La ruina sotto dolci parole si propagava in altre parti d'Italia; perchè, trovandosi Buonaparte, per le vittorie di Lodi e di Borghetto, e così per la ritirata di Beaulieu alle fauci del Tirolo, sicuro alle spalle e sul sinistro fianco, voltò l'animo ad allargarsi sul destro, chè quivi ricche e fertili terre l'allettavano. Restavano, oltre a ciò, a domarsi il papa ed il re di Napoli e ad espilare il porto di Livorno. Per la qual cosa, spingendo avanti le sue genti, dopo l'occupazione di Modena, s'incamminava alla volta di Bologna, città forte più d'ogni altra d'Italia, piena d'uomini forti e generosi, e che, conoscendo bene la libertà, non la misurava nè dalla licenza nè dal servaggio forastiero.
Aveva il senato di Bologna anticonosciuto che per la vittoria di Lodi diveniva il generale franzese signore di tutta la Lombardia. Però, desiderando di preservare il Bolognese dalle calamità che accompagnano la guerra, aveva a molta fretta, dopo di aver creata un'arrota d'uomini eletti con autorità straordinaria, mandato a Milano i senatori Caprara e Malvasia coll'avvocato Pistorini, acciò, veduto il generalissimo, il pregassero d'aver per raccomandata la patria loro. Al tempo medesimo il sommo pontefice, spaventato dall'aspetto delle cose, siccome quegli che nell'approssimarsi dei repubblicani vedeva non solo la ruina del suo Stato temporale, ma ancora novità perniciose alla religione, specialmente se come nemici allo Stato pontificio si accostassero, aveva commesso al cavaliere Azara, ministro di Spagna a Roma, che già era intervenuto alla composizione con Parma, andasse a Milano e procacciasse di trovar modo d'accordo con quel capitano terribile della repubblica di Francia. Era Azara molto benignamente trattato da Buonaparte, e perciò personaggio atto a far quello che dal pontefice gli era raccomandato. Furono dal generale umanamente uditi i senatori di Bologna: parlaronsi nei colloqui segreti di molti gravi discorsi, il fine dei quali tendeva a slegare i Bolognesi dalla superiorità pontificia, a restituire quel popolo alla sua libertà statuita, già com'è noto da ognuno, fin dai tempi della lega lombarda, e ad impetrare che i soldati repubblicani, passando pel Bolognese, vi si comportassero modestamente. Questi erano suoni molto graditi ai popoli di quel territorio: Buonaparte, che sel sapeva, promise ogni cosa e più di quanto i deputati avevano domandato; sì che partironsi molto bene edificati di lui, e se ne tornarono a Bologna. Intanto le sue genti marciarono. Comparivano il 18 giugno in bella mostra e con aria molto militare poco distante da Bologna dalla parte di Crevalcuore. Nel giorno medesimo una banda di cavalli condotta da Verdier entrava, come antiguardo, in Bologna, e, schieratasi avanti il palazzo pubblico, faceva sembiante d'uomini amici e liberali. Il cardinal Vincenti legato, non prevedendo che fosse giunta al fine in quella legazione l'autorità di Roma, avvisava il pubblico dell'arrivo dei Franzesi e della buona volontà mostrata dai capi. Esortava che attendesse quietamente ai negozii; comandava che rispettassero i soldati; minacciava pene gravi, anche la morte, secondo i casi, a chi con parole o con fatti gli offendesse. Entrava poi il seguente giorno la retroguardia; arrivavano alla notte Saliceti e Buonaparte.
Era Bologna stata spogliata del dominio di Castelbolognese, terra grossa situata oltre Imola, e fondata anticamente dai Bolognesi desiderosissimi di ricuperare quell'antica colonia; nè alla ricongiunzione ripugnavano i castellani medesimi. Buonaparte, informato dai deputati di questi umori, come prima arrivava a Bologna, restituiva il possesso di Castelbolognese, ed aboliva ogni autorità del papa, reintegrando i Bolognesi nei loro antichi diritti di popolo libero ed indipendente. Nè ponendo tempo in mezzo, comandava al cardinal Vincenti legato se ne partisse immantinente da Bologna. Indi, chiamato a sè il senato, a cui era devoluta l'autorità sovrana, gli significava che, essendo informato delle antiche prerogative e privilegii della città e della provincia, quando vennero in potere dei pontefici, e come erano stati violati e lesi, voleva che Bologna fosse reintegrata della sostanza del suo antico governo. Ordinava pertanto che l'autorità sovrana al senato intiera e piena ritornasse; darebbe poi a Bologna, dopo più matura deliberazione, quella forma di reggimento che più al popolo piacesse, e più all'antica si rassomigliasse: prestasse intanto il senato in cospetto di lui giuramento di fedeltà alla repubblica di Francia, ed in nome e sotto la dipendenza di lei la sua autorità esercesse: i deputati dei comuni e dei corpi civili il medesimo giuramento in cospetto del senato giurassero.
Preparata adunque con grande sontuosità la sala Farnese, e salito sur un particolare seggio, riceveva Buonaparte il giuramento de' senatori; quindi si accostarono a prestarlo, presente sempre il generale di Francia, i magistrati sì civili che ecclesiastici: il che fece in tutta Bologna una gran festa, grata al popolo, perchè nuova e con qualche speranza, grata al senato, perchè da servo si persuadeva d'esser divenuto padrone, non badando che se era grave la servitù verso il papa, sarebbe stata gravissima verso i nuovi signori.
Diessi principio al nuovo stato, secondo il solito, a suon di denaro. Pose Buonaparte gravissime contribuzioni di guerra. Si querelavano i popoli, pure se ne acquetavano, perchè sapevano che bisogna bene che i soldati vivano del paese che hanno; solo si sdegnavano dello scialacquo, nè potevano tollerare di dar materia ai depredatori, chè i soldati e gl'Italiani ugualmente rubavano. Poco stante successe, come a Milano, un fatto enorme, che dimostrò vieppiù qual fosse il rispetto che si portava alle proprietà. Imperciocchè, poste violentemente le mani nel monte di pietà, lo espilavano per far provvisione, come affermavano, allo esercito. Solo restituirono i pegni che non eccedevano la somma di lire ducento. Ma, temendo gli autori di tanto scandalo lo sdegno di un popolo generoso, quantunque attorniati da tante schiere vittoriose, avevano per previsione ordinato che si togliessero l'armi ai cittadini.
I repubblicani, procedendo più oltre, s'impadronivano di Ferrara, fatto prima venir a Bologna, sotto specie di negoziare sulle faccende comuni, il cardinale Pignatelli legato, e quivi trattenutolo come ostaggio, finchè fosse tornato da Roma sano e salvo il marchese Angelelli ambasciadore di Bologna. Creato dà vincitori a Ferrara un municipio d'uomini geniali, vi posero una contribuzione di un mezzo milione di scudi romani in contanti e di trecento mila in generi. Queste angherie sopportavano pazientemente e per forza Bologna e Ferrara; ma non le potè tollerare Lugo, grosso borgo, posto in poca distanza da Imola; perchè, concitati gli abitatori a gravissimo sdegno contro i conquistatori, si sollevarono gridando guerra contro i Franzesi. Concorsero nel medesimo moto coi Lughesi altre terre circonvicine, e fecero una massa di popolo molto concitata e risoluta al combattere. Augereau, come ebbe avviso del tumulto, mandava contro Lugo una grossa squadra di cavalli e di fanti. Comandava intanto pubblicamente avessero i Lughesi a deporre l'armi e ad arrendersi fra tre ore, e chi nol facesse fosse ucciso. Aveva in questo mezzo il barone Cappelletti, ministro di Spagna, interposta sua mediazione; ma fu sdegnosamente rifiutata da que' popoli più confidenti di quanto fosse il dovere in armi tumultuarie ed inesperte. Per la qual cosa, dovendosi venire per la ostinazione loro al cimento dell'armi, i Franzesi si avvicinavano a Lugo partiti in due bande, delle quali una doveva far impeto dalla parte d'Imola, l'altra dalla parte d'Argenta. La vanguardia, che marciava con troppa sicurezza, diede in un'imboscata, in cui restarono morti alcuni soldati. Nonostante, volendo il capitano franzese lasciar l'adito aperto al ravvedimento, mandava un uffiziale a Lugo per trattare della concordia. Fu dai Lughesi rifiutata la proposta; narra anzi Buonaparte che i sollevati, fatto prima segno all'uffiziale che si accostasse, lo ammazzarono, con enorme violazione de' messaggi di pace. Si attaccò allora una battaglia molto fiera tra i Franzesi ed i sollevati. La sostennero per tre ore continue ambe le parti con molto valore. Finalmente i Lughesi, rotti e dispersi, furono tagliati a pezzi, con morte d'un migliaio di loro, avendo anche perduto la vita in questa fazione ducento Franzesi. Fu quindi Lugo dato al sacco; condotte in salvo dal vincitore le donne ed i fanciulli, ogni cosa fu posta a sangue ed a ruba. Fu Lugo desolato. Furono terribili le pene date dai repubblicani ai sollevati, ma non furono più moderate le minacce che seguitarono. Comandava Augereau che tutti i comuni si disarmassero e le armi a Ferrara si portassero; chi non le deponesse fra ventiquattr'ore fosse ucciso; ogni città o villaggio dove restasse ucciso un Franzese fosse arso; chi tirasse un colpo di fucile contro un Franzese fosse ucciso, e la sua casa arsa; un villaggio che si armasse, fosse arso; chi facesse adunanze di gente armata o disarmata fosse ucciso.
Al tempo medesimo sorgeva un grave tumulto ne' feudi imperiali prossimi al Genovesato, principalmente in Arquata, con morte di molti Franzesi. Vi mandava Buonaparte, a cui questo moto dava più travaglio che il rivolgimento di Lugo, perchè lo molestava alle spalle, il generale Lannes con un buon nerbo di soldati, acciocchè lo quietasse. Conseguì Lannes facilmente l'intento tra per la paura delle minacce e pel terrore de' supplizii.
Le vittorie de' repubblicani, i progressi loro verso la bassa Italia, l'occupazione di Bologna e di Ferrara avevano messo in grandissimo spavento Roma. Ognuno vedeva che resistere era impossibile, e l'accordare pareva contrario non solo allo Stato, ma ancora alla religione. Tanto poi maggior terrore si era concetto, quanto più non si poteva prevedere quale avesse ad essere la gravità delle condizioni che un vincitore acerbo per sè, acerbissimo pel contrasto fattogli, avrebbe dal pontefice richiesto.
Intanto Pio VI, che in mezzo al terrore de' suoi consiglieri e del popolo serbava tuttavia la solita costanza, avea commesso al cavaliere Azara ed al marchese Gnudi andassero a rappresentarsi a Buonaparte e procurassero di trovare qualche termine di buona composizione, avendo loro dato autorità amplissima di negoziare e di concludere. Buonaparte, in nome e per far cosa grata al re di Spagna, che per mezzo del suo ministro si era fatto intercessore alla pace, in realtà perchè non gli era nascosto che l'imperadore, finchè teneva Mantova, non avrebbe omesso di mandar nuove genti alla ricuperazione de' suoi Stati in Italia, e che però sarebbe stato a lui pericoloso l'allargarsi troppo verso l'Italia inferiore, acconsentì, ma con durissime condizioni, a frenar l'impeto delle sue armi contro lo Stato pontificio. Laonde concludeva il dì 23 giugno una tregua coi due plenipotenziarii del papa, in cui fu stipulato che il generalissimo di Francia e i due commissarii del direttorio Garreau e Saliceti, per quell'ossequio che il governo franzese aveva verso sua maestà il re di Spagna, concedevano a sua santità una tregua da durare infino a cinque giorni dopo la conclusione del trattato di pace che si negozierebbe in Parigi fra i due Stati; mandasse il papa, più presto il meglio, un plenipotenziario a Parigi al fine della pace, e perchè escusasse, a nome del pontefice, gli oltraggi e i danni fatti a' Franzesi negli Stati della Chiesa, specialmente la morte di Basseville, e desse i debiti compensi alla famiglia di lui; tutti i carcerati a cagione di opinioni politiche si liberassero; i porti del papa a tutti i nemici della repubblica si chiudessero, ai Franzesi si aprissero; l'esercito di Francia continuasse in possessione delle legazioni di Bologna e Ferrara, sgombrasse quella di Faenza; la cittadella d'Ancona con tutte le artiglierie, munizioni e vettovaglie si consegnasse a' Franzesi; la città continuasse ad esser retta dal papa; desse il papa alla repubblica cento quadri, busti, vasi, statue, ad elezione de' commissarii che sarebbero mandati a Roma; specialmente i busti di Giunio Bruto in bronzo, di Marco Bruto in marmo si dessero; oltre a questo, cinquecento manoscritti, ad elezione pure de' commissarii medesimi, cedessero in podestà della repubblica; pagasse il papa ventun milioni di lire tornesi, de' quali quindici milioni e cinque cento mila in oro od argento coniato o vergato, e cinque milioni e cinque cento mila in mercatanzie, derrate, cavalli e buoi; i ventuno milioni suddetti non fossero parte delle contribuzioni da pagarsi dalle tre legazioni; il papa desse il passo ai Franzesi ogni qual volta che ne fosse richiesto: i viveri di buon accordo si pagassero.
Questi furono gli articoli patenti del trattato di tregua concluso tra Pio VI ed i capi dei repubblicani in Italia. Quantunque fossero molto gravi, parve nondimeno un gran fatto che si fosse potuto distornar da Roma un sì imminente pericolo: fecersi preci pubbliche per la conservata città. Intanto non lieve difficoltà si incontrava per mandar ad effetto il capitolo delle contribuzioni. Non potendo l'erario già tanto consumato dalla guerra, sopperire, faceva il papa richiesta degli ori e degli argenti sì delle chiese come dei particolari, e quanto si potè raccorre a questo modo, e di più il denaro effettivo che infino dai tempi di papa Sisto V si trovava depositato in Castel Santangelo, fu dato per riscatto in mano dei vincitori. S'aggiunse che il re di Napoli, vedendo avvicinarsi quel nembo a' suoi Stati, aveva ritirato sette mila scudi di camera che erano depositati nel tesoro pontificio, come rapresentanti il tributo della chinea, e che la camera apostolica non aveva voluto incassare, perchè il re aveva indugiato a presentare al tempo debito la chinea. Una così grossa raccolta di denaro coniato produsse un pessimo effetto a pregiudizio della camera apostolica e dei privati, il quale, fu che le cedole, che già molto scapitavano, perdettero viemmaggiormente di riputazione. Così solamente ad un primo romore di guerra e sul bel principio d'una speranza di pace, le cose pubbliche tanto precipitarono in Roma, che già vi si provavano gli estremi d'una guerra lunga e disastrosa.