Vedendo ormai i re sottrarsi alla supremazia papale, e costituire i regni indipendenti, e di rimpatto i popoli cercare contro la tirannide altre garanzie che la tutela pontifizia, Bonifazio procurò da una parte consolidare il diritto ecclesiastico, pubblicando un sesto libro di Decretali (1298), e dall'altra rinfervorare la fede e la devozione mediante l'istituzione del giubileo, che dovesse ogni cento anni rinnovare l'affratellamento della cristianità alle soglie de' santi apostoli. I cronisti non rifinano di stupire dell'immensa folla, accorrente a Roma per quell'indulgenza, tanto che nuove porte dovettero aprirsi nelle mura: parve miracolo che, fra genti così diverse, nessun disordine nascesse, e che si potesse provederle di vitto e di ricoveri. Se i calcolatori meravigliarono al vedere, nella basilica di san Paolo, cherici che notte e giorno co' rastelli raccoglievano i gittati denari, bisogna non tacere che ducentomila pellegrini ciascun giorno aveano cibo dalla providenza del pontefice, il quale pure sfoggiava tutta la pompa delle cattoliche feste, e invitava Giotto, Oderisi di Gubio ed altri nuovi pittori ad abbellire la sua basilica di pitture, mentre vi s'ispiravano Dante e Giovan Villani.
Quanto più la supremazia papale era impugnata, Bonifazio più fortemente la asseriva, come si può vedere sia in quel vi delle Decretali, sia nella Bolla con cui riconobbe imperatore di Germania Alberto d'Austria, sia nell'altra tanto rinfacciatagli Clericis laicos (1296), dove, lagnandosi che i principi invadessero i beni ecclesiastici, scomunicò qualunque ecclesiastico pagasse, qualunque laico ne esigesse tributi, prestito, donativo senza licenza della Santa Sede: dottrina affatto conforme al diritto canonico, allora generalmente accettato, e più specialmente al canone 44 del concilio iv Lateranense[148].
Ora Filippo il Bello, volendo dal lato suo attestare la indipendenza regia, tassava gli ecclesiastici, gl'imprigionava, e dal suo clero fece dichiarare quelle che poi intitolaronsi libertà gallicane, cioè l'obbligo di quella chiesa di obbedire interamente al re, senza che il papa potesse mettervi impedimenti[149].
Bonifazio VIII si oppose, e come protesta pubblicò l'altra famosa Bolla Unam sanctam (1302), ove pronunzia che la Chiesa, una, santa, cattolica, apostolica, ha per capo Cristo e il suo vicario in terra; la potenza spirituale, benchè conferita ad un uomo, pure è divina, e chi ad essa resiste, resiste a Dio; la potenza temporale è inferiore all'ecclesiastica, e dee lasciarsi da questa guidare come dall'anima il corpo, e quando i re trascorrono gravemente, li può ammonire e ravviare; ogni creatura umana rimane sottoposta al pontefice, nè ottiene salute chi creda altrimenti. E decretava che imperatori e re dovessero comparire all'udienza apostolica ogni qualvolta fossero citati, «tale essendo la volontà di Noi che, Dio permettente, imperiamo a tutto l'universo».
Era il grido di sbigottimento di un'autorità che civilmente vacillava. E ne nacque lungo conflitto di cavilli, di villanie, infine di violenze. Quel re appoggiossi ai baroni romani, a malcontenti, a fuorusciti, e dicea loro: «Fate me senatore di Roma: io lascerò libera la Chiesa: terrò il patrimonio di San Pietro, incaricandomi d'esigerne le imposte e pagarne i pesi, e darò al papa un lauto assegno, qual basti al rappresentante di Cristo». Indi procedendo mandò un suo cavaliere, il quale a Bonifazio, ch'e' chiamava Malifazio, intimò un libello, dichiarandolo falso, intruso, ladrone, nemico di Dio e degli uomini; e, secondo lo spirito de' tempi, gli rinfacciava un cumulo di eresie, ricalcate sul materialismo incredulo di Federico II. Quando e' l'ebbe esposto al disprezzo, Sciarra Colonna concitò la turba a gridargli morte; lo ingiuriò nella persona, lo schiaffeggiò; — il re di Francia facea schiaffeggiare lui papa di ottantasei anni, e la plebe sedotta e gli avvocati seduttori applaudivangli del tenerlo prigione: finchè il popolo ravveduto lo liberò; e presto pianse sul venerato sepolcro di esso (1303).
Nè però l'ira de' nemici si spense, e vituperò la memoria di lui, col quale in fatto cessò il montare della potenza pontifizia; lo schiaffo datogli segnò il discendere del papato civile; e perchè questo in lui apparve personeggiato, Bonifazio trovasi più percosso, come avviene all'ultimo ritegno d'ogni rivoluzione.
Il re di Francia comprese quanto vantaggerebbe di denaro e d'influenza se rimovesse la santa sede da Roma per trasferirla nel suo paese, come ai dì nostri divisava Napoleone. Nè ebbe troppa difficoltà a indurre il nuovo pontefice Clemente V a collocarsi in Francia (1309), e da quel punto cominciano quelli che gli Italiani qualificarono settantadue anni di cattività di Babilonia.
Re Filippo era lieto, ma non pago della sua vendetta; insultato in vita e spinto alla morte Bonifazio, anche dopo la tomba lo voleva disonorare, piuttosto disonorare la potestà pontifizia, che in lui avea voluta prostrare. A Clemente, sbigottito dai martirj del predecessore, mise attorno tale assedio, che l'indusse ad abolir l'Ordine dei Templari, e lasciargliene carpire le facoltà. Poi volle processasse Bonifazio di eresia: e fu veramente dato questo scandalo da un papa che non risedeva più in terra propria; e Clemente 13 settembre 1309 da Avignone notificava ai presenti e ai futuri, qualmente re Filippo, per zelo di fede e di pietà e per giovare alla Chiesa, avesselo pregato d'ascoltare alcuni signori, che asserivano Bonifazio esser morto eretico, e doversene condannare la memoria: per quanto gli pesasse il credere ciò, pure, essendo l'eresia il peggiore dei delitti, viepiù detestabile per la persona che n'era accagionata, nè dovendosi lasciarlo senza esame, assegnava il tempo a quei testimonj di comparire e deporre.
Se si fosse dichiarato eretico un papa, cioè interrotta la successione apostolica, Filippo avrebbe assicurato il trionfo della forza sul pensiero, dei governi sulla Chiesa, talchè ormai i re avrebbero potuto quel che voleano. Adunque la cristianità indipendente reclamò contro la scandalosa procedura: eppure in pieno concistoro disputarono accusatori e difensori, imputando Bonifazio d'essersi mostrato avverso a re Filippo in tutte le sue costituzioni, e inoltre ateo, e contaminato di tutte le conseguenze di tale dottrina; in occasione del giubileo avere detto agli ambasciadori di Lucca, di Firenze, di Bologna non doversi credere l'immortalità dell'anima, nè la futura distruzione del mondo, nè la divinità di Cristo. L'enormità stessa delle accuse le palesa false: e l'avere trovato chi le sosteneva attesta con quali arti le appoggiasse re Filippo. Il quale, se lasciò per allora mandare l'accusa agli archivj, ottenne una Bolla ove egli era dichiarato egregio difensore della Chiesa in quanto aveva operato contro Bonifazio; resigli tutti i privilegi tolti; ordinato che dai registri papali si cancellassero le lettere pontificie avverse a lui; a Bonifazio non restò neppure la pietà, che suole accompagnare le vittime della tirannide.
L'accenno che abbiamo fatto de' Templari, ci mena ad altra qualità di eretici. Era quello un Ordine cavalleresco e religioso, istituito per proteggere i pellegrini che visitavano il tempio di Gerusalemme. Vi entravano i cadetti di grandi famiglie; ed arricchitisi d'eredità e di commende, si diffusero per tutta Europa. Perduta Terrasanta, mancò il principale esercizio di loro attività, e abbandonaronsi alle tentazioni della giovinezza ricca ed oziante. Allora fu detto si costituissero in società di eresia e di peccato; e poichè secretissime tenevansi le loro iniziazioni, il vulgo vi suppose qualcosa di straordinariamente scellerato. Fomentò l'opinione Filippo il Bello, e fingendosi zelatore del buon costume per mettere gli artigli sulle immense loro ricchezze, domandò al papa abolisse quell'Ordine. Arrestati a un tratto tutti i cavalieri, processati colla durezza allora consueta, furono la più parte messi a morte.