Le lettere di Buonaparte partorirono l'effetto che se ne aspettava. I novatori, già rotti dai soldati regi ed ora caduti dalle speranze degli aiuti di Francia, posarono interamente. Domati i democrati, si faceva passo dalle battaglie ai suplizii: erano giusti, perchè contro i ribelli, ma sì frequenti che pareano piuttosto vendetta che giustizia. Di quattordici si prendeva l'estremo supplizio a Biella; di più di trenta in Asti; nè Moncalieri stava senza sangue, oltre quel di Tenivelli. Vidersi più di dieci giustiziati a Racconigi; poi si soprastava per intercessione del principe di Carignano, dolente di veder quella sua terra piena di sangue. Notossi fra i giustiziati un giovine Goveano, di natali onesti ed apparentato con famiglie di buona condizione. A questo tratto fu molto biasimato, anzi lacerato il governo, come di una cosa enorme, e questa fu che il re, avendo ordinato che si perdonassero ed in dimenticanza si mandassero i fatti di Racconigi, fu il supplizio susseguente al perdono. A Chiari le palle soldatesche ammazzarono venti persone in un giorno. Tanti supplizii frenavano pel presente, preparavano rivoluzioni per l'avvenire; avrebbero raffermo uno Stato intatto, indebolivano uno Stato scosso, insidiato e circondato da ogni parte da esempi pestiferi.
La moltiplicità dei supplizii non isvoglieva gli animi dall'infelice Boyer, perchè chiaro per la santità dei costumi, chiaro per le dipendenze della famiglia, faceva tutta la generazione intenta a lui. Una giunta mezzana tra militare e civile il processava. S'offerivano testimonii pronti al carcere per le difese. Non furono ammessi, perchè si sospettava che amassero meglio servire alle amicizie ed alle opinioni che alla verità. Pure quello aver negato le difese parve cosa incomportabile. Castellango fra i giudici, Priocca fra i ministri, opinavano per la mansuetudine, il primo perchè gli pareva che il sangue di quel giovane non importasse, il secondo per questo stesso ed anche per compassione. Fu Boyer col suo compagno Berteux sentenziato a morte, e ambedue giustiziati sugli spaldi della cittadella. La morte sua contristava tutta la città e la rendeva attonita e paventosa lungo tempo.
Buonaparte vincitore desiderava che un testimonio solenne si fondasse in Italia, il quale, oltre gli scritti, che morti sono, tramandasse ai posteri la memoria viva de' suoi illustri fatti e del suo valore. Questo era, come si è narrato, uno Stato nuovo, che fosse a lui obbligato della sua origine e della sua conservazione. Oltre a ciò, non essendo ancora le cose della pace del tutto ferme, poichè ad ogni momento si poteva prorompere nuovamente all'armi, voleva che sorgesse in mezzo alle monarchie d'Italia e contro l'imperatore medesimo una repubblica che, fondata sui principii nuovi, desse loro cagione continua d'inquietudine. Parevagli ancora che la fondazione della nuova repubblica avesse nella opinione dei popoli a compensare la distruzione di una vecchia, e che la Cisalpina potesse in lui cancellare il biasimo incorso per la Veneziana. Forse in questo, come alcuni pensarono, oltre la gloria e le minacce, covava un pensiero più recondito nel caso in cui, per opera o di altrui o sua, venisse a mutarsi la forma del governo in Francia, riducendosi di nuovo all'antica, cioè alla monarchia; poichè quel nuovo Stato italiano avrebbe potuto divenire per esso lui o asilo o ricompensa.
Per le quali cose, come prima ebbe fermato i patti di Leoben e dato ordine a quanto più pressava nel suo esercito, se n'era tornato a Montebello, donde poteva e svegliar le pratiche della pace e dar moto alle faccende cisalpine. Continuavano nella Cisalpina le provocazioni di moti incomposti nei paesi circonvicini, le quali erano o palesi nei giornali, nei ritrovi politici, nelle condotte ai soldi cisalpini di soldati piemontesi, austriaci, polacchi, papali e napolitani, che nelle legioni lombarda e polacca si descrivevano, o segrete per gli uomini mandati a posta, per lettere, per arti di ogni sorta, in cui vivamente si travagliavano i fuorusciti di ogni contrada d'Italia, massimamente i Piemontesi ed i Napolitani, i primi pericolosi, per la natura tenace, i secondi pericolosi per la natura loquace. Le cose che si scrivevano a quei tempi in Milano contro il re e contro il papa, sarebbe lunga faccenda raccontare. Erano esorbitanze pazze e stravaganti, l'esagerazione stessa serviva di rimedio. Ma era in Milano un motivo assai più efficace, e quest'era un ritrovo pubblico, che chiamavano società di pubblica instruzione, dove con appositi discorsi, si ammaestravano i popoli, che concorrevano ad ascoltare, nelle nuove dottrine, e donde scritti innumerevoli partivano al medesimo fine e nella Cisalpina largamente si diffondevano. Apparivano e risplendevano molto principalmente in questo ritrovo politico uomini dotti e leali operatori per fin di bene, ma servi ancor essi delle illusioni dei tempi. In un discorso, e basti dir di questo, di un giovane dotto, che aveva l'animo buono e come buono non sospettava in altrui quel male che non aveva in sè, esposti prima con molto acume i modi con cui gli uomini s'aggregavano primitivamente in società, favellava egli la domenica dei 7 maggio, paragonando le antiche epoche colla presente, descrivendo la libertà siciliana data da Timoleonte ed esortando gl'Italiani a vivere lontani dall'ozio e dalle discordie, con queste voci la sua orazione terminava: «Conosci, o popolo, la tua forza; la lega che dagl'Italiani si organizzò contro Brenno e contro il Barbarossa, te ne darà l'idea vantaggiosa. Vivi alla libertà, a quella libertà che, abbandonate le amene sponde del Ceso e del Peneo e fermatasi per qualche secolo sulle mal sicure rive del Tebro, dopo essere stata sì lungamente ne' boschi, e ne' deserti nascosta, comparve di nuovo per grandeggiar sulla Senna e per brillar con successo intorno al Po, da dove tutto scorrerà un giorno il bel paese, che Apennin parte e 'l mar circonda e l'Alpe.»
Quali effetti partorissero questi incentivi in Piemonte e nel Genovesato, si è già raccontato. Il ducato di Parma, a grave stento si manteneva per la protezione di Spagna, alla quale per allora la Francia non voleva pregiudicare. Continuava la Toscana nel suo tranquillo stato, sebbene la presenza dei soldati repubblicani, la pressa insolita per le contribuzioni, e le arti cisalpine vi avessero prodotto qualche impressione. Lucca, corrotti con denari e fattisi benevoli alcuni agenti repubblicani dei primi, si manteneva negli ordini antichi, non senza grandissime querele dei patriotti cisalpini che quella aristocrazia ardentemente detestavano. Del resto si contaminava Roma stessa, dove si scoversero congiure per cambiar lo Stato, ed in cui si mescolarono Franzesi ed Italiani, nobili e plebei, cristiani ed ebrei. Condotti dall'occupamento del secolo, avevano parlato molte cose e nessuna operato, per modo che Giuseppe Buonaparte, che a quei tempi sedeva in Roma, gli ebbe a chiamare Bruti in pensiero, femminelle in atto. Certo non avevano nè seguito sufficiente, nè mezzo di esecuzione. Nondimeno il pontificio governo se ne sbigottiva e gli animi si sollevavano. A Napoli covavano crudi fatti sotto velame quieto; oltre a ciò mandavansi truppe di soldati verso le frontiere romane: il governo macchinava ingrandimento; e voleva per sè e domandava con molta istanza ai Franzesi Fermo ed Ancona in Italia, Corfù, Cefalonia e Zante nella Grecia. Le quali richieste erano non senza riso udite dal direttorio e da Buonaparte, più inchinati a sovvertire gli Stati deboli che ad ingrandirli. Nella Valtellina, provincia suddita ai Grigioni, nascevano più che parole o congiure o desiderii; i popoli vi tumultuavano a mano armata, protestando voler essere uniti alla Cisalpina. Fuvvi qualche sangue: poi dai Grigioni e dai Valtellini fu fatto compromesso nella repubblica Franzese. Pronunziò Buonaparte il lodo, stante che non erano comparsi a dir le loro ragioni i legati dei Grigioni che avessero i popoli della Valtellina a divenir parte della cisalpina. Per tale sentenza Chiavenna, Sondrio, Morbegno, Tirano e Bormio, terre principali di quella valle con tutti i distretti, sottratte dalla divozione di gente tedesca si congiungevano con gente italiana. Così dalla parte d'Italia si apriva ai repubblicani la strada nelle sedi più recondite delle nazioni elvetiche, grande aiuto ai disegni che si avevano.
Buonaparte intanto, al quale piacevano le dicerie dei patriotti per sommuovere gli Stati altrui, ma non erano ugualmente a grado per fondare un suo governo, perchè sapeva che con modi di simil forma non si reggono i popoli, aveva applicato l'animo ad ordinare la Cisalpina con una costituzione regolare. Erasi fino allora retta la Lombardia col freno d'una amministrazione generale, potestà non solo serva del generalissimo, ma ancora di qualunque più sottoposto commissario o comandante, ed il raccontare tutte le sue condiscendenze sarebbe lunga bisogna. Non era padrona dei tempi, ma i tempi la dominavano. Quello non era governo nè civile, nè libero, nè comune; ma bensì un reggimento incomposto, difforme ed a volontà di forastieri; perciò era veduto non senza disprezzo e indegnazione dei popoli.
Buonaparte, ch'era solito a gettar via gli stromenti, che per servir lui erano divenuti odiosi, si risolveva a far mutazione. Avendo dato vita alla Cisalpina nei patti di Leoben, le volle dar ordine con leggi a Montebello. Primieramente creava una congregazione di dieci personaggi rinomati per sapienza e per costume, a cui commetteva il carico di formare il modello della costituzione cisalpina. Fra essi notavasi il padre Gregorio Fontana, uomo maraviglioso per la profondità e vastità delle dottrine, e certamente fra i dotti dottissimo. Buonaparte interveniva spesso alla congregazione. Pareva che dovesse sorgere qualche gran fatto da un Buonaparte e da un Fontana. Ne usciva una copia della costituzione franzese con poche mutazioni e di niun momento. Restava che quello che si era fatto in nome, si recasse in atto. Eleggeva Buonaparte quattro cisalpini al direttorio; furono quest'essi: Serbelloni, Moscati, Paradisi, Alessandri. Siccome poi non si potevano così presto eleggere i rappresentanti che nei due consigli legislativi dovevano sedere, creava Buonaparte quattro congregazioni, l'una di costituzione, l'altra di giurisprudenza, la terza di finanze, la quarta di guerra, composte d'uomini, se non tutti, certamente la maggior parte, migliori dei tempi. Conservassero, voleva, il mandato infino a che fossero creati ed entrassero in ufficio i consigli legislativi. Finalmente per compir quanto ai supremi ordini politici dello Stato si apparteneva, il capitano di Francia chiamava ministro di polizia Porro, di guerra Birago, di finanza Ricci, di giustizia Luosi, di affari esteri Testi. Al tempo medesimo nominava secretario del direttorio Sommariva.
Tessuto con parole di molta superiorità pubblicava un manifesto da servir per principio alla cisalpina repubblica. Destinavasi il dì 9 luglio ed il campo del Lazzaretto fuori di Porta Orientale, vasto e magnifico, al pubblico e solenne ingresso della Cisalpina repubblica. Accorrevano chiamati alla solennità piena di tanti augurii i deputati di tutti i municipii, di tutti i drappelli delle guardie nazionali, di tutti i reggimenti assoldati dalla repubblica. Era, nei giorni che precedevano la festa, in tutta la città una folla ed un andar e venire di popoli contenti; pareva che non solo la nobile Milano, ma ancora tutta l'Italia a nuovo destino andasse. Aprivasi alle ore 9 del destinato giorno il campo della confederazione (che così dal fatto chiamarono il Lazzaretto), e vi accorrevano giulivamente ed a pressa meglio di quattrocento mila cittadini. Suonavano le campane a gloria, tiravano i cannoni a festa; innumerevoli bandiere tricolorite col turchino o col verde sventolavansi all'aria, e le grida e il tumulto e le esultazioni per l'infinita contentezza andavano al colmo. I democrati non capivano in sè dall'allegrezza e dicevano le più strane cose del mondo. Pareva, ed era veramente un gran passo da quella vita morta di una volta a quella viva d'adesso; la magnifica Milano, città di per sè stessa e per naturale indole allegrissima, ora tutta più che fatto non avesse mai, sin dall'intimo fondo suo si commoveva e si rallegrava. Entrava nel campo il direttorio coll'abito verde ricamato d'argento alla cisalpina: il seguitavano i magistrati e gli uomini eletti della città; gli uni e gli altri magnifico spettacolo. Nel punto dell'ingresso spesseggiavano vieppiù con le salve le artiglierie, i popoli applaudivano, le bandiere si sventolavano: celebrava l'arcivescovo sull'altare apposito la messa; in questo mentre a quando a quando rimbombavano le artiglierie. Dopo il santo sacrificio benediva l'arcivescovo ad una ad una le presentate bandiere. Seguitava un concerto strepitosissimo e pure melodioso d'inni, di suoni, di viva repubblicani. Sorgeva in mezzo l'altare della patria; aveva sui lati inscrizioni secondo il tempo: sopra, un fuoco acceso simboleggiatore dell'amore della patria; a' piedi urne con motti dimostrativi del desiderio, e della gratitudine verso i soldati franzesi morti nelle cisalpine battaglie per la salute della repubblica. Quest'erano le cisalpine allegrezze e cerimonie. Assisteva Buonaparte seduto in ispecial seggio alla testa, al quale, come a vincitore di tante guerre ed a fondatore della repubblica, riguardavano principalmente i popoli circostanti. Nè piccola parte dello spettacolo erano gli uomini delegati di Ferrara, di Bologna, dell'Emilia, di Mantova stessa, ancorchè non ancora fosse unita alla repubblica, venuti ad esser presenti a quella solennità, non solo inconsueta, ma non vista mai nel corso dei secoli, grande testimonianza d'amore e di concordia italiana.
Serbelloni, presidente del direttorio, dal luogo suo levatosi, e sopra un più elevato seggio postosi, fatto silenzio in mezzo agli adunati popoli favellava, e giunto a quel passo: «Accendiamoci di un amor santo di patria, giuriamo concordemente di viver liberi o di morire: il direttorio della Cisalpina repubblica lo giura il primo e ve ne dà l'esempio,» sguainata la spada ed i suoi colleghi levati i cappelli, ad alta voce giuravano. Giuravano al tempo stesso gli uomini deputati, giuravano i capi de' reggimenti, giurava l'adunato popolo intiero: i viva, le grida, i plausi, il batter delle mani, il lanciare i cappelli, lo sventolar delle bandiere facevano uno spettacolo misto, romoroso ed allegro.
Ciò detto, continuava orando il presidente, «manterrebbe col sangue e con la vita, se fosse d'uopo, il direttorio la costituzione e le leggi. Sovvengavi, terminava, o cittadini, sovvengavi che questa terra che abitiamo, è la terra de' Curzi, degli Scevola, de' Catoni; imitiamo quelle grandi anime, in ogni umano caso imitiamole e lascino ogni speranza di vincerci i nostri nemici, e insieme la Europa si accorga che qui l'antica Roma rinasce.»