In cotal modo si raffermava, quanto alle sue particolari sorti, l'animo del pontefice; ma bene piangeva, ed amaramente deplorava le novelle discordie. Deploravale principalmente perchè laceravano le viscere più intime e più vitali della cristianità cattolica: deploravale perchè impedivano l'unione, della quale aveva allora speranza delle parti dissenzienti; imperciocchè aveva concetto il pensiero, che alcuni paesi addetti alle dottrine di Lutero avessero presto a ritornare nel grembo della chiesa. Solo disperava dei Calvinisti, siccome quelli ch'egli riputava più induriti, e che avevano voluto introdurre nel governo ecclesiastico gli ordini democratici.
Quest'erano le tribolazioni di Pio settimo. Ma ecco oggimai avvicinarsi il tempo, in cui la sua virtù doveva esser messa a più duri cimenti. Posciachè si era tentato di spaventarlo coi soldati, di osservarlo colle spie, di sgomentarlo colla segregazione, di scuoterlo con le minacce, si faceva passaggio ad assalirlo con le dottrine, e con le persuasioni di coloro, che o per antica amicizia, o pel carattere di cui erano vestiti, si credeva potessero avere molta autorità nelle sue deliberazioni. La mancanza dell'ufficio pontificale, che il papa ricusava di compire già da parecchj anni, principiava a farsi sentire fortemente nella cristianità cattolica, la condizione peggiorava ogni giorno. Molte sedi vescovili, ricusando il papa le bolle d'investitura, erano vacanti tanto in Francia, quanto in Italia ed in Germania. Altre vacanze si scoprivano alla giornata, ed era per estinguersi l'episcopato. L'imperatore, avendo dato favore col concordato all'opinione cattolica, vedeva non potersi esimere dal ricorrere all'autorità pontificia. Pensò sulle prime di usar l'autorità del cardinal Caprara, arcivescovo di Milano, e legato della santa sede a Parigi, di cui conosceva la condiscendenza. Scrisse il cardinale supplicando al papa, desse le bolle per le sedi vacanti ai vescovi nominati dal consiglio dei ministri dell'imperatore. Aggiunse che Napoleone consentiva, che in esse il pontefice non facesse menzione delle nomine imperiali, purchè egli non v'inserisse la clausula del moto proprio, od altra equivalente.
Rispose risolutamente il pontefice, maravigliarsi, che Caprara queste cose proponesse: esser evidente ch'ei non poteva accomodarvi l'animo: non mai la cancelleria apostolica avere ammesso simili instanze da parte dei laici: del resto, a chi concederebbonsi le bolle, se alle instanze del consiglio dei ministri si concedessero? Non esser loro l'imperatore medesimo? Non gli organi de' suoi ordini, non gli stromenti della sua volontà? Ora dopo tante innovazioni funeste alla religione fatte dall'imperatore, contro le quali egli si era sì spesso e sì inutilmente querelato, dopo tante vessazioni commesse contro tanti ecclesiastici dello stato pontificio, dopo l'esilio dei vescovi e della maggior parte dei cardinali, dopo la carcerazione di Pacca cardinale, dopo l'usurpazione del patrimonio di San Pietro, dopo di essere stato assalito lui medesimo da uomini armati nei penetrali stessi del suo pontificale palazzo, dopo di essere stato forzatamente in terra sotto strette guardie condotto per modo che i vescovi di parecchi luoghi non avevano potuto avvicinarsi a lui, o parlargli senza testimonj, dopo tanti attentati sacrileghi, tacendone anche, per amor della brevità, altri infiniti, contro i quali i concilj generali e le constituzioni apostoliche fulminavano l'anatema, che altro avere lui fatto, se non uniformarsi, com'era suo dovere, ai decreti di questi concilj, se non obbedire ai termini di queste constituzioni? Come adunque potrebbe oggidì riconoscere nell'autore di tante violenze il diritto di nominar i vescovi, come consentire ch'egli l'usasse? Il potrebbe forse senza farsi reo di prevaricazione, senza contraddire a se medesimo, senza dare, con iscandalo gravissimo, materia ai fedeli di credere, ch'egli sbattuto e vinto dalle disgrazie, a tanto di abiezione fosse venuto, che potesse tradire la sua coscienza, e fare quello, ch'essa con terribil voce l'ammoniva di dannare? Pesasse bene, e queste ragioni ponderasse, non secondo la sapienza umana, ma prostrato nel santuario il cardinale, e vedrebbe, quanto vere, quanto inconcusse, quanto incontrastabili fossero. Chiamare tuttavia Dio in testimonio di quanto egli in mezzo a sì crudeli tempeste desiderasse provvedere alle sedie vacanti della chiesa di Francia, di quella chiesa di Francia, suo primo amore, e suo supremo diletto: con quanto piacere abbraccerebbe egli un consiglio, che gli permettesse di soddisfare ad un tempo ed al suo pastorale uffizio, ed a' suoi doveri sacrosanti! ma come potere, come risolversi solo e senza soccorso in un affare di tanta importanza? Toltigli essere tutti i consiglieri suoi, toltagli la facoltà di comunicare con loro, nissuno restargli, da cui pigliar lume in sì spinosa discussione. Se vera affezione avesse l'imperatore alla cattolica chiesa, incominciasse dal riconciliarsi col suo capo: togliesse le innovazioni funeste, rendessegli la sua libertà, la sua sede, i suoi ufficiali; restituissegli il patrimonio, non suo ma di san Pietro; riponesse sulla cattedra dell'apostolo il suo capo supremo, il suo capo di cui ella era vedova e priva dopo la Savonese cattività; rimandassegli i quaranta cardinali dal suo grembo divelti pei crudi comandamenti suoi; richiamasse alle diocesi loro tanti esuli vescovi: pregare incessantemente e ferventemente fra tante sue tribolazioni quel Dio, che tiene in sua mano tutti i cuori, incessantemente e ferventemente pregarlo per l'autore di tanti mali: esaudisselo, piacessegli spirare al duro cuore di Napoleone più salutevoli consiglj; ma se per segreto giudizio di chi tutto sa e tutto puote, altrimenti accadesse, piangerebbe egli le presenti calamità, certo e sicuro che nissuno a lui imputare le potrebbe.
In questo mezzo tempo Napoleone per intimorire il papa, e farlo consentire a quanto egli desiderava, con dargli sospetto che se non consentisse, ei farebbe da se, aveva convocato un consiglio ecclesiastico a Parigi chiamandovi i cardinali Fesch e Maury, l'arcivescovo di Tours, i vescovi di Nantes, di Treveri, d'Evreux, di Vercelli, ed un Emery, prete superiore del seminario di San Sulpizio a Parigi. L'imperatore, per mezzo del ministro dei culti Bigot di Préameneu, personaggio di buona e posata natura, ma che ciò non ostante procedeva con molto calore in questa faccenda contro il papa, propose loro certi quesiti, acciocchè gli dichiarassero. Erano questi prelati, o tutti o la maggior parte, nemici dei seguaci di Porto Reale; ma la fortuna, e la Napoleonica ambizione gli avevano condotti a questo duro passo, o di opinare, circa la potestà della sedia apostolica, conforme alle dottrine di quella famosa scuola, o di dispiacer a Napoleone. Una sola risposta dovevano e potevano dare, ed era quest'essa: che si rimettesse il pontefice nella condizione in cui era quando concluse il concordato, ed allora se ricusasse le bolle, opinerebbero; ma non la diedero, perchè quelli non erano tempi da Ambrogi. Certamente se il papa debbe essere assicurato contro i principi in materia religiosa e spirituale, i principi debbono essere assicurati contro il papa in materia politica e temporale. A quest'ultimo fine mirava la necessità nel papa nel dar le bolle in un dato tempo, salvo i casi d'impedimenti canonici nei nominati; ma la prigionìa del pontefice rendeva impossibile ogni negoziato, e Napoleone voleva non solamente la independenza per se, ma ancora la servitù negli altri. Il governo della chiesa, portavano i quesiti, è egli arbitrario? Può il papa per cagioni temporali ricusare il suo intervento negli affari spirituali? Conviensi, che solamente prelati e teologi trascelti nei piccoli luoghi del territorio Romano giudichino degl'interessi della chiesa universale? Conviensi, che il concistoro, consiglio particolare del papa, sia composto di prelati di tutte le nazioni? Quando no, l'imperatore non ha in se raccolti tutti i diritti, che ai re di Francia, ai duchi del Brabante, e ad altri sovrani dei Paesi Bassi, ai re di Sardegna, ai duchi di Toscana, e simili s'appartenevano? Ancora, ha Napoleone imperatore, o i suoi ministri violato il concordato? Essi migliorata, o peggiorata la condizione del clero di Francia dopo il concordato? Se il sovrano di Francia non ha violato il concordato, può il papa di suo proprio arbitrio, ricusare l'instituzione agli arcivescovi e vescovi nominati, e perdere la religione in Francia, come l'ha perduta nell'Alemagna senza vescovi da dieci anni? Non avendo il governo di Francia violato il concordato, se dal canto suo il papa ricusa di eseguirlo, intenzione di sua maestà è, ch'esso si abbia e si tenga per abrogato: ma in tale caso, che conviensi fare pel bene della religione?
A questi quesiti, che risguardavano specialmente la Francia e l'Italia, se ne aggiunse un altro per l'Alemagna, desiderando l'imperator Napoleone sapere, quale cosa gl'incombesse di fare per la salute della religione in questa parte d'Europa, a lui, che era il cristiano il più potente di tutti, signore dell'Alemagna, erede di Carlomagno, vero imperatore d'Occidente, figliuolo primogenito della chiesa. Ancora ha bisogno la Toscana di nuove circoscrizioni di diocesi, e se il papa non vuol cooperare, che farà sua maestà?
Ancora, e finalmente éssi questa bolla di scomunica stampata e sparsa per tutta Europa: che farà Napoleone imperatore per impedire, che in tempi di turbazioni e di calamità, non diano i papi in questi eccessi di potenza tanto contrari alla carità cristiana, quanto all'independenza, ed all'onore del trono?
Intanto Napoleone costretto dalla necessità, perchè la vacanza delle sedi episcopali turbava la coscienza dei fedeli, essendo a ciò consigliato da coloro che appresso a lui trattavano delle faccende ecclesiastiche, si deliberava ad usare un rimedio, che poteva dargli, secondo che credeva, tempo ad aspettar tempo, e conclusione definitiva delle differenze nate colla santa sede. Aveva egli udito, che dopo la morte del vescovo la giurisdizione episcopale si trasferiva nel capitolo della chiesa cattedrale, e che a questo s'apparteneva il nominare vicarj generali, che governassero la diocesi durante la sede vacante. Oltre a ciò fu fatto sapere a Napoleone, che i capitoli investiti alla morte del vescovo della potestà episcopale, conferivano, secondo gli antichi usi di Francia, la potestà medesima all'ecclesiastico nominato dal sovrano alla sede vacante. Quest'ultimo pensiero gli fu suggerito dal consiglio ecclesiastico. Ma al tempo medesimo il consiglio aveva mitigato il concetto con dire, che lo spediente proposto non poteva essere che transitorio, che solo per l'ultima necessità, e per non lasciar perire l'episcopato in Francia dovevano i capitoli delegare la giurisdizione ai nominati, che, cessata la necessità, si rendeva necessario tornare ai metodi consueti; che sebbene i vescovi nominati e delegati avessero potestà di reggere le diocesi, non potevano esercire tutta la pienezza dell'autorità episcopale, perciocchè, se avevano la giurisdizione, non avevano l'ordine; i vescovi instituiti possono fare certe funzioni, che i vescovi delegati non possono; che pure era richiesto per la salute dei fedeli, e pel perfetto delle diocesi, che l'autorità episcopale tutta intiera in loro si raccogliesse; che del resto non pareva conveniente, che lungo tempo i vescovi esercessero le facoltà loro, e governassero le diocesi come semplici delegati dei capitoli; altro maggior decoro, altra maggiore independenza essere richiesta ad un vescovo perchè si possano aspettare dal suo ministerio i debiti frutti.
Certamente non piaceva neppur a Napoleone, che era d'indole assoluta, questa condizione, che i vescovi, come delegati esercessero, perchè voleva, che i capi fossero padroni, non servi. Ciò nondimeno il guadagnar tempo gli pareva cosa d'importanza. Deliberossi pertanto, insino a che da Savona migliori novelle gli pervenissero, a servirsi del temperamento proposto dal consiglio ecclesiastico. Erano in Francia e nell'Italia Francese diocesi vacanti da lungo tempo, in cui governavano i vicarj capitolari. A volere che i capitoli delegassero l'autorità vescovile ai nominati dall'imperatore, era d'uopo che i vicarj rinunziassero: conciossiachè non vi potessero essere due delegati. A questo fine indirizzava i pensieri il governo Napoleonico; dal che nacquero accidenti di non poca importanza. Aveva Napoleone nominato vescovo d'Asti in Piemonte il prelato Dejean, fratello d'un suo ministro. Richiesti del rinunziare, i vicarj del capitolo ricusarono. Avute le novelle, Napoleone sdegnosamente decretava: fosse il capitolo d'Asti ridotto a sedici, i beni spettanti ai canonicati soppressi cadessero in potestà dei fisco, i renitenti fossero arrestati e processati, come di crimenlese. Aggiungeva Bigot di Préameneu, che sua maestà si era risoluta ad unire al fisco i beni dei vescovati, dove sorgessero erbe di ribellione. Aveva Napoleone nominato Osmond vescovo di Nancy, uomo di nobile tratto e di pulitissima favella, all'arcivescovato di Firenze. Scrisse risolutamente il pontefice al vicario capitolare, comandando che non rinunziasse, che era Osmond illegittimo secondo i canoni. Seguitarono effetti conformi: non ebbe mai Osmond quieto vivere in Firenze.
Ma a quest'amarezza serbava il cielo Napoleone imperatore, che il prigioniero di Savona gli turbasse i suoi pensieri nella capitale stessa del suo impero. Aveva egli nominato arcivescovo di Parigi il cardinale Maury, surrogandolo al Fesch, che nominato ancor esso alla medesima sede non aveva voluto accettare. Maury, parendogli un bel seggio il Parigino, l'accettò. Seppelo il santo padre per avviso mandato dal cardinal Dipietro, che confinato a Semur faceva una mirabile polizia a suo modo. Scrisse un breve ai vicarj capitolari di Parigi della colpevole audacia del cardinale, e del debito loro gravemente ammonendogli. Essere, rammentava, il cardinale Maury un intruso, essere irremissibile la sua temerità; calcare lui i sacri canoni, calcare le decretali dei papi, calcare tutte le leggi dell'ecclesiastica disciplina: avessero i vicari per nulli tutti gli atti che il cardinale facesse: niuna qualità, niuna giurisdizione l'intruso avere, tutte a lui essere negate, tutte tolte: essere legato Maury alla chiesa di Montefiascone; niuno poternelo sciorre, che la santa sede: le sue risoluzioni gli comunicassero, e dell'esecuzione l'ammonissero. Intanto Maury, che non era uomo da sgomentarsi così alla prima, nè solito a cambiarsi in viso pei rabbuffi, scriveva al papa informandolo della sua nomina, ed accettazione dell'arcivescovil sede di Parigi. Rispose il pontefice, maravigliarsi dell'audacia sua, ma maggior dolore ancora sentirne, che maraviglia: inaspettato e deplorabile accidente, sclamava, ch'egli tanto da se stesso disforme fosse divenuto, che ora quella causa della chiesa abbandonasse, che sì degnamente aveva patrocinata nei calamitosi tempi della rivoluzione. Adunque, continuava, la podestà civile questo punto vincerà, che ella al governo delle chiese chi più le pare e piace, instituisca? Adunque sarà cassa la libertà ecclesiastica, le elezioni invalide, il scisma presente? Tali essere gli effetti, tali i risultamenti dell'esempio detestabile che egli dava. Pertanto comandava al cardinale, pregavalo, scongiuravalo, incontanente cessasse dal governo della Parigina chiesa, si ritirasse dagl'imperiali doni: quando no, procederebbe rigorosamente contro di lui.
Non erano le opinioni conformi nel capitolo di Parigi; chi amava meglio l'imperio che la chiesa, e chi la chiesa meglio che l'imperio. Più erano i primi che i secondi; quelli avevano accettato Maury, questi gli contrastavano. Degli ultimi Paolo Dastros, canonico e vicario generale, preso occasione del mandare al vescovo di Savona certe dispense, aveva supplicato al papa, affinchè il consigliasse di quello che si avesse a fare nelle congiunture presenti. Il santo padre rispondendo, tornava in sul chiamare Maury intruso, disubbidiente, uomo di audacia intollerabile: ordinava, ed in virtù della santa obbedienza comandava a Dastros, incontanente mostrasse al cardinale la sua lettera, e gl'imponesse da parte sua, che dalla temeraria impresa si ritirasse.