Per contraccolpo in quest'assenza di governo e giovandosi delle ostilità delle popolazioni alla polizia papale e alle truppe straniere pullularono bande di masnadieri nelle provincie: una di esse guidata da un tal Passatore potè impunemente assaltare villaggi e cittaduzze; l'anarchia crebbe poi; la legge stataria bandita dal maresciallo Thurn governatore civile e militare delle quattro legazioni, statuendo che il rapporto poliziesco dovesse servire di base ad ogni inquisizione pel delitto di ritenzione o porto d'armi, annullò qualunque procedura giudiziaria, mentre un proclama del generale Pfanzelter stabiliva unica pena al giudizio statario la morte e di morte puniva persino la ritenzione d'armi. Contro questi eccessi la corte papale volle indarno protestare; la violazione austriaca più violenta di ogni negazione rivoluzionaria, passò oltre. Lo stesso vescovo di Cesena si vide negato il diritto di tenere le armi nel proprio palazzo, poco prima saccheggiato da una banda di ladri; ai condannati a morte non si concedeva nemmeno il tempo necessario per le pratiche religiose.
Le esorbitanze austriache provocarono le francesi: il generale Baraguay d'Hilliers (11 febbraio 1850) ordinava la fucilazione immediata di chiunque fosse in Roma trovato armato di coltello o d'altra arma; non si riconoscevano più nè cittadini nè sudditi. Soldati stranieri imperavano uccidendo senza legge e senza misura: la crociata cattolica finiva alla peggiore delle invasioni. Finalmente il papa ritornò accolto freddamente malgrado tutti gli sforzi teatrali del clero e dell'aristocrazia, ma più che il rimpianto della republica il popolo significava così il proprio odio per la tirannide soldatesca di Francia. All'ombra di questa il governo pontificio si riattivò nell'antica maniera piuttosto rimescolata che riordinata dalle riforme piane: il cardinale Antonelli fu onnipotente, i prelati ripresero tutte le funzioni politiche, pochi laici, e questi pessimi, si aggiunsero loro. Si apersero come a Napoli processi politici, s'inventarono congiure per spaventare il papa, che le credette, mentre alcune erano tutt'altro che false. Si gettarono ladre accuse sui commissari di finanza della republica, si condannò nel capo Calandrelli triumviro dell'ultim'ora tentando infamarlo coll'accusa di furto e colla grazia, si ghigliottinò un preteso uccisore di Pellegrino Rossi dopo un'incredibile istruttoria, nella quale su prove segrete e testimonianze anonime si affermava la complicità di moltissimi uomini politici. Il ghigliottinato, certo Sante Costantini, lo fu «perciò che dalle deposizioni dei testimoni (anonimi) si raccogliesse che il sicario fosse per vari connotati a lui somigliante».
La viltà di questa reazione aiutava il latente lavoro delle sètte riordinate dal comitato nazionale di Londra. A Roma le dirigeva Giuseppe Petroni, oscuro avvocato che diciotto anni di carcere magnanimamente sofferti ricusando ogni grazia, resero poi illustre; senonchè l'opera settaria, ammirabile di sagacia e di costanza, non potè produrre risultati sotto la pressione della doppia occupazione tedesca e francese. Alcuni giovani delle Romagne insorti pei moti di Milano nel febbraio del 1853 finirono miseramente nelle carceri senza raggiungere nemmeno l'onore di uno scontro. L'isolamento prodotto intorno al governo pontificio divenne però tale da strappargli in una nota diplomatica alla cancelleria tedesca la confessione umiliante «che il governo di Sua Santità in un momento supremo si troverebbe in seno della sua stessa capitale abbandonato all'odio delle passioni, che cospiravano alla sua perdita».
Intanto che l'autorità politica del papato cadeva così basso, la sua monarchia spirituale cresceva. Al vasto e simultaneo atteggiarsi sovranamente della democrazia in Europa la più antica e profonda autorità religiosa rispondeva per la legge dei contrasti con un accentramento, che rinsaldando la fede nelle coscienze cattoliche permettesse di resistere alla nuova guerra universale indetta con miglior disciplina e maggior coerenza di programma contro la chiesa. Nella gerarchia ecclesiastica, un tempo così democratica e sviluppatasi poi monarchicamente, il papato con una ultima audacia stava per sopprimere la funzione legislativa dell'episcopato. L'occasione fu porta dal dogma dell'Immacolata Concezione, ultima ascensione della donna pareggiata nel cristianesimo all'uomo con questa immunità dal peccato originale in Maria. Pio IX dopo un'enciclica a tutti i vescovi per interrogarli sul nuovo dogma, lo definì alteramente di propria autorità: il pontefice assorbiva così il Concilio; tale proclamazione sovrana di un dogma conduceva all'altro dell'infallibilità personale.
All'infallibilità democratica del suffragio universale il cattolicismo doveva rispondere con quella del papa: dogma contro dogma, legge storica contro legge divina, verità umana contro verità soprannaturale.
Quindi i gesuiti fondarono una grossa rivista col titolo di Civiltà Cattolica per combattere questa nuova guerra del papato, ma libri e giornali sorsero terribili di forza e di destrezza contro di loro. I gesuiti poveri a scrittori e a pensatori ressero male all'assalto: il genio, che li aveva assistiti contro la Riforma, li abbandonò contro la rivoluzione: parvero piccoli in faccia al pensiero tedesco, deboli davanti alle invettive francesi, malvagi in confronto del patriottismo italiano. La politica moderna li sorprese colla necessità delle scienze da essi oppugnate o limitate: la loro dottrina non fu più che un'erudizione, la loro abilità divenne inutile contro popoli sovrani, che eleggendo e controllando pubblicamente i propri governi riducevano la destrezza a qualità secondaria. La loro guerra al Piemonte per le leggi ecclesiastiche sembrò una recriminazione del passato contro il presente, il loro servilismo all'Austria li infamò nella coscienza del popolo insofferente di tirannide straniera, la loro deificazione del pontefice e del principe nel papa persuase ai più la necessità di frenare nel cattolicismo i troppi eccessi idolàtrici. Infatti nel clero italiano crebbero le diserzioni. Già Rosmini, Gioberti, Ventura, erano colpiti d'anatema; molti preti avevano predicato la rivoluzione, ed erano morti per essa; altri si disponevano a morire. L'abbiezione del governo pontificio in tanto splendere di progresso nei governi europei e nei più giovani governi d'America diventava irrefutabile accusa alla politica papale: la sudditanza del pontefice all'Austria e alla Francia per scopi antinazionali dava ragione ai liberali, che affermando l'incompatibilità del principato ecclesiastico col civile, offrivano al papato ogni libertà spirituale in cambio dei poteri politici.
Al Congresso di Parigi (1856), un anno prima che cessasse la giurisdizione militare straordinaria nelle quattro Legazioni, il conte di Cavour in un Memorandum sulle condizioni miserrime dello stato pontificio osò insistere sulla necessità di stralciarne qualche provincia e di costituirla autonoma. Quantunque il momento e la circostanza fossero ben scelti dall'abile ministro piemontese, la sua proposta era troppo falsa e prematura per riuscire: però il congresso ascoltò simpaticamente quelle rimostranze di uno statista conservatore, e lord Clarendon rispose per tutti definendo il governo papale «un obbrobrio per l'Europa».
Ad un congresso europeo il papa era dunque politicamente trattato peggio del sultano: questi era ancora necessario all'Europa come portinaio dell'Asia, quegli non era più che un ostacolo putrido all'imminente rivoluzione d'Italia che affrettando l'altra della Germania doveva distruggere in Europa il secondo impero napoleonico e spostare le basi dell'impero austriaco.
Granducato e ducati.
Nei granducato di Toscana l'invasione austriaca aveva dilagato peggio che nelle provincie pontificie, riducendo il sovrano a zimbello di quella medesima protezione, che sembrava assicurargli il trono. Già dalle prime ore questi aveva tentato far credere che le milizie austriache fossero entrate come a sua insaputa, ma il generale D'Aspre dietro istruzioni della cancelleria imperiale tendenti ad annullare nella propria influenza ogni potere italiano lo aveva violentemente sbugiardato, annunziando da Empoli in un proclama, come l'intervento militare dell'Austria fosse stato chiesto dal principe medesimo. I nuovi ministri assumendo il potere, mentre gli austriaci entravano in Firenze, si trovarono di fronte il problema insolubile di conservare lo statuto secondo le promesse del granduca, dopo che questi aveva spontaneamente invocata la invasione straniera. Nullameno gran parte del popolo si cullava ancora in tale illusione prodotta dalla reazione trionfale dei più illustri moderati contro la dittatura del Guerrazzi. Fra i nuovi ministri Jacopo Mazzei, il migliore per ingegno, era in buona fede e si dimise nobilmente, quando il duca traendosi alla fine la maschera, abolì lo statuto. Intanto il D'Aspre raddoppiava d'improntitudini: quasi a vendetta di non poter porre Firenze in istato d'assedio aggravò la mano su Prato, Pistoia, Arezzo, vi disarmò la guardia nazionale, vi proclamò la legge marziale. Il ritorno del principe da Gaeta, augurato come pegno di miglioramento, peggiorò la situazione, giacchè questi non abbastanza sicuro col presidio austriaco mise il bavaglio alla stampa, sottrasse alla corte d'assise i reati di stampa, impose eccessive cauzioni per la pubblicazione dei giornali. Quindi ridusse a forza di limitazioni il concesso indulto pei reati di maestà ad una ignobile ipocrisia coll'escludere quanti avessero partecipato al governo provvisorio dall'8 febbraio al 12 aprile, o contro i quali fossero già cominciate le inquisizioni criminali; decretò onoranze ai generali austriaci «per gli utili servigi resi alla sua causa» e una medaglia col motto — Onore e fedeltà — pei cittadini, che avevano favoreggiato la restaurazione. Molti però fra gli stessi moderati ricusarono coraggiosamente la vergognosa decorazione.