Dopo le discussioni dell'assemblea francese e le risposte del ministero, il contegno dell'Oudinot, le allocuzioni di Gaeta, le invasioni spagnuole, austriache e napoletane, credere alla sincerità delle intenzioni francesi era follia, cedere con trattato all'occupazione straniera Civitavecchia era delitto di lesa nazione.
L'Oudinot dietro le proprie segrete istruzioni non volle riconoscere la convenzione, il Lesseps partì ingenuamente per Parigi a sollecitarne l'approvazione, e si vide sconfessato. Inutilmente all'assemblea voci generose si levarono ad accusare il governo di violata costituzione: più indarno il 13 giugno Ledru-Rollin con altri capitani di sinistra tentò sollevare il popolo di Parigi per rovesciare il disegno imperiale ormai troppo palese di Luigi Buonaparte, giacchè la sommossa fu presto soffocata nel sangue dal generale Changarnier, e l'immensa capitale dichiarata in stato d'assedio.
Ogni illusione per Roma, doveva quindi cessare.
Nullameno il governo francese proseguiva nelle inutili ipocrisie sostituendo il signor di Corcelles al signor di Lesseps per indurre il triumvirato ad un accordo, che cedesse Roma all'occupazione francese senza la pericolosa odiosità d'una conquista.
Le ostilità erano ricominciate, ma Roma nella tregua non aveva abbastanza pensato a munirsi; Garibaldi, ritornato vittorioso da Rocca d'Arce, in quel triste andazzo d'ogni cosa militare e politica chiese con ingenua sicurezza la dittatura: Mazzini ne inalberò, a tutti i retori dell'assemblea e del governo parve proposizione peggio che assurda.
L'Oudinot, denunziando l'armistizio, aveva promesso di non assalire che il 4 giugno; invece massacrò proditoriamente nella notte dal 2 al 3 gli avamposti romani: Monte Mario e Villa Pamphili furono occupati. I francesi sommavano quasi a 40,000 uomini, l'esercito romano non arrivava a 20,000. Erano quasi tutti volontari con colonnelli e generali improvvisati, che parvero e furono meravigliosi di valore. Era impossibile sostenere un assedio, resistere a molti assalti; nullameno i difensori sentirono che bisognava morire. Il 3 giugno al casino dei Quattroventi, occupato dai francesi per tradimento nella notte, si combattè la più lirica delle battaglie. Oudinot aveva addensato nelle prese posizioni i più intrepidi soldati d'Africa, Garibaldi scagliò sopra di loro i più invincibili dei propri eroi, e non potè vincere: vi furono assalti disperati, cariche deliranti di coraggio; Daverio, Dandolo, Mellara, Mameli, vi perirono; Masina bolognese, alla testa della propria cavalleria, più furioso di un uragano, penetrò nel vestibolo del palazzo e stramazzò col cavallo a mezzo la gradinata marmorea, dalla quale lo fulminavano i cannoni.
La giornata era perduta, ma le armi italiane avevano riconquistata la gloria degli antichi migliori tempi.
Intanto nella città l'effervescenza guerriera non cresceva. Si parlava di barricate e se ne costruivano ma la popolazione grossa di 160,000 uomini assisteva tra furiosa e avvilita alla battaglia. Il governo, invece di galvanizzarla con eccessi, non aveva fino allora badato che a mantenerle la calma dichiarando amici i francesi, predicando l'ordine nelle piazze e il rispetto a tutti i nemici della repubblica. Si fece persino un bando per restituire alle chiese pochi confessionali trascinati nelle strade a farvi barricate: non si era voluto odio civile, e mancò l'odio allo straniero, si era stati magnanimi, e si rimase deboli. I sacerdoti Gavazzi e Dall'Ongaro, che incitavano alla difesa della republica santa, nel popolo scettico di Roma facevano poco frutto, la plebe bastonava qualche gesuita, vociava, sequestrava per le barricate qualche carrozza signorile, senza passione per la improvvisata ed inintelligibile republica, senza avversione per i francesi stranieri come tutti gli altri stranieri che Roma aveva ospitato e cui aveva soggiaciuto. Un Zambianchi, volgare e truce assassino, aveva scorrazzato per qualche provincia arrestandovi alcuni sospetti di reazione, quindi chiusili nelle catacombe di S. Calisto li uccideva sommariamente: ma questo anzichè guerra civile era costume brigantesco. Lo scoramento cominciava anche nelle truppe vedovate dei migliori ufficiali: gli antichi papalini già ricalcitravano agli ordini; i comandanti pontifici passati ai servizi della republica e persuasi dell'inutilità di ogni resistenza non si preoccupavano più che di conservare con nuovo tradimento il grado ottenuto: gli stessi volontari più eroici si irritavano della indifferenza di un popolo che applaudiva alla loro morte come ad uno spettacolo.
L'assemblea sollevata da un irresistibile soffio di poesia aveva dichiarato la resistenza ad oltranza, poi non avendone preparati i mezzi e non volendone in fondo gli eccessi, si affrettava a compiere la propria costituzione: cura che parve epica in quel momento e non era se non l'irresistibile istinto storico di quella republica destinata a non essere che un verbo.
Il giorno 12 i lavori di assedio erano già terminati: al 21 la breccia squarciava le mura; solo il Vascello, immenso caseggiato, resisteva all'aperto colla legione del maggiore Medici che vi si mantenne prodigiosamente, e potè nullameno riparare a notte entro la città. Il 30 giugno i francesi penetrarono per le breccie; ultimi eroi caddero loro contrastando Emilio Morosini e Luciano Manara.