Prima preoccupazione del ristabilito governo fu di limitare il tempo e lo spazio all'occupazione del D'Aspre; ma la cancelleria imperiale rispose sbraveggiando e pretendendo che la cessazione dell'intervento dovesse dipendere dall'assenso dell'imperatore. A giustificazione di tale pretesa s'invocava con incredibile sofisticheria il trattato del 1735, già annullato dal diploma imperiale del 1763 e dagli stessi trattati del 1815 contenenti le più esplicite affermazioni sull'autonomia della Toscana. Per resistere a tanta pressione il granduca non avrebbe avuto altro mezzo che di mantenere lo statuto e di reclamare a tutti gli altri governi d'Europa, gelosi della troppa influenza austriaca in Italia; ma la fatalità della reazione lo spingeva invece ad abbandonarsi prigioniero nelle mani dell'Austria e del clero. Per irresistibile logica d'interesse Leopoldo preferì quindi essere vassallo dell'impero, da cui avrebbe pur sempre ritratto qualche apparenza di potere, a mettersi principe costituzionale nella rivoluzione, che avrebbe dovuto sagrificarlo al conseguimento dell'unità nazionale.
E lo statuto fu abrogato. Si cominciò dal contrarre arbitrariamente un prestito con cedole fruttifere ed estinguibili per sorteggio nel periodo di 26 anni, guarentite sullo spaccio dei sali e tabacchi: poi si trattò di concedere qualche franchigia ai comuni, ma l'Austria rispose alle istanze del governo toscano con proposizioni così equivoche di aiuto materiale e morale a tutti i governi italiani nell'interesse della causa loro comune con essa che per timore di nuove soperchierie anche nelle amministrazioni comunali se ne dovette deporre il pensiero. Allora la reazione non ebbe più freno: si crebbero i tribunali straordinari, si riarmò di tutte le possibilità dell'arbitrio la polizia, s'imposero e si aumentarono le tasse a capriccio, non si abbonarono nè si restituirono le anticipazioni fatte dai cittadini sotto promessa di restituzione; s'impegnarono le proprietà dello stato, e si creò un debito di trenta milioni. Trenta milioni circa finì per costare l'occupazione austriaca sino al 1857. Un editto del 25 aprile 1851 dava facoltà ai consigli di prefettura di relegare in un'isola o in una fortezza chiunque fosse sospettato di trame contro l'ordine pubblico. Per la convenzione stipulata coll'Austria il 20 maggio 1850 le truppe di occupazione in Toscana dipendevano dal comando generale di Verona e dovevano essere mantenute dal granduca ridotto a subalterno di Radetzky; il diritto di amministrare la giustizia, il diritto di vita e di morte e persino quello di grazia venivano esercitati dagli ufficiali austriaci sui cittadini toscani. A Livorno il comandante puniva i reati comuni, secondo il codice militare austriaco, colla pena di morte da tanti anni soppressa nelle leggi leopoldine, si battevano colle verghe persino gli adolescenti, i soldati tedeschi si ricusavano di comparire come testimoni ai tribunali toscani. Radetzky graziò della vita trenta condannati livornesi senza consultare nè il granduca, nè l'imperatore.
Nell'inesauribile crescendo della reazione alla convenzione coll'Austria successe il concordato colla Chiesa, abolendo tutte le guarentigie leopoldine del secolo passato col pretesto di armonizzare le leggi civili colle religiose. Così l'autorità civile perdeva il diritto di sindacare l'esercizio abusivo della giurisdizione canonica episcopale, riconosceva esclusivamente ai vescovi la facoltà di giudicare delitti di apostasia, eresie e simili, e s'obbligava ad applicare le pene criminali da essi inflitte sino a quella di morte se venisse ristabilita. E lo fu con editto del 16 novembre 1852, come corollario dell'abolizione dello statuto. L'autorità secolare avrebbe quindi dovuto mandare al patibolo qualunque condannato a morte per eresia con sentenza vescovile; e mentre pei laici giudicati dal clero la legge era tanto inesorabile, pei preti venivano tolte le pene corporali, e si assegnavano speciali prigioni. Di demenza in demenza il granduca per suggestione del confessore dichiarò inalienabile il patrimonio della Chiesa e proibita la stampa delle opere di Lodovico Muratori.
Un attentato in pieno giorno alla vita del Baldasseroni, presidente del Consiglio, che ne uscì lievissimamente ferito, provocò con nuovi rigori l'espulsione di oltre un migliaio di fuorusciti politici: una pia dimostrazione in Santa Croce (29 maggio 1851) con grande concorso di popolo recante corone alle lapidi dei caduti a Curtatone e a Montanara trasse la gendarmeria a far fuoco sul popolo, e il governo a decretare si togliessero dalla chiesa le lapidi, che poi la pietà e lo sdegno degli esuli riprodussero a Torino col permesso del municipio sotto i portici del palazzo di città.
Intanto nella febbre di congiure, che ardeva tutta Italia provocando nuovi martirii di illustri patrioti, qualche crollo impauriva pure la Toscana, ove la mitezza remissiva della popolazione e la forza delle truppe straniere occupanti consigliavano anche ai più caldi un'attesa prudente di futuri rimpasti italici per opera specialmente del Piemonte. Alcuni tentativi nella Lunigiana parvero piuttosto scorribande di fuorusciti che levate di ribelli; le indomabili agitazioni di Livorno, se mantennero vivo l'odio allo straniero e le speranze del patrio riscatto, non crebbero eventi e non produssero risultati politici.
Lo stesso enorme processo fatto al Guerrazzi dopo tre anni di carcere per reato di lesa maestà con sfarzo di testimoni e di prove che gli diedero l'effimera e chiassosa importanza di uno spettacolo teatrale, conchiuse meglio contro il fiero tribuno che contro il fedifrago granduca; giacchè quegli nella propria Apologia volendo dimostrare di aver solamente inteso alla restaurazione del principato, dopo che i fautori della repubblica lo avevano atterrato, discese più basso di questi, che nel tradimento alla rivoluzione poteva almeno pretendere alla scusa di difendere la propria Casa. In fatti il granduca con abile diversione, dopo i molti rigori commutando la lunga pena dell'ergastolo al Guerrazzi e a' suoi correi Montanelli, Mazzoni, Mordini e Modena in quella del bando, si mostrò più bonario principe che il Guerrazzi medesimo non si fosse provato sincero rivoluzionario e saldo statista.
La restaurazione toscana prima soggiaciuta, poi volontariamente prosternatasi all'Austria ed al clero, non potè assimilarsi alcuna idea della vinta rivoluzione, ma rinculando fatalmente nella storia indietreggiò di quasi un secolo col tradimento della grande tradizione leopoldina. Il suo governo si restrinse a soli due compiti, frenare colla polizia l'insofferenza liberale del popolo e persuadere a Vienna lo sgombro delle milizie imperiali dal granducato. Questo le fu concesso nel 1855, quando le finanze del piccolo stato impoverite non reggevano più a tanta spesa. Quindi il granduca restava colle sole armi della polizia e delle truppe indigene, che nullameno valsero a tenere in rispetto il popolo persuaso di un pronto ritorno degli austriaci a qualunque moto rivoluzionario.
La mollezza toscana mantenne la pace nel granducato. Solo Livorno tentò nel 1857, per la tragica spedizione di Pisacane a Sapri, una sommossa contro la quale bastarono le soldatesche granducali. Della brutta giornata di sangue, il Bargagli, governatore della città, annunziava l'esito ai cittadini in proclama, ammonendo che «coloro i quali resisterono e furono sorpresi colle armi alla mano ne pagarono il fio colla morte».
Più trista e più feroce la reazione di Carlo III a Parma faceva parere tollerabile il governo toscano.
Carlo Lodovico di Lucca, divenuto per diritto di riversibilità signore di Parma alla morte di Maria Luigia e allo scoppio della rivoluzione, aveva finto sul principio di secondare la guerra nazionale mandando al campo di Carlo Alberto il proprio figlio, che invece fu sorpreso fuggiasco e travestito vilmente verso Mantova e ricondotto a Milano, ove il governo provvisorio lo relegò guardato a vista in un albergo. Ma spaventato poi dalla piega degli avvenimenti Carlo Lodovico era fuggito delegando ogni potere ad una reggenza concordata col municipio. All'armistizio Salasco il conte Thurn occupò militarmente i ducati e vi rispettò la guardia nazionale, la costituzione e le leggi emanate dal governo autorizzato da Sua Altezza Reale; questi invece qualificò d'intrusa la reggenza e ne cassò tutti gli atti. Sciaguratamente per l'Italia non era questa la prima volta che conquistatori stranieri vi si erano mostrati migliori dei principi indigeni.