Preparavasi in questo mentre un accidente molto grave contro i Napolitani. Era Championnet venuto in disgrazia del direttorio, e perchè non contento all'aver rincacciato dallo Stato romano i Napolitani, avesse subitamente, non aspettati nuovi comandamenti, invaso il regno di Napoli, mentre esso direttorio desiderava di temporeggiare, e perchè si apparecchiava a fare una spedizione in Sicilia per torre al re quell'ultima parte de' suoi dominii; il quale intento toccava certi tasti molto reconditi del ministro Taleyrand, sì che questi, accennando col direttorio in un luogo col pretendere il motivo che bisognasse frenare quello spirito ambizioso di Championnet, e battendo veramente in un altro, aveva operato che il direttorio rivocasse il generale. Prese allora Macdonald il governo supremo dei Franzesi; tornò Faipoult in Napoli ad estenuare i poveri Partenopei.
Mentre si travagliava con poco frutto nella capitale per la repubblica, moti di grandissima importanza accadevano nelle provincie. Non amavano i baroni il nuovo Stato, manco ancora i Franzesi, e siccome tutti avevano bande di bravi che da loro dipendevano, uomini audacissimi, ed alcuni facinorosi, le spingevano a tentare rivoluzioni contro coloro che dominavano. Gli ecclesiastici, che non ignoravano che, sebbene fossero vezzeggiati in quei principii del governo, erano da lui veduti malvolentieri, con le maggiori persuasioni che potessero pruomovevano le inclinazioni contrarie. Molti soldati vecchi del re, non essendosi voluti accomodare al dominio dei nuovi signori, si erano ritirati nei luoghi più lontani ed inaccessi; quivi attendevano a fomentare discordie e sollevazioni. A questi si accostavano molti altri uffiziali e soldati dell'esercito regio, i quali, dopo di essersi dimostrati pronti a servire i repubblicani, da loro non curati o per necessità o per la penuria dell'erario, o perchè non se ne fidassero, si erano sdegnosamente partiti e condottisi nelle provincie, quivi con le parole incendevano e con la presenza animavano le popolazioni ad insorgere. Tutti questi erano anche confortati da qualche corpo di gente armata che, dopo l'occupazione di Napoli, o si erano ritirati interi od erano mandati dalla Sicilia appunto con l'intento di sostenere quei moti che si manifestavano sulla terra ferma in favore della potestà regia. A questi motivi tanto potenti si aggiungevano i romori che correvano delle armate turche e russe che dovessero fra breve arrivare nell'Adriatico con grossi soccorsi di gente da sbarco in favore de' regii. Questi aiuti, parte veri, parte ancora esagerati dalla fama, mirabilmente infiammavano i popoli a proseguire i disegni che già avevano concetti.
Dimostravano quanto fossero deboli nelle provincie i fondamenti del governo nuovo i successi avuti nelle terre d'Otranto e di Bari da alcuni fuorusciti Corsi, che sulle prime avevano maggior desiderio di fuggire che di combattere: ma il moto si fece d'importanza: accorrevano buoni e cattivi, nobili, plebei, laici, ecclesiastici, e da un accidente fortuito nasceva un gran fondamento a far risorgere l'autorità del re.
Quasi al tempo stesso sbarcava con poche genti a Reggio di Calabria il cardinal Ruffo, al quale il re aveva dato facoltà amplissime, chiamandolo suo vicario. Il secondavano il preside della provincia Winspear e l'uditor Fiore. Questo debole principio in poco spazio di tempo cresceva a dismisura e produceva un moto che fu cagione di accidenti di grandissimo momento. Primieramente nella ulteriore Calabria, per le aderenze che la sua famiglia vi aveva, trovava il cardinale molto seguito: poi qualche nervo di truppa reale si aggiungeva, e finalmente chi voleva il re o le vendette o il sacco, a lui cupidamente si accostava. Guadagnò prima le campagne, poscia le terre aperte, finalmente le murate e tanto crebbe la sua potenza, che presi Mileto, Monteleone e Catanzaro, riduceva in poter suo tutta la Calabria ulteriore. Il cardinale Zurlo Capece, arcivescovo di Napoli, lo scomunicava, ed egli scomunicava l'arcivescovo. Nè contenendosi nelle parole, anzi, seguitando il corso favorevole della fortuna, assaltava Cosenza, capitale della Calabria esteriore, e quantunque ella fosse una forte sede di repubblicani, dopo una battaglia assai feroce se ne impadroniva. Prese, non senza una ostinata difesa, Rossano, prese Paola, bellissima città di Calabria, la prese e l'arse per l'animoso contrasto fattovi dai repubblicani; quest'era la pessima delle guerre civili. Ruffo prevaleva; il terrore l'accompagnava e gli dava in mano tutte le Calabrie insino Matera. Quivi si congiunse con de Cesare, sommovitore della provincia di Bari.
Tumultuando le Calabrie, non si mostravano le provincie, anche le più vicine a Napoli, più quiete; gente sfrenata guidata da capi ancor più sfrenati, commettevano, sotto specie di voler rinstaurare il governo regio e difendere la religione, atti della più eccessiva barbarie. Uno Sciarpa, antico soldato, uomo tanto audace quanto feroce, aveva posto a romore le rive del Sele, tempestando fin sotto alle mura di Salerno. Dalla parte della Campania era sorto in Sora un moto pericolosissimo, suscitato specialmente da un Mammone Gaetano, prima mulinaro, poi capo dei sollevati di Sora. Commise costui opere indegnissime. Dall'altra parte dell'Apennino incrudeliva Proni con le sue Abruzzesi bande, risorto a nuovo furore, perchè Duhesme e Lemoine si erano condotti sotto le mura di Capua e di Napoli. Ma la più pericolosa e più importante sommossa, dopo quella del cardinale ardeva nella Puglia, sì perchè era molto grossa per sè, sì perchè a lei si erano congiunti gli Abruzzesi, sì perchè alle abruzzesi rive avevano adito le armate russe, ottomane ed inglesi, e sì perchè la Puglia per la feracità delle sue terre nodriva la popolosa Napoli.
A questo modo, nonostante la gloriosa vittoria di Championnet, da Napoli in fuori e da alcune rare terre nelle provincie, in cui i repubblicani si difendevano piuttosto con valore smisurato che con isperanza di vincere, tutto il paese si era commosso a favore del re, quantunque i modi che si usavano non fossero degni nè del re nè di alcun altro governo che sia al mondo. Pressavano massimamente le cose della Puglia per motivo delle vettovaglie. Inoltre diminuivano i Franzesi, per tanto ardimento dei popoli, continuamente di riputazione, ed ogni giorno più si rendeva necessario che con qualche nuovo e segnalato fatto mostrassero, che non era cessato in loro per le delizie di Napoli il valore.
Per la qual cosa erasi deliberato Championnet (queste cose accadevano prima della sua partenza) a fare due spedizioni, una contro la Puglia, l'altra contro la Calabria, commettendo la prima alla fede ed al pruovato valore di Duhesme, la seconda al generale Olivier. Accompagnava Duhesme, da parte del governo napolitano con una legione napolitana ma con le compagnie ancor non piene, il conte Ettore di Ruvo, giovane d'incredibile ardire, d'animo feroce e capace di tentare qualunque difficile e pericolosa impresa. Dopo varie vicende, era venuto con Championnet, e per mezzo suo fu facilitata la conquista del regno, massimamente quella della capitale. Ora il governo napolitano, conoscendo la natura indomabile e irrequieta di quest'uomo, che sempre pasceva l'animo di pensieri smisurati e si mostrava più inclinato a comandare che ad obbedire, il mandava con Duhesme in Puglia, dove erano le sue terre, sotto colore che trovandosi in paese proprio e pieno di parenti e d'amici, vi facesse gente. Fecevi gente in verità e per pagarla, poichè ai mezzi non guardava, ma solo al fine, e neanche se questo fosse giusto o no, che ciò poco gl'importava, pose taglie e fece depredazioni incredibili, non considerando nè come nè contro chi, o repubblicani o regi che si fossero: soldati e denari per pagargli, questo solo voleva. Il governo aveva qualche sospetto di lui: eppure era il solo uomo capace di puntellare quello Stato cadente: l'avrebbe anche fatto, ma forse per sè, non per la repubblica.
Accompagnava Olivier per alla volta della Calabria uno Schipani, piuttosto repubblicano ardente, che buon soldato, e non di natura tale che potesse star a fronte dell'audace Sciarpa e dell'astuto ed animoso cardinale. Partivano Duhesme ed il conte Ettore: marciavano cauti per paura d'agguati e di assalti improvvisi in un paese sollevato; marciavano spigliati e divisi per ispazzare largamente il paese: con loro marciavano i consigli militari, sempre pronti a dannare a morte gli autori delle sollevazioni. Molti presi furono incontanente uccisi. Così dall'un canto Duhesme ed il conte Ettore incrudelivano coi supplizii contro i regi, dall'altro Sciarpa, Mammone e Ruffo incrudelivano anche coi suplizii contro i repubblicani. Le ire erano crudeli, le vendette terribili; le ire chiamavano le vendette, le vendette le ire. Marciava Duhesme spartito in due colonne. Vinte parecchie città, si deliberava ad andare all'assalto di San Severo, perchè distrutto quel nido principale, sperava che gli altri si sottometterebbero. Erano i regi in San Severo grossi di dodici mila combattenti fra soldati vecchi e gente collettizia. Prese le stanze sopra un monte fecondo di ulivi, dominavano tutta la pianura sottoposta, che avevano assicurata con cavalleria e cannoni piantati contro la stretta, che alla pianura medesima apriva l'adito. Accorgendosi i regi che i repubblicani si distendevano a sinistra per assaltarli di fianco e alle spalle, si calarono con grandissimo ardire ed attaccarono con loro una sanguinosissima battaglia. Durò lunga pezza, con grave uccisione da ambe le parti, perchè il valore era uguale nei due eserciti nemici, e se prevalevano i regi di numero, prevalevano i repubblicani in perizia. Infine andarono i primi in volta, e già al punto stesso il generale Forest arrivava alle loro spalle. Allora fuvvi piuttosto carnificina che uccisione. Tre mila soldati vi perdettero la vita: tutti o la più parte l'avrebbero perduta, se una moltitudine di donne e di fanciulli in abito squallido e lugubre, miserando spettacolo, non fosse venuta a chiedere umilmente ed istantemente al vincitore la vita dei padri, dei mariti e dei figliuoli loro. Piegavasi Duhesme a misericordia, quantunque fosse molto sdegnato, e comandava che cessassero le ferite e le morti.
La fama della vittoria di San Severo ridusse all'obbedienza le contrade vicine, aperse anche le strade per Pescara, cosa di molta importanza pei Franzesi. Intanto licenziato Championnet, aveva Macdonald assunto il governo, e non solo Duhesme era stato richiamato dalla Puglia, ma ancora gli fu comandato che ritirasse le genti appresso Napoli. Le quali cose saputesi dai regii, inondavano di nuovo la provincia e tagliavano le strade dalla Puglia a Napoli. Fu ben forza allora, se non si voleva che Napoli affamasse, il pensare a riconquistare le terre perdute ed a rompere quella testa di regii, che si era adunata in Trani. Era Trani, come anche Andria, munita con fortificazioni vecchie e nuove; pieno tutto d'uomini armigeri, rabbiosi e risoluti a difendersi. S'incamminava l'assalto da Andria: ad estremo pericolo era per succedere estrema barbarie.
Incominciò la battaglia con furor civile da ambe le parti; gli assalitori combattevano con egregio valore, ma con non minore animo si difendevano gli assaliti, nè i primi facevano frutto di momento. Già venivano alle scale, cimento per essi molto pericoloso, quando il tirar di un obice atterrava la porta di Andria. Precipitaronsi i Franzesi; a loro si accostavano i napolitani. Continuarono ciò non ostante a difendersi furiosamente da tutte le case i regi. Non venne la città intieramente in poter dei repubblicani se non dopo che tutte le case, le contrade, le piazze furono piene di cadaveri e di sangue. Nè tante morti nè tanto sangue bastarono: non fu contento il destino se non alla distruzione totale della misera terra. Sei mila Andriotti furono in poco d'ora mandati a fil di spada, la città intiera data alle fiamme; i vecchi, le donne, i fanciulli, e nè anche tutti, furono risparmiati.