La presenza dei Franzesi negli Stati pontificii aveva bensì atterrito i sudditi, ma non gli aveva fatti posare, e si temevano ad ogni tratto nuove turbazioni. Per la qual cosa il papa, esortato dal generale repubblicano, e mosso anche dall'interesse dei popoli, raccomandava con pubblico manifesto e comandava ai sudditi, trattassero con tutta benignità i Franzesi, come richiedevano i precetti della religione, le leggi delle nazioni, gl'interessi dei popoli e la volontà espressa del sovrano.
Tutte queste cose faceva il pontefice in confermazione dello Stato. Intanto o perchè la cessazione delle armi si convertisse in pace definitiva, o perchè con una dimostrazione efficace di desiderar di conchiuderla, si pensasse di aspettare con minori molestie occasione di risorgere, si inviava dal pontefice a Parigi l'abate Pieracchi con mandato di negoziare e di stipulare la pace.
Eransi udite con grandissima ansietà a Napoli le novelle delle vittorie dei repubblicani sul Po e sull'Adda, ma alla ansietà succedeva il terrore quando vi si intese la rotta totale dei Tedeschi e la loro ritirata verso il Tirolo. L'impressione diveniva più grave quando i soldati di Buonaparte, occupato Reggio e Modena, nè, nulla più ostando che entrassero nell'indifesa Romagna, si vedeva il regno esposto all'invasione. Laonde il re, volendo provvedere con estremi sforzi ad estremi pericoli, perchè, o fosse solo o dovesse secondare le armi imperiali, gli era necessità di usare tutte le forze, ordinava che trenta mila soldati andassero ad alloggiar ai confini verso lo Stato ecclesiastico; ma perchè si facesse spalla e retroguardo a tanta gente con altre squadre d'uomini armati, comandava che si tenessero pronte a marciare e di tutto punto si allestissero, ed in corpi regolati si ordinassero tutte le persone abili alle armi, la qual massa avrebbe aggiunto quaranta mila combattenti. Perchè poi si usassero coloro che consentissero di buona voglia ad accorrere alla difesa del regno, dava loro privilegii e speranza di ricompense onorevoli. Volendo poi favorire anche con l'autorità e con l'armi spirituali le forze temporali, scriveva ai vescovi ed ai potentati del regno lettere circolari, con cui gli ammoniva e con parole patetiche gli esortava dicendo, che la guerra, che già da tanto tempo desolava l'Europa, e nella quale già tanto sangue e tante lagrime si erano sparse, era non solamente guerra di Stato, ma di religione; che i nemici di Napoli erano nemici del cristianesimo; e, così proseguendo, esortassero adunque, conchiudeva, i popoli ad impugnar le armi contro un nemico a cui niuna legge era sacra, niuna proprietà sicura, niuna vita rispettata, niuna religione santa; contro un nemico che, dovunque arrivava, saccheggiava, insultava, opprimeva, profanava i tempi, atterrava gli altari, perseguitava i sacerdoti, calpestava quanto di più sacro e più reverendo ha ne' suoi dogmi, ne' suoi precetti e ne' suoi sacramenti divini lasciato alla Chiesa sua Cristo Salvatore.
Così parlava il re ai vescovi ed ai prelati del regno. Rivolgendosi poscia ai sudditi, con espressioni molto instanti gli ammoniva, dicendo, sarebbero vincitori di questa guerra se a loro stesse a cuore difendere sè stessi, il re, i tempi, i ministri del Signore, le mogli, i figliuoli, le sostanze. Dio è con voi, esclamava, Dio vi proteggerà contro le armi barbare.
Ma perchè in tempi di tanta costernazione vieppiù per l'amore della religione s'infiammassero i popoli alla difesa, in un giorno prestabilito si conduceva il re, accompagnandolo una gran moltitudine di popolo, alla basilica, dove, toccando gli altari e stando tutti tra la riverenza e lo spavento, intentissimi ad ascoltarlo, con fervorose parole orando, depose sulla sacra mensa le reali divise, come in custodia del sommo Iddio.
Queste dimostrazioni producevano effetti incredibili in quel popolo. Certamente, se le mani fossero state tanto pronte all'operare quanto erano le menti ad immaginare, si sarebbero veduti da Napoli effetti notabilissimi a salute di tutta Italia.
Partiva Ferdinando da Napoli, indirizzando il viaggio agli alloggiamenti di Castel di Sangro, di San Germano, di Sora e di Gaeta; fuvvi accolto con segni di grandissima allegrezza dai soldati. Intanto il rumore delle occupate legazioni e le ultime strette in cui era caduto il pontefice avevano indotto nei consiglieri del re la credenza che l'accordare fosse più sicuro del combattere. Perlocchè non aspettando pure che il papa patteggiasse in definitiva pace, nè consentendo a trattar degli accordi coi repubblicani di concerto con lui, mandavano al campo di Buonaparte il principe Belmonte Pignatelli, affinchè negoziasse una sospensione di offese, proponendosi d'inviarlo poscia a Parigi a concluder la pace col Direttorio. Buonaparte, fatte sue considerazioni su Mantova che ancor si teneva, e sulla stagione calda che oggimai si avvicinava, udiva con benigne orecchie le proposte del principe. Il 5 di giugno si concluse tra il generale e lui un trattato di tregua, con cui si stipulava che cessassero le ostilità tra la repubblica ed il re delle Due Sicilie; le truppe Napolitane, che si trovavano unite a quelle dell'imperatore, se ne separassero e gissero alle stanze nei territorii di Brescia, Crema e Bergamo; si sospendessero le offese anche per mare, ed i vascelli del re al più presto dalle armate inglesi si segregassero; si desse libero passo ai corrieri respettivi tanto per le terre proprie e conquistate dalla repubblica quanto su quelle di Napoli. Fatto l'accordo, andarono i Napolitani, lasciati gl'imperiali, alle destinate stanze. Così il papa fu solo lasciato nel pericolo dal governo di Napoli, che pure testè aveva mostrato tanto ardore per la difesa della religione, convenendo, senza che prima la necessità ultima fosse addotta, con coloro che poco innanzi aveva chiamati nemici degli uomini e di Dio.
In questo mezzo tempo si spogliavano dall'accorto vincitore di statue, di quadri, di manoscritti preziosi, di oggetti appartenenti a storia naturale Parma, Pavia, Milano, Bologna e Roma. A questo fine aveva mandato il Direttorio in Italia per commissarii Tinette, Barthelemi, Moitte, così Thouin, Monge e Berthollet, acciocchè procedessero alla stima ed allo spoglio; dal quale ufficio, così poco onorevole per la patria loro, non si sa come, benchè l'abbiano temperato con molta moderazione, non rifugisse al tutto l'animo loro.
Si avvicinavano intanto i tempi dei rei disegni del Direttorio contro l'innocente Toscana. Intendevasi, col comparire armati in questa provincia, spaventare maggiormente il pontefice ed il re di Napoli. Ma i principali fini loro in ciò consistevano che si cacciassero gl'Inglesi da Livorno, vi si rapissero le sostanze dei neutri, vi si ponessero il segno ed il modo di far muovere la vicina Corsica contro gl'Inglesi che la possedevano; ingegnandosi poi d'onestare il fatto col pretesto che gl'Inglesi tanto potessero in Livorno, che il granduca più non avesse forza bastante per frenargli, e dovere la repubblica con le sue forze andare a liberarlo da tale tirannide.
Per la qual cosa, come prima ebbe il generalissimo posto piede in Bologna e confermatovi il suo dominio, metteva ad effetto la risoluzione di correre contro la Toscana per andarsene ad occupare Livorno. Era suo intento di fare la strada di Firenze per mettere maggiore spavento nel papa; del che avendo avuto avviso il granduca, mandava a Bologna il marchese Manfredini ed il principe Tommaso Corsini, perchè facessero di dissuaderlo dall'impresa, od almeno da lui questo impetrassero, che piuttosto per la via di Pisa e di Pistoia che per quella di Firenze si conducesse. Negava il generale repubblicano la prima richiesta, consentiva alla seconda. Perlochè non indugiandosi punto, e con la solita celerità procedendo, perchè il sorprendere improvvisamente Livorno era l'importanza del fatto, già era arrivato con parte dell'esercito a Pistoia. Dal qual suo alloggiamento manifestava, il 26 di giugno, le querele della repubblica contro il granduca e la sua risoluzione di correre contro Livorno.