX a ritornare in Roma. Naturalmente le deputazioni non vennero ricevute al confine napoletano: invece Cavaignac, dispotico presidente della repubblica francese, dopo le giornate di giugno, annunciò l'invio di tre fregate francesi nel porto di Civitavecchia per assicurare il pontefice. Il governo provvisorio, protestando contro questa minaccia, adoperò per supremo argomento non avere Pio IX nell'immacolata grandezza dell'animo proprio invocato contro la patria intervento armato straniero e non essere mai per invocarlo; ma poco dopo il pontefice, rifiutando ogni componimento, mandava invece da Gaeta un appello a tutte le potenze cattoliche per farsi rimettere in trono.
I costituzionali di Roma, troppo simili ai moderati milanesi delle cinque giornate, per orrore dell'imminente rivoluzione, non volevano a nessun costo recedere dalle speranze di rappattumamento con Gaeta, e nominavano un'altra commissione di governo con questo precipuo incarico. Mentre nel popolo cresceva il fermento rivoluzionario, nei governanti si cristallizzava rapidamente la fede nel costituzionalismo del pontefice, malgrado la sua fuga e le violenti proteste. I circoli fremevano; i ricchi clericali fuggivano come sotto la tempesta; una incomprensibile incertezza sconvolgeva tutti gli spiriti. Era impossibile non precipitare a governo radicalmente democratico, e nullameno non se ne aveva il coraggio. Scarso nelle masse il sentimento liberale; quasi nullo il repubblicano; pochi ma unanimi, i forestieri italiani attirati in Roma dall'istinto storico del grande avvenimento mestavano dovunque, arringando ed oprando, persuadendo e minacciando; solo il principe di Canino per vanità tribunizia parlava alto di costituente; solo il Mamiani, antecessore e successore del Rossi, resisteva apertamente, domandando l'espulsione come per stranieri di De Boni, di Ciceruacchio e di Maestri, energici capi-parte repubblicani, e proponendo la convocazione di un'assemblea italiana per compilare il patto federale di tutti i singoli stati.
Un'onda di piazza superò quest'ultima trincea di costituzionali, travolgendo il ministero. Quindi il 20 dicembre 1848 la Giunta suprema di stato proclamò la Costituente Romana, sottomettendone immediatamente la legge ai Consigli, che non osarono nè accettarla nè respingerla: la legge importava che l'assemblea rappresentasse con pieni poteri lo stato romano e vi desse compiuto, regolare e stabile ordinamento; che le elezioni si facessero per suffragio universale diretto: elettori tutti i cittadini di ventun anni, eleggibili tutti gli altri di venticinque, duecento i deputati.
Questo schema arditamente democratico cadde come una bomba sul timido parlamento già tanto assottigliato dalle renunzie dei più timidi deputati, onde la Giunta ne chiuse la sessione, ordinando la convocazione della Costituente per decreto.
Ma neanche questo decreto schiettamente rivoluzionario bastò a guarire il governo provvisorio presieduto da monsignor Muzzarelli dalle equivoche speranze di un componimento col papa: le pratiche diplomatiche proseguirono con Gaeta, mentre con arbitrio assennato ed intrepido si affrettavano le abolizioni dei fedecommessi e delle disposizioni fiduciarie, si riformava la procedura civile, si regolava la navigazione dei fiumi e delle coste marittime, si sopprimeva la tassa del macinato e finalmente, quasi ad accenno di regime giacobino, s'instituiva una commissione militare senz'appello pei delitti contro l'ordine pubblico. Solo all'esercito, che avrebbe dovuto essere la prima cura in quella difficile ora di guerra coll'Austria vittoriosa ed invadente, non si pensava affatto: appena appena s'inscrissero 1330 reclute. Al decreto invocante la Costituente le provincie si scossero e tutti i legati ecclesiastici o laici vi si dimisero: i costituzionali si ritirarono sdegnosi, i rivoluzionari si levarono, i sanfedisti occulti spiarono con perfida attesa la catastrofe.
La Corte pontificia di Gaeta sembrò disinteressarsi da ogni questione, abbandonando il partito costituzionale e scagliando la scomunica contro elettori ed eletti, mentre a Roma un gretto municipalismo aiutato dallo Sterbini mirava inutilmente a contrastare l'espansione e il significato della proclamata costituente. Infatti il suo carattere era al tempo stesso giobertiano e montanelliano, giacchè alcuni deputati dovevano sedervi come nazionali ed altri come romani, questi costituire un governo nell'antico stato pontificio, quelli combinare un assetto federale italiano. La fisima della dieta come carattere essenziale nella rivoluzione vi persisteva, ma l'inconscio sentimento unitario di Roma capitale d'Italia ne santificava l'assurda momentanea impossibilità. Se l'accordo federale non era riuscito tra i principi, fra questi e le repubbliche e coll'Europa già disposta a ricondurre sul trono il pontefice diventava addirittura paradossale: nullameno le pratiche seguivano attivamente, contrastandosi nelle intenzioni e nei disegni del Gioberti e del Montanelli.
A Gaeta invece s'arrabattava il lavoro delle diplomazie: il Borbone badava abilmente a conservare il papa, traendo dalla sua ospitalità una specie di assolutoria alle infamie commesse; il Piemonte offriva Nizza e la propria mediazione per riconciliarlo con Roma; Cavaignac, per amicarsi il partito cattolico francese nell'imminente elezione presidenziale, moltiplicava le promesse, invitando Pio IX in Francia; la Spagna gli aveva già esibito le isole Baleari e tutta se stessa. Poi il Piemonte, trascinato dall'inesorabile duplicità del proprio giuoco, domandava al papa di presidiare Roma in nome suo con truppe sarde, stipulando simultaneamente col governo provvisorio di potere militarmente occupare le provincie romane per le necessità dell'imminente seconda guerra coll'Austria, e più tardi, pregato d'alleanza da questo, la negava per riguardo al pontefice; finalmente, ributtato dalla diplomazia papale, dichiarava caso di guerra il minacciato intervento spagnolo in favore del papa. Ultima la Prussia proponeva come accordo fra l'Austria e la Francia, che quella occupasse il nord e questa il sud dello stato pontificio.
Fra questa temperie si tennero le elezioni e il giorno 5 febbraio 1849 s'adunò nel palazzo della Cancelleria la Costituente.