Vane furono le diligenti cautele usate per arrestare in viaggio il commissario apostolico. Essendosi resi liberi i mari per una grossa perturbazione di venti e d'acque che aveva sparpagliati i legni genovesi, egli giunse felicemente e prese terra, ai 23 d'aprile, alla torre della Prunetta, dove fu lietamente accolto dal popolo in gran numero a quella spiaggia concorso. Si condusse quindi, in mezzo ad una folla immensa ed accompagnato per onoranza da trecento uomini d'arme, a Campoloro, per ivi dar principio all'esercizio dell'autorità che per volere del pontefice con sè portava. Ai 3 di maggio, mandati dal generale Paoli, il vennero a visitare ed a fargli riverenza due rappresentanti del regno, Giuseppe Barbagio ed un Baldassari, uomini di gran caldo ed autorità nell'isola. Gli pronunziarono graziose parole, alle quali egli rispose accomodatamente e da farli contenti; imperocchè persona destra era, ingegnosa e delle faccende del mondo politico esperta.
Poscia venendo all'esecuzione del mandato, pubblicò un editto per cui, deputati sacerdoti esattori nelle quattro diocesi d'Aleria, Mariana, Acci e Nebbio, ordinò che in mano loro si consegnassero tutti i proventi e le rendite che spettavano alle mense vescovili delle anzidette diocesi ed ai benefizii tanto residenziali che non residenziali, che o al presente fossero in litigio, o dai provvisti non si possedessero in effetto.
Per gratificare al pontefice, che così grande benefizio avea largito col mandare il visitatore apostolico, il consiglio di Corsica, con solenne manifesto, ordinò che nessuno stesse più ad ingerirsi nell'amministrazione de' proventi ecclesiastici nelle quattro diocesi sottoposte all'autorità del visitatore, lasciandogli intiera la facoltà di disporne in conformità ai sacri canoni. In ordine poi ai proventi delle altre diocesi, comandò, affinchè non andassero in benefizio di chi non serviva l'altare e ne farebbe uso contro la nazione, che si depositassero sino a che il sommo pontefice avesse spiegato la sua volontà del come ed in benefizio di chi si dovessero adoperare.
Dalle condiscendenze verso il papa si venne agli sdegni contro Genova. Il consiglio di Corsica, dichiarato primamente che il bando del senato portante la taglia contro il visitatore apostolico era distruttivo della religione e dell'autorità apostolica, offensivo alla maestà del vicario di Cristo, sedizioso e contrario alla sicurezza e tranquillità del loro Stato, corruttivo delle leggi e dei buoni costumi, lo dannò e condannò ad essere lacerato, stracciato, calpestato e gettato nelle fiamme dal pubblico ministro di giustizia; sentenza che restò eseguita nella piazza di Campoloro sotto le forche piantate nel fondo della casa di un sicario e parricida, denominato il Piscaino.
Nè il papa tacque all'atto della repubblica di Genova contro il visitatore apostolico, e pubblicò un editto gravissimo, nel quale per la pienezza dell'apostolica podestà, lo dichiarò «nullo, irrito, invalido, ingiusto, iniquo, riprovato, dannato, vano e temerariamente e dannabilmente da chi non ha potestà emanato.» Nè la signoria di Genova, avuto notizia dell'editto del papa, lasciò di dargli pubblicamente risposta per far capace il mondo della giustizia del suo procedere; sì che del gravissimo litigio tra la santa Sede e la repubblica di Genova chiarissima fama s'innalzò per tutta l'Europa, e, come quello di Venezia, esercitò le penne dei più celebri ingegni, dei quali chi opinava per Genova e chi per Roma. Roma pubblicò la sua apologia, la pubblicò Genova, ed in mezzo a tanta contenzione, si vedeva che il nodo in ciò consisteva, che la sovranità di nome in quelle parti della Corsica apparteneva alla repubblica, e quella di fatto ai Corsi; onde la repubblica si offendeva di ciò che non poteva impedire e che il papa reputava necessario, ed il santo padre, pei provvedimenti da darsi, non poteva non riconoscere quel governo di fatto che la forza aveva stabilito già da parecchi anni senza che Genova l'avesse potuto vietare, e che anzi poca speranza si vedeva che ella in futuro il potesse. Così tra il diritto e la forza nasceva il contrasto; i Corsi si approfittarono della deliberazione del papa, che in loro aggiugneva animo ed in Europa favore e riputazione.
Genova si diede special pensiero di notificare quanto accadeva alla repubblica di Venezia, siccome quella che e per similitudine di forme politiche e per comunanza di massime con sè medesima conveniva. Il console di Genova in Venezia, Biffi, espose al collegio de' savi che la missione del visitatore apostolico tendeva a raffermare que' popoli nella ribellione ed a volgere l'armi contro il loro legittimo principe; che la signoria aveva stimato bene di opporsi ad una tale missione per conservare illesi i diritti del principato; che Roma aveva proceduto ingannevolmente, stante che nel tempo stesso, in cui si trattava un accordo per mezzo del cardinale Delci, decano del sacro collegio, e da monsignore Lazzaro Pallavicino, mentre per Genova passava andando alla sua nunziatura di Spagna, il preteso visitatore era partito di nottetempo da Roma per Civitavecchia, dove si era imbarcato per condursi in Corsica, sur una fregata pontificia; sperare Genova, aggiunse, che la savia Venezia la sua condotta approverebbe.
Il senato veneto, secondo l'antico uso di quella repubblica, fece risposta ne' seguenti termini; «Che sia permesso ai savi del collegio di far chiamar alle porte del medesimo il console di Genova, e per un segretario di questo consiglio significargli quanto segue: dal memoriale che per ordine della vostra repubblica ci avete fatto tenere, rileva il senato, che alle molte inquietudini promosse alla medesima da' Corsi ribelli, aggiungesi in ora quella della dimanda fatta alla Santa Sede per la missione in quel regno di un visitatore apostolico. Nell'atto però, in cui contempla il senato in questa partecipazione un contrassegno di buona amicizia e corrispondenza della vostra repubblica verso di noi, siamo chiamati a palesarne vero rincrescimento, non dissimulando poi anche l'amaro senso, che proviamo pei molesti e dispiacevoli avvenimenti, che turbano la tranquillità d'un governo, cui professando vera amicizia e perfetto attaccamento, manifesteremo sempre il costante desiderio nostro nel mantenere simili sentimenti, dichiarando a voi la nostra considerazione.»
Se mai fu studio per parlare senza dire, nissuno, che si sappia, ha quest'arte imparato ed usato meglio della repubblica di Venezia.
La Corsica, che menava le mani armate di ferro, non istette a badare nemmeno colla penna. Pubblicò ancor essa il suo manifesto per adonestare le cose successe il quale conteneva ragioni, conformi a quelle di Roma, ma con ingiurie contro Genova. Genova faceva bruciare per mano del boia in faccia a Banchi i manifesti de' Corsi, e la Corsica faceva per la stessa mano bruciare i manifesti di Genova.
Il re di Napoli s'interpose per trovar il modo di comporre quella velenosa discordia; ma trovò il governo pontificio meno arrendevole della signoria di Genova. Il re primamente proponeva, che rivocando l'editto de' 13 aprile, il papa si compiacesse di richiamare dalla Corsica il vescovo di Segni; in secondo luogo, che la rivocazione dell'editto fosse di data anteriore a quella del vescovo; terzo, che le due rivocazioni comparissero al pubblico tutte insieme, e perciò prima di pubblicarsi si rimettessero in mano del re.