Moltissimo carico egli si fa della dignità e del contegno de' preti e del vescovo nel vestire, nel conversare, nell'abitare, nella tavola. I suffraganei suoi si facessero mandare una volta l'anno una predica da ciascun parroco, e se nol vedessero migliorare, vi spedissero un predicatore. I morti si seppelliscano in campagna, cinta di muro; si tenga cura delle biblioteche. Vuol ponderazione nel riconoscere le antiche reliquie e nell'accettarne di nuove o nuovi miracoli; pose ritegni ai troppi che andavano in pellegrinaggio o per devozione, o per penitenza: bonissime norme ai predicatori tanto per le materie e la forma de' discorsi, quanto pel modo di porgere; e al suo clero ripeteva quel della Scrittura, Maledictus homo qui facit opus Dei negligenter: volevalo oculato su' costumi de' fedeli, sino a tener in ogni parrocchia un registro della condotta di ciascuno. Anzi rintegrò le prische penitenze pubbliche, nel suo rituale raccogliendo quelle comminate in antico a varj peccati[255]. E fra le penitenze enumera il vietare le vesti di seta e d'oro, i conviti e le caccie; il far limosine, o mettersi pellegrini o servi in ospedali, o visitare carcerati, o chiudersi alcun tempo in monasteri, o pregare in Chiesa a braccia tese, o tenervisi bocconi, o flagellarsi, o cingersi il cilizio.
Instancabile a cercare della estesissima sua diocesi qualunque angolo più invio e remoto, oltre destinarvi visitatori generali e particolari, gran fatica egli sostenne, e consigli, comandi, esempj adoprò per rimettere l'uso quasi dimenticato de' sacramenti e la decenza nelle chiese, più ch'altro simili a taverne, senza campane o confessionali o pulpiti o arredi; introdurre devozioni e riti e un regolato cerimoniale; ripristinare l'adempimento de' legati pii; istituire parrocchie ove prima un solo prete attendeva a vastissimi territorj; circoscrivere meglio le pievi, con vicarj foranei in corrispondenza colla curia; i preti abituare al pulpito, su cui prima non salivano quasi che frati; misurare i diritti di stola bianca e nera; rendere regolari i registri di battesimi, matrimonj, morti; svellere le superstizioni, sincerare le legende di santi e di miracoli. Istituì le Compagnie della dottrina cristiana, ove la festa oltre le verità della fede, s'insegnasse, anche a leggere e scrivere; e con espresso divieto ai membri di esse di cercare rendite o vantaggi temporali per questo titolo. Zelò l'osservanza delle feste, sin mandando a togliere la roba a contadini che in esse aveano lavorato; niuna donna di qualsia stato o condizione, entri in Chiesa, nè accompagni le processioni se non con velo non trasparente o zendado o altro panno, di tal modo che stiano coperti realmente tutti i capelli. Niuno v'entri con cani da caccia o sparvieri, nè con archibugi, balestre, arma d'asta o simili, nè le appoggi alle porte o ai muri di Chiesa, nè le deponga ne' sagrati o negli atrj[256]. I principi vogliano escludere i ciarlatani, gli zingari, i giuochi, le smodate spese; vietino le taverne al possibile, e vi si possa dar mangiare e bere, ma non alloggiare.
Al commercio dei libri si vigili con cautele rigorose; non si tengano Bibbie vulgari, nè opere di controversia cogli eretici, senza licenza; non si lascino andar i fedeli ne' paesi ereticali, nemmeno a titolo di mercatura o d'imparare la lingua; si favorisca in ogni modo il sant'Uffizio. Istituì gli Oblati di sant'Ambrogio, preti con voto di speciale obbedienza all'arcivescovo, perchè accudissero alle parrocchie più faticose e povere, e dessero esercizj e missioni, e istruissero i giovani ne' seminarj. I frati Umiliati, arricchitisi colle manifatture della lana, possedeano nel solo Milanese novantaquattro case, capaci di mantenere cento frati ciascuna, e non ne conteneano due; onde quelle rendite di venticinquemila zecchini, godute da pochissimi, erano fomite di schifosa depravazione. Carlo volle ridurli a disciplina, ma un di essi gli sparò una fucilata; di che il papa prese ragione per abolire l'Ordine, e delle rendite di esso dotare collegi e seminarj, massime di Gesuiti.
Traversando la val Camonica, ove da alcun tempo non si pagavano le decime, Carlo non dà la benedizione, e que' popolani ne restano sgomenti; nella valle retica della Mesolcina fa processare severamente eretici e maliardi[257]: illusioni che (al par di certe esorbitanti pretese di giurisdizione, come d'avere forza armata a sua disposizione, di far eseguire le sentenze della sua curia anche contro laici[258] i quali non vivessero da buoni cristiani) vorremo perdonare ai tempi, piuttosto proclamando come profondesse ogni aver suo coi poveri, e a sovvenire di corporale e spirituale assistenza gl'infermi d'una terribile peste allora scoppiata, e che oggi ancora in tutta Lombardia è intitolata peste di san Carlo: tanto prevalse l'idea della carità a quella del disastro.
Molto egli si valse di Carlo Bescapè barnabita milanese, che poi vescovo di Novara vi fondò il seminario, e scrisse opere di diritto ecclesiastico e la vita di esso san Carlo. Col quale e come lui operò il beato Paolo d'Arezzo teatino, a correggere la depravatissima sua diocesi di Piacenza, poi quella di Napoli; dove ancora servono di modello per le visite diocesane le istruzioni dell'arcivescovo Annibale da Capua.
Giovan Francesco Bonomo, patrizio cremonese, nel suo vescovado di Vercelli sostituì l'uffizio romano all'eusebiano, fabbricò il seminario affidandolo ai Barnabiti, istituì un Monte di pietà colla propria sostanza; tra gli Svizzeri e i Grigioni a tutela della fede mise in pericolo anche la vita, e introdusse i Gesuiti a Friburgo, i Cappuccini ad Altorf; poi andò nunzio apostolico all'imperatore, indi nelle Fiandre, sempre zelando la causa cattolica. Delegato da Gregorio XIII a visitare la diocesi di Como, vi stampava delle prescrizioni[259], dove, fra evangeliche maniere ed elevati intenti, appajono esagerazioni, che viepiù risaltano or che è cessata la prevalenza ecclesiastica. I vescovi non abbiano cortine e tappeti a fiori, non lauta mensa, non elegante suppellettile, non vasellame d'argento, col quale potrebbero mantenere dei poveri; lor precipuo uffizio è il predicare, nè possono mancarvi senza potente motivo. Nel triduo avanti Pasqua il vescovo sieda in confessionale per ascoltare chi si presenti: ogni due anni compia la visita diocesana, non ricevendo a tavola che tre piatti, oltre cacio e frutta; dia facile udienza a tutti, anzi v'incoraggi i poveri; veda e spedisca da sè quanto può. Ogni maestro faccia in man di lui la professione di fede[260]; le feste si osservino coll'astenersi da opere servili e dagli stravizzi. Ogni anno si intimi la scomunica a chi non denunzia fra quindici giorni qualunque eretico o sospetto; si pubblichi la costituzione di Pio V contro chi offendesse le fortune o le persone del sant'Uffizio; e ogni settimana il vescovo si affiati coll'inquisitore e con alcuni teologi e avvocati sovra il processare gli eretici. Chi bestemmia Dio o la Beata Vergine sia punito in venticinque zecchini, il doppio se ricada, e cento alla terza volta, oltre il bando e l'infamia. Se non gli ha, stia colle mani legate al tergo, genuflesso tutt'un giorno di festa al limitare della Chiesa; se ricade, sia per le strade battuto a verghe; alla terza volta, foratagli la lingua con un acuto, indi condannato in perpetuo al remo. Crescono le pene se il reo è chierico; altre a chi bestemmia i santi; e si pubblichino indulgenze ai denunziatori e ai giudici. I parroci visitino ogni settimana le case per conoscere i bisogni spirituali e temporali, e raccolgano i viglietti della comunione pasquale.
La prebenda de' parroci si migliori col prelevare dai benefizj inutilmente goduti da cardinali o prelati. Freno all'avarizia de' curiali; via i borsellini che soleano appendersi ai confessionali; via i sepolcri elevati in Chiesa; non si nieghi sepoltura per mancanza di denaro, nè si varii secondo le fortune il suon delle campane o la grandezza della croce. Se le donne in chiesa lascino dal denso velo apparire pur un capello, sia colpa riservata al vescovo. Questo ponga ben mente che nessuna fanciulla venga monacata per forza o per seduzione; i confessori di monache non ne accettino regalo o cibo; esse non tengano nella cella nessun arnese da scrivere, e in caso di necessità lo chiedano alla badessa; v'abbia carceri e ceppi e catene ne' monasteri per quelle che violano la disciplina.
Istruzioni di tenore somigliante si diedero dapertutto.
Ai vescovi fu ingiunta rigorosamente la residenza, come a tutti i benefiziati; cessò l'abuso di attribuire badie, collegiate, vescovadi a secolari e fin a militari.
Ordini novamente istituiti, o antichi rigenerati tendeano a rintegrare il sentimento religioso, e ringiovanire il monacato quando i Protestanti lo abolivano. Già prima san Francesco da Paola calabrese aveva istituito i Minimi, che in Ispagna furon detti Padri della vittoria perchè alla loro intercessione s'attribuirono i trionfi sopra i Mori; e in Francia Boni uomini, perchè con questo nome era indicato il lor fondatore alla Corte di Luigi XI. I francescani ebbero le varie riforme dette degli Scalzi, de' Minori Conventuali, della Stretta Osservanza, de' Cappuccini. Quest'ultimi, dissipati i sospetti d'eresia insinuatisi per colpa dell'Ochino, impetrarono di venire esentati dalla licenza di poter possedere, che il Concilio di Trento aveva data anche agli Ordini mendicanti. Ambrogio Stampa Soncino milanese, genero di Anton da Leyva, abbandonò le dignità per vestirsi cappuccino: udendo per le vie di Milano un che bestemmiava, prese a correggerlo, e percosso da questo con uno schiaffo, gli offrì l'altra guancia dicendo: «Batti, ma cessa di bestemmiare»; col quale atto fe ravvedere il violento; andò poi apostolo fra' Barbareschi, convertendo e riscattando, ove morì il 1601. Alfonso III duca d'Este a trentott'anni si veste cappuccino a Merano del Tirolo, dove assiste appestati, converte eretici. Giuseppe da Leonessa, mandato missionario in Turchia, a Pera catechizza i galeotti, onde i Turchi lo sospendono per un piede, poi lo esigliano: roso da un orribile cancro, e dovendosi operarlo, non volle esser legato, dicendo: «Datemi il Crocifisso, e mi terrà immobile più di qualunque legatura». Lorenzo da Brindisi, professato a Verona, a Padova si diede a migliorare i costumi dei giovani studenti; a Roma discuteva co' rabbini, senza iracondia nè personalità, invitandoli ad esaminare il testo biblico; poi tolse ad esortare i principi tedeschi contro Maometto III, e a capo dell'esercito cavalcò colla croce in mano nella battaglia dell'11 ottobre 1611, la cui vittoria volle attribuirsi a miracolo di esso; indi fu adoperato a stringere leghe e menare ambasciate nella guerra dei Trent'anni.