Poi nel 1561 scriveva al papa:

«Vostra santità non si lasci persuadere a intimar il Concilio con due cuori, l'uno d'intimarlo, l'altro di non lasciarlo poi seguire liberamente; perchè così facendo, quanto a quello che tocca a Dio, essendo questa sua causa, non bisogna ingannarsi: anzi è molto meglio lasciarlo di fare, che fare come si fece a Trento, che fu di scandalo ai Cristiani e di disonore al superiore: perciò lo faccia con animo risoluto e liberamente».

A quel Concilio Cosimo tenne sempre ambasciadori, dai quali veniva informato minutamente, sicchè la sua corrispondenza sarà una fonte copiosa per chi ancora volesse tesserne la storia[420].

Scontento di vedersi pari o inferiore ad altri principi d'Italia che sorpassava in potere ed in sublimità, e principalmente ai duchi di Savoja, che rimanevano vassalli dell'Impero, e che guadagnavano col metter a servizio altrui il proprio braccio e i soldati, Cosimo ambì il titolo nuovo di granduca, e lo chiese al papa, che conservava ancora la supremazia sui troni della terra. «Il romano pontefice, nell'eccelso trono della Chiesa militante collocato sopra le genti ed i regni, coll'acume dell'indefessa mente perlustrate le provincie del mondo cattolico..... tra i più bei meriti della vera fede in questi tempi di tante eresie e apostasie, trovò che il principe della Toscana tien questa provincia immune dal mal seme più delle altre». Atteso ciò, e l'ossequio che Cosimo presta alla Santa Sede, e l'aver egli soccorso di denaro e d'armi Carlo re di Francia contro i ribelli ed eretici, e il prometter suo di prestarsi a difesa ed incremento della fede cattolica: e che domina con incomparabil sapienza e giustizia, reprime i pirati, i masnadieri, i sicarj, con buona flotta custodisce le coste, di moto proprio lo nominò granduca[421], e gli diede una corona colla scritta, Pii V p. m. ob eximiam dilectionem ac catholicæ religionis zelum, præcipuumque justitiæ studium. Il granduca inginocchione giurò «alla sacrosanta Chiesa e alla Santa Sede la solita obbedienza e devozione che ha costumato, e che debbono i principi cristiani, offrendosi pronto con ogni suo potere per l'esaltazione e difesa della Santa Sede».

Di quella dignità di granduca, che costituiva in Italia un principato indipendente, sdegnossi l'imperatore, che pretendeva aver egli solo il diritto di conferirla. Ai lamenti dell'imperatore, Pio V rispondeva: «Con che fondamento contestate questa potestà alla Chiesa? Chi altri che la Chiesa ha dato agli imperatori il nome e l'onore della loro dignità? Chi diede ad essi l'impero? Chi questo trasferì dall'Oriente in Occidente se non i miei predecessori?»[422]; Anche Filippo II, che vedea erigersi un emulo della sua potestà in Italia, portò lo sdegno al punto, che pareva imminente la guerra. Ne profittarono gli Ugonotti, e subito insinuarono a Cosimo di favorire il principe d'Orange e i sollevati del Belgio, per dare così imbarazzi al re di Spagna; ma Cosimo non volle collegarsi con eretici; — forse non vi trovò il suo conto.

Era naturale che Roma vegliasse assai perchè nella contigua Toscana non attecchissero i germi ereticali; mentre d'altra parte il duca cercava gratificarsi la Corte romana. Nel 1545 Pandolfo Pucci lo informava che il papa erasi lagnato perchè avesse espulso da San Marco i Domenicani, e surrogatovi gli Agostiniani, ch'esso reputa più luterani che cattolici[423]. E due anni innanzi, il Campana segretario l'informava d'un Capitolo tenutosi dai frati di Santa Maria Novella, ove, delle conclusioni adottate, cinque si dimostrano luterane[424]. Esso duca, nel 1552, scriveva al cardinale di Santa Fiora, deplorando i disordini che si commettevano nei monasteri di Firenze, asserendo che in uno si fosser trovate ben quindici suore spulzellate per opera di frati e preti[425]: ma consta dalle storie come Cosimo avesse in ira e in sospetto i frati, e principalmente i Domenicani, come attaccati alle idee repubblicane e ai ricordi del Savonarola.

Cosimo realmente riusciva intollerante come tutti gli uomini del suo tempo, secolari fossero od ecclesiastici, cattolici o protestanti, italiani od alienigeni. Pure non amava l'Inquisizione, giurisdizione straniera nel paese suo; perciò voleva avervi mano, e impedì che fosse trasferita dai Minori Conventuali ai Domenicani. Avendo i famigliari del Sant'Uffizio la distintiva d'una croce rossa, e rimanendo esenti dalla giurisdizione secolare e autorizzati a portar l'armi, Cosimo temette ciò non servisse di coperta ai tanti che avversavano il suo dominio, e ne stava in molta guardia.

Dappoi Paolo IV abolì in Firenze la deputazione del Sant'Uffizio, e fin il nunzio ne restò escluso, ristrettane la giurisdizione nel solo inquisitore. A mezzo dicembre 1551 fu eseguito un atto di fede in Firenze. Uno stendardo, portante la croce nodosa in campo nero fra la spada e l'ulivo, con attorno le parole del salmo Exurge, Domine, et judica causam tuam, precedeva la processione di ventidue persone, alla cui testa Bartolomeo Panciatichi, ricco gentiluomo, e già ministro del duca in Francia. Vestivano cappe dipinte a croci, e così avviati alla metropolitana, fatta abjura vennero assolti, mentre i loro scritti e libri erano dati al fuoco. Intanto questa cerimonia faceasi privatamente da alcune donne a San Simone.

Cosimo pretendeva che il nunzio apostolico lo tenesse informato de' processi che a Fiorentini si facessero anche a Roma[426], dicendo che, trattandosi di materie di fede, più di ogni altra importanti, voleva ogni cosa condotta coll'intervento de' suoi ministri. Nel febbrajo 1551 essendo dall'Inquisizione di Roma domandato Lorenzo Niccolucci, il duca ne permetteva l'estradizione, ma a patto che il rimandassero a Firenze se doveva subire castigo. Di cosiffatte informazioni troviamo spesso negli archivj, e nominatamente al 4 novembre 1564 il nunzio scriveva:

«Jeri fu finito d'esaminar Rafaello Risaliti, ritenuto per l'offizio della Santa Inquisizione di Roma, a la quale mi son trovato sempre presente. La somma della sua confessione è d'avere, già 4 anni sono, mentre era all'abbadia di Salignì, del vescovo d'Osimo in Francia, sentito ragionar di molte volte, e in molti luoghi straparlar della messa, del papa, delle indulgenze, del purgatorio e di simili cose; aver consentito a chi ne ragionava, e lui stesso averne ragionato e restato persuaso; ma partito di là, che sono ormai due anni, esser insieme partito da tutte quelle opinioni, il che fa creder facilmente e per la giustificazione ch'egli dà della vita sua da poi il ritorno, e per le lacrime e contrizioni ch'egli mostra avere, confessando il delitto e domandando castigo e perdono. Et ancor ch'egli abbi tardato fin all'ultimo di confessare, l'ha fatto piuttosto per paura che per mala volontà. Manderò, se così piace all'E. V., la copia dell'esamine a Roma poichè le ricerca, con ricordar a quelli Signori Illustriss. et Reverend. la pronta espedizione.