Veneratore della civiltà pagana, usava e abusava dei titoli divini che l'adulazione del basso impero aveva attribuiti agli imperatori. A suo figlio Corrado diceva «stirpe divina del sangue de' Cesari», e diva mater nostra alla regina Costanza; i suoi cortigiani applicavano a lui frasi scritturali: Terra promessa, Betlem della marca d'Ancona la città di Jesi ove nacque: egli il giusto disceso dalle nubi, e su cui i cieli versano la rugiada; egli il Signore a cui avviarsi camminando sulle acque; egli antistite, cooperatore e vicario di Dio, immagine visibile dell'intelligenza celeste. Pier dalle Vigne suo segretario era denominato suo primo apostolo, nuovo Pietro, destinato a confermar la fede altrui, dacchè l'imperatore gli disse: «Pietro, poichè tu mi ami, pasci le mie pecorelle»; eretto a fronte al falso vicario di Cristo, per esser vicario vero governando secondo la giustizia, istruendo, riformando per mezzo della fede; su questa pietra angolare fondasi la nuova Chiesa imperiale (in cujus petra fundatur imperialis ecclesia); su lui riposò Augusto quando celebrò la cena co' suoi apostoli; ciò ch'egli chiude nessun altro apre; nessun chiude ciò ch'egli aperse: Pietro di Galilea rinegò tre volte il suo maestro, Pietro di Capua non v'è pericolo che neghi il suo, neppur una volta[67].
Così da un lato profanavansi le memorie sante, dall'altro tornavasi verso quell'antichità, a cui non repugnava la pretensione di governar le coscienze non meno che i corpi, e Federico fantasticava una supremazia religiosa, simile a quella degli imperatori greci e dei musulmani, che congiungevano i due poteri; e invidiava Vatace imperator d'Oriente, che nulla aveva a temere dalla indipendenza de' preti, e lo persuadeva a non acconsentire alla riunione della Chiesa greca colla romana che era scismatica. E poichè sentiva di non bastare a lottar col papa, divisava spartire la cristianità in tante Chiese nazionali, dove il re fosse anche pontefice, e così il conflitto divenisse impossibile.
Tutto ciò sembra costituirlo quel che oggi diremmo un materialista incredulo, o se vogliasi, un politico indifferente; difetto ben raro in quei secoli. Raccontano che, traversando un campo spigato, dicesse ai suoi seguaci: «Badate a non far guasto, giacchè quei grani potrebbero divenire corpo di Cristo». E veduta la Palestina, esclamò: «Se Dio avesse conosciuto Napoli, certo non sceglieva questa per terra prediletta». E metteva in burla il parto della Vergine, il viatico ed altri dogmi, quasi repugnassero alla ragione e alla natura. Scandolezzava poi col tener a tavola ambasciadori musulmani insieme coi vescovi; guardie arabe custodivano il suo corpo e le sue fortezze; odalische allietavano i suoi riposi abbelliti da rarità orientali e dalle voluttà che avea vedute presso gli emiri di Sicilia e gli sceichi dell'Asia; i Musulmani stessi lo consideravano come un loro credente, perchè educato in Sicilia, e un d'essi avendo, in presenza di lui, proferito un versetto del Corano che nega la divinità di Cristo, egli vietò di infliggergli alcun castigo.
Si disse che egli avesse chiamato Mosè, Cristo e Maometto tre impostori, e l'asseriva Gregorio IX scomunicandolo. Nell'abitudine del medioevo di atteggiare ogni idea in un fatto, il motto trasformossi in un libro Dei tre impostori. Quest'opuscolo venne attribuito a chiunque voleasi denigrare: ad Averroé, a Federico II, a Pier dalle Vigne, ad Arnaldo di Villanuova, a Bonifazio VIII, al Boccaccio, al Poggio, all'Aretino, al Machiavello, al Pomponazio, al Cardano, all'Ochino, al Campanella, a Giordano Bruno, al Vanino, per non dir che dei nostri, ma da nessuno fu veduto. Veramente perirono anche i libri de' Gnostici, de' Manichei, degli Albigesi: distruzione non difficile quando mancava la stampa; anche dopo inventata questa perirono alcune opere, come quella del Sacrifizio di Cristo di cui appena testè si fece lo scoprimento: pure il libro Dei tre impostori noi crediamo non esistesse mai, ma simboleggiasse l'incredulità materiale, derivata dagli Arabi.
L'origine stessa della costoro religione era un'eresia; prendeano a edificare una terza Chiesa accanto alla giudaica e alla cristiana; molti filosofi di quella gente consideravano le tre siccome pari, e siccome sviluppo l'una dell'altra; di tutte con egual libertà discutevano, e con maggiore il gran commentatore Averroé, che tratta di ciarlieri i teologi, e di fantasie le dispute su qualsiasi religione.
Tormentato dalla febbre del sapere, Federico lo cercava interrogando anche i sapienti musulmani. Ad essi nel 1240 presentò varie quistioni, sull'eternità del mondo, il valore e numero delle categorie, la natura dell'anima, il metodo che conviene alla metafisica e alla teologia. Non soddisfatto da alcuno, s'indirizzò al califo almoade Rascid per sapere ove dimorasse Ibn Sabin di Murcia, e saputolo, mandògli quelle dimande. Il dotto arabo rispose come un pedante che vuol mostrare più scienza che non abbia, e finge esser costretto a dissimulare il troppo più che sa; a tu per tu coll'imperatore, o con sapienti da lui mandati, direbbe altre cose secrete, perocchè, soggiunge, se i dottori fossero certi che io risposi a certi punti, mi guarderebbero con orrore, e non so se Dio colla sua bontà e sapienza mi camperebbe dalle loro mani[68].
L'eresia di Federico era più pratica, e consisteva nel voler sostituire se stesso al papa, usurpare le funzioni del sacerdozio, far moneta coi vasi sacri, deporre e istituir prelati, e da questi pretendere segni di sommessione e quasi d'adorazione; e mentre sprezzava la Chiesa perchè non fa più miracoli, voleva ricondurla alla semplicità primitiva.
Per ciò, e per aver giurato di andare alla crociata, poi mentito; andatovi poi, aver patteggiato co' Musulmani, anzichè sterminarli, Gregorio IX lo scomunicò. Federico s'appella a un concilio generale, e Gregorio lo convoca a Roma (1241), poi Innocenzo IV un altro a Lione (1245), ove la Chiesa riunita, e per essa il vicario di Cristo, dichiarano Federico convinto di sacrilegio ed eresia, scaduto dall'impero, dispensati i sudditi dall'obbedirgli. Pier dalle Vigne avea composto un trattato De consolatione, uno De potestate imperiali, e credesi il libello Paro figuralis, ove nel pavone raffigura Innocenzo IV al concilio di Lione, circondato di colombe, tortore, oche, anitre, passeri, rondini, figuranti i cardinali, i vescovi, gli abati d'ogni colore, i cittadini, i mendicanti; il gallo rappresenta il re di Francia, la pica i Guelfi, il corvo i Ghibellini; l'aquila l'imperatore; gli uccelli grifagni Tedeschi, Siciliani, Spagnuoli. Il libercolo non trae valore che dall'opportunità, ma mostra come le nazioni d'Europa non fossero così estranie fra loro, come darebbe a supporre la asserita barbarie; e che già la letteratura militante elaborava l'opinione pubblica. In fatti Federico le proprie discolpe diramò ai principi, mostrandosi eretico appunto nell'atto che voleva scolparsene, poichè gli incitava contro il papa: «Come mai soffrite d'obbedire a figli di vostri sudditi? La Chiesa è divenuta affatto mondana; i suoi ministri, inebriati delle delizie terrestri, non badano guari al Signore; uniamoci, e vigiliamo insieme, affinchè, privati d'ogni superfluo, costoro servano all'Altissimo, contenti di poco... Assisteteci contro la superbia di questi prelati, acciocchè possiamo rassodar la Chiesa dandole le guide più degne, e riformare pel suo bene e per la gloria di Dio, com'è nostro dovere. Ve' come essi impinguano di limosine! Gonfi d'ambizione, aspettano che tutto il Giordano coli nelle loro bocche. Quanto denaro risparmiereste sbrattandovi da codesti scribi e farisei! ai quali se tendete la mano, essi pigliano tutto il braccio; e voi somigliate all'uccello preso nella ragna che, più cerca fuggire, più s'accalappia. Intenzion mia fu sempre ricondurre gli ecclesiastici, e principalmente i più grandi, a tale stato che perseverino sin al fine nelle vie che furono quelle della Chiesa primitiva, menando una vita apostolica, e mostrandosi umili come Gesù Cristo[69]. Noi crediamo far opera di carità togliendo a costoro i tesori di cui sono satolli per loro eterna dannazione».
Ipocrito! se tanto ti sta a cuore la loro salute, perchè non ne lasci a loro stessi la cura? perchè inviti a spogliarli, come poi farà Lutero? Questi pure griderà di tornar la Chiesa alla purità primitiva, e con ciò provocherà tre secoli di guerre e dissidj. E come lui, Federico seminava il concetto di nazionalizzar le Chiese in tutta Europa; e già in Germania, sia per favorire al loro tedesco, sia per l'antica avversione alle cose italiane, varj vescovi e capitoli più non badavano alle ordinanze pontifizie, e persone senza nome giravano liberamente dicendo: «Che scomuniche? che papa? Egli è così tristo, che neppur s'ha da parlarne; piuttosto predicate per Federico imperatore e suo figlio Corrado; essi perfetti; essi re galantuomini».
Di sottomettere la Chiesa allo Stato fece Federico il tentativo nel regno delle Sicilie, ove già la dominazione de' Greci e degli Arabi aveva abituato a una tal condizione di cose. I Normanni eransi provati a delimitare i mutui poteri mediante que' concordati, che il nostro secolo bestemmia senza pur conoscerli, e a cui vuol sostituire la formola assurda della assoluta indipendenza delle due potestà. I trattati conchiusi coi due Guglielmi, con Tancredi, con Costanza imperatrice emanciparono più o meno la società civile; ma Federico, infatuato della propria persona e della propria autorità, cercò sottrarnela affatto; negò al papa l'omaggio che doveagli come re di Sicilia; vi mutò leggi, crebbe tributi, levò soldati senza consenso del pontefice. Per ricolpo Innocenzo IV pubblicò più tardi la famosa bolla 8 dicembre 1248, che tendeva ad assorbir lo Stato nella Chiesa, escludendo ogni intervenzione laica dalla nomina de' prelati, dispensando questi dal giuramento al sovrano e dalla giurisdizione laica, civile o criminale; autorizzando i possessori di beni ecclesiastici a fortificar i castelli, rialzare le ville, ripopolare le distrutte, senza bisogno di regia placitazione.