Ma nella meditazione sul Miserere fatta in prigione, poneva: «Spererò nel Signore, e presto sarò liberato da ogni tribolazione. E per quali meriti? Pe' miei non già, ma per i tuoi, o Signore. Io non offerisco la mia giustizia, ma cerco la tua misericordia. I Farisei si gloriarono nella loro giustizia; onde non hanno quella di Dio, la quale si ha solo per grazia; e nessuno sarà mai giusto innanzi a Dio, solo per aver fatto le opere della legge.
«O cavaliere di Cristo: di che animo sei tu in queste battaglie? Hai tu fede o no?
«Sì, la ho.
«Ben sappi che questa è una grande grazia di Dio, perchè la fede è suo dono, e non per nostre opere: acciò nessuno si possa gloriare».
Queste parole parvero asserire la giustificazione indipendente dalle opere; sicchè quell'opuscolo fu diffuso in Germania da Lutero nel 1523, con una prefazione, ove dichiarava il Savonarola suo precursore, «sebbene ai piedi di questo sant'uomo sia ancora attaccato del fango teologico»[281], e aver lui sostenuto «la giustificazione per mezzo della sola fede, e PERCIÒ venne bruciato dal papa»; e soggiungeva: «Cristo lo canonizzò perchè non appoggiossi sui voti o sul cappuccio, sulle messe o sulla regola, ma sulla meditazione del vangelo della pace; e rivestito della corazza della giustizia, armato dello scudo della fede, dell'elmo della salute, si arrolò non all'ordine de' Predicatori, ma alla milizia della Chiesa cristiana».
Noi sappiamo che non dal papa fu bruciato, e non per questo motivo; ma il libro stesso a cui Lutero s'appoggiava lo smentisce, poichè, primamente, che la fede sia dono gratuito di Dio è sentenza comune di tutti i teologi e del concilio di Trento: poi in esso libro il Savonarola continua: «Chi addurrà un peccatore, sia pur grandissimo, il quale, rivoltosi e convertitosi a Dio, non sia stato accetto e giustificato?... Or non hai tu udito il Signore, che dice, Qualunque volta piangerà il peccatore, e si dorrà de' suoi peccati, io non mi ricorderò delle sue iniquità?... Cadesti? lèvati, e la misericordia ti riceverà. Rovinasti? grida, e la misericordia verrà».
Poi sollecitato dal carceriere a lasciargli qualche ricordo, frà Girolamo sulla coperta di un libro scriveva una Regola del ben vivere, più volte ristampata, ove dice: «Il ben vivere dipende tutto dalla Grazia; onde bisogna SFORZARSI D'ACQUISTARLA, e quando s'è avuta, d'accrescerla... Essa è certamente un dono gratuito di Dio; ma l'esaminar i nostri peccati, il meditare sulla vanità delle cose mondane, c'indirizza alla Grazia; la confessione e la comunione ci dispongono a riceverla... Il perseverare nelle buone opere, nella confessione[282], e in tutto quello che ci ha avvicinato alla Grazia è il vero e sicuro modo d'accrescerla».
Il Savonarola era piuttosto un mistico; e a indicarlo tale, se non bastassero alcuni passi da noi addotti, ben altri potrebbero adunarsi, e per darne uno, quello ove definisce, «L'amore di Gesù Cristo è quel vivo affetto, per cui il fedele desidera che la sua anima diventi quasi parte di quella di Cristo, e che la vita del Signore si riproduca in lui, non per esterna imitazione, ma per interna e divina ispirazione. Vorrebb'egli che la dottrina di Gesù Cristo fosse in lui cosa viva, patir il suo martirio, salir con lui misticamente sulla croce. Amore onnipotente, che non può aversi senza la Grazia, perchè eleva l'uomo sopra se stesso, e la creatura finita congiunge al Creatore infinito»[283].
Ne' processi nega d'essersi spacciato mai come ispirato; pur realmente davasene l'aria, forse come artifizio a cattivar una plebe, che vuol sempre essere illusa[284]. Una volta salì in pulpito, ed: «Ho a rivelarvi un secreto celeste, che ancora non ho voluto manifestare ad alcuno, perchè non ne ero finora ben certo. Voi conoscete tutti il conte Pico della Mirandola, morto testè. Dicovi che l'anima sua, per le orazioni de' nostri frati, ed anche per alcune sue buone opere che fece in questa vita, e per altre orazioni, è nel purgatorio. Orate pro eo». Di tratti consimili è sparsa la sua vita, e ne' discorsi accenna spesso a rivelazioni speciali, o ad interpretazioni nuove di passi scritturali.
Uom di fede, di superstizione, di genio, abbondò di carità; credette all'ispirazione personale, all'opposto di Lutero che tutto affidavasi al raziocinio; e argomenti in favore e contro di lui possono raccogliersi nelle sue opere, dal cui complesso risulta come abbia cercato l'armonia della ragione colla fede, della religione cattolica colle franchigie politiche.