Quindi non corsero subito trattative diplomatiche d'accordi.
Nelle provincie ribelli i governi provvisorii duravano. Parma e Modena, quella compresa nel teatro della guerra, questa posta sul suo confine, avevano ricevuto i primi contraccolpi della rivoluzione. La duchessa Maria Luigia era indarno ricorsa alla protezione dell'Inghilterra, giacchè il reazionario ministero Malmesbury veniva indi a poco rovesciato: poi l'Austria, ritirando le truppe dai Ducati per concentrarle sul Mincio, l'aveva abbandonata. Laonde la duchessa esulò, dirigendo un proclama ai propri sudditi, nel quale, dopo molti vanti sulle cure del proprio governo per tutti i progressi «politici e saviamente liberali», raccomandava al solito la nomina di una commissione di governo per la tutela dell'ordine.
Il municipio aveva affidato il governo temporaneo ad un triumvirato composto del conte Girolamo Cantelli, Pietro Bruni ed Evaristo Armani, richiamando in vigore l'atto solenne di annessione al Piemonte decretata dal plebiscito del 1848. Dei triumviri, il Cantelli aveva servito insino allora alla Corte della duchessa, gli altri non valevano molto meglio di lui. Si abrogarono tosto lo stato d'assedio e i tribunali straordinari. A Piacenza, appena sgombrata dagli austriaci, si improvvisò un uguale triumvirato; poi le due città deputarono oratori a Torino, perchè si accettasse il loro voto di annessione. Ma il veto di Napoleone a Vittorio Emanuele lo impedì, benchè i Ducati fossero compresi negli ingrandimenti stipulati a Plombières. Quindi venne mandato commissario governativo nelle provincie parmensi il conte Pallieri, abile magistrato. A questi, richiamato per ordine dell'imperatore, successe il triumviro Giuseppe Manfredi.
Se la duchessa Maria Luisa aveva esulato senza resistenza, il duca Francesco di Modena tentò di sbraveggiare da Brescello alla testa di settemila uomini, ma alla notizia del concentramento sul Mincio delle truppe austriache fuggì a Mantova. I suoi ultimi atti di governo furono degni dei primi: vuotò l'erario, saccheggiò musei e biblioteche, ed emanò un supremo editto di minaccia contro tutti coloro che avessero attentato ai suoi diritti sovrani.
Nullameno la città, risaputa la partenza del presidio austriaco da Bologna, tumultuava e traeva con bandiera italiana al palazzo ducale. I reggenti cedettero. Una eptarchia di cittadini riunitasi a governo richiamò in vigore l'atto d'annessione al Piemonte del 1848 per dimettere poco dopo ogni suo potere nelle mani dello storico Luigi Zini, primo commissario governativo. Quindi giungeva governatore regio Luigi Carlo Farini (20 giugno 1859).
Nelle legazioni e nelle Marche il pacifico moto insurrezionale si era allargato facilmente. Mentre la Corte Romana, cullandosi nella fiducia di una vittoria austriaca, respingeva burbanzosamente le istanze francesi per una rinnovazione delle sue proteste del 1815 contro la nuova occupazione di Ferrara e di Comacchio, appena i presidi tedeschi si ritirarono dalle provincie (11 giugno) vide rovinare silenziosamente il proprio governo. A Bologna s'instituì una Giunta provvisoria di quinqueviri, che sfrattò il cardinale legato Milesi: la Romagna, le Marche, l'Umbria s'associarono a Bologna nominandola metropoli. Nessuno spargimento di sangue: solo ad Ancona il presidio pontificio minacciò la moltitudine e conservò il castello.
Con unanime voto tutte le città insorte invocarono inutilmente la dittatura di Vittorio Emanuele.
Allora la Corte Romana, irritata dalla sorpresa, benchè scarsa di soldatesche, precipita a reazione. Il popolo non insorge; Ancona e tutte le altre città delle Marche ricadono senza sangue sotto il dominio pontificio; solo Perugia, assalita con 2500 mercenari dal colonnello svizzero Schmid, resiste debolmente ed infelicemente. Gli ordini di Roma contro di essa sono atroci: la Giunta improvvisata di governo si smarrisce invece nell'inazione: i magistrati municipali l'abbandonano timidamente, lasciando ad alcuni gruppi di popolani più risoluti preparare la battaglia. Ma pochi, male armati, peggio guidati, fra lo sgomento della moltitudine e l'odio dei villani, che in tutte le campagne parteggiavano ancora per il papa, debbono soccombere. Un osceno e truce saccheggio insanguina la città, si profanano chiese, si violano ospedali, orfanotrofi, monasteri, mentre da Roma escono vanti ribaldi dell'impresa, e il vescovo della città, oggi papa col nome di Leone XIII, celebra pompose esequie ai pochi sgherri caduti, scrivendo sul loro catafalco con satanica ironia: Beati mortui qui in Domino moriuntur. Con non meno crudele insensibilità il conte Cavour accusa i caduti di faziosi e riconosce solennemente il diritto sovrano del papa.
Ma la reazione pontificia rattenuta dalla stessa volontà di Napoleone, che frenava l'espansione piemontese, non osò invadere le Romagne; la Cattolica, meschino villaggio marittimo fra Rimini e Pesaro, segnò il limite della rivoluzione: da questo vigilava il generale Luigi Mezzacapo coi volontari romagnoli arruolati in Toscana. Napoleone III gli aveva permesso di difendersi e proibito di assalire.
Pareva allora che lì sarebbe il confine del nuovo stato piemontese. L'incertezza politica, che confondeva dolorosamente le provincie insorte, si sbrogliava, ma più dolorosamente in Toscana. Mentre i Ducati e le Legazioni, vedendo ricusato il loro voto d'annessione al Piemonte, cominciavano a tremare nella fede al nuovo re, in Firenze s'apriva la prima scena del dramma bonapartista. L'urto delle diplomazie europee v'era cresciuto di giorno in giorno dalla fuga del duca Leopoldo: Russia, Prussia ed Inghilterra si ostinavano a riconoscerlo ancora sovrano: Vittorio Emanuele ricusava la dittatura, promettendo un protettorato indefinibile; il Buoncompagni, mandatovi commissario, male si accontava coi governanti provvisori ancora ammalati di autonomia amministrativa e intenti colla tradizionale avarizia del paese ad economizzare fatica e denaro per la guerra dell'indipendenza. Finalmente potè deciderli a ritirarsi e a nominare un altro governo, del quale divenne mente e volontà il barone Bettino Ricasoli: nell'impossibilità di convocare tosto il parlamento si costituì una consulta di quarantadue membri per aiuto e sindacato dei ministri; ne fu presidente venerato per sventura di cecità e lustro di vita Gino Capponi.