«Avantieri, coll'occasione della cavalcata di Milano, scrissi all'eccellenza vostra illustrissima come si doveva jeri alla Minerva condannare alcuni Luterani, come si fece fino a dieci. Fra' quali non fu alcun nobile, se non un Mario Galeotto napolitano, quale abjurò; fu confinato in carcere per cinque anni, e privo in perpetuo, non poter in tutto il tempo di sua vita andar a Napoli. E fra essi fu uno aretino de' Tesini (?), quale ha moglie e figli in Calabria e possessi, e fu condannato al fuoco, e questa medesima mattina se n'è fatta l'esecuzione. Gli altri furono tutti plebei, e persone che non sanno nè leggere nè scrivere, e fra essi sono un aquarolo, e uno che lavorava al torno, che furono confinati in Galia (?) ed alcuni murati in prigione a vita. Mi disse jersera il governatore di Roma che il Carnesecchi porta gran pericolo della vita, sebbene il processo suo non è ancor maturo, e ha un gran bisogno d'ajuto: quando campi la vita, sarà murato in luogo che non si rivedrà mai più, essendosi trovato, fra le scritture sue, minute di lettere che scriveva pel mondo quando fu creato questo buon papa, detestando questa santa elezione, e dicendo molto male di lui e di tutto il Collegio. Certo è che lui è eretico marcio, e avendo il papa così mala opinione di lui, oltre ai suoi demeriti, certo è che va a pericolo grande della vita, e credo che tutti gli avvisi e favori che gli si facciano siano buttati via, non ammettendo il papa cosa alcuna che gli si proponga in favore e sgravio suo: e presto se ne doverà venire al fine, che Dio l'ajuti, che certo n'ha molto bisogno»[442].
E al 2 luglio 1566:
«Con l'ordinario di Genova scrissi a vostra eccellenza illustrissima, alla quale lassai di dire come sua santità parlò in concistoro che voleva mandar un monitorio penale a tutti i deputati sopra l'Inquisizione per tutta Italia, che volessimo denunziarle tutte quelle persone che avevano sospetto d'eresia, volendo lei medesima riandar ogni cosa, e proveder contro a quei che saranno denunziati. E in tanto venne jer sera appunto da Napoli quel maestro di casa di Violanta da Gonzaga, e si dubita assai che fra lui e monsignor Pier Carnesecchi non ne nominino molti»[443].
In fatto il processo diventava sempre più serio, e a seguitarlo ci è scorta la legazione del Serristori[444]. Il 5 luglio, questi annunzia come il Carnesecchi fosse giunto la notte avanti, e messo nella prigione del Sant'Uffizio; al 9 soggiungeva esser inutile il raccomandarlo. «Io ho ritratto... che non ci è verso alcuno per ora ad ajutarlo: e ciò che le e. v. facessero non gioverìa cosa alcuna, ma sì bene imbratterebbe in gran parte quella candidezza e gran volontà «che con l'opere hanno mostro contro questa pestilenza d'eretici: per il che appresso s. s. sono tenute in concetto de' più cattolici principi che sieno in cristianità».
Un calabrese va a dirgli che monsignor Carnesecchi gli si raccomanda, temendo non si procedesse contro lui a qualche castigo vituperoso, o anche della vita, avendo confessato tutto quel che poteva dire contro di sè, senza far danno ad altri, avendo avuta due volte la tortura. Ciò avea saputo da un barone del regno, uscito dall'Inquisizione. Ma di quei casi poter intendersene poco, essendovi scomuniche gravosissime a chi parlasse di cose attinenti al Sant'Uffizio.
Il Serristori esalta il gran merito de' principi toscani d'averlo subito consegnato, benchè da sì gran tempo buon servitore della casa loro: ma il cardinal Paceco sconsiglia sempre dal pigliarvi interesse finchè non sia pronunziata la sentenza. Si lagna che il Carnesecchi siasi mostrato molto leggero; che questa è la quinta sentenza: «Hannogli trovato grandissima quantità di lettere della signora donna Julia, e hanno intercetto più lettere che scriveva costà della confidenza che aveva nel favore delle e. v. L'aver preso e accettato la difensione credo che l'aggravi molto, e saria stato forse meglio che si fosse umiliato, e avesse confessato e conosciuto l'errore».
I principi ne scrissero al papa, che rispose, se sapessero a che stato trovavansi le cose di lui non l'avrebbero raccomandato, e temeva che n'andasse della vita; non poter usare connivenza, trattandosi di causa famosissima, ed essendo la quarta volta che costui era inquisito e giudicato: al tempo di Pio IV aver esso detto un monte di bugie, eppur n'era stato assolto: e che, se il principe di Toscana fosse a Roma, rimetterebbe volentieri questo giudizio alla coscienza di lui. Avesse in mano un uccisore di dieci uomini, glielo concederebbe, ma sul Carnesecchi non poter nulla, standone il giudizio in man de' signori cardinali: se si avesse riguardo a grado o nobiltà, non si sarebbero fatte tante esecuzioni anche di signori: se poi quella causa andava tanto per le lunghe, la colpa era del Carnesecchi.
E poichè il duca persisteva a raccomandarlo, i cardinali gli esibivano di far esaminare egli stesso il processo; e l'assicuravano si facea tutto il possibile per favor suo[445].
Al 23 e 30 maggio il Serristori già annunzia che «la sola discussione sul Carnesecchi è se deva darsi alla corte secolare sì o no; e della vita sua si sta in timore perchè non ha cervello, e crede leggero il proprio errore: e di donna Giulia parla come fosse una santa».
In fine confesso e convinto, fu esposto sulla piazza della Minerva, dove gli venne letta la sentenza, pronunziata dai cardinali di Trani, di Pisa, Paceco e Gàmbara. La lettura durò due ore, comprendendo pratiche cominciate fin dal 1540, e fu dichiarato meritevole del fuoco, e dato alla curia secolare. Il bargello lo levò dal ginocchiatojo, gli pose una sopravesta a fiamme, e lo menò in una stanza dove fu degradato, indi chiuso in Tordinona.