Moltiplicaronsi suppliche al papa pel perdono, ed egli rispondeva essergli impossibile, se pur non si pentisse. A tal uopo sospese dieci giorni l'esecuzione: i frati furon attorno al condannato per convertirlo, ma egli rispondeva, voler Dio ch'egli morisse, e così voler egli pure, e disputava in sinistro senso fin col Cappuccino che il confortava. Alfine venne decapitato ed arso, senza segno di pentimento, anzi volendo mettersi guanti e biancheria nuova sotto al funesto sanbenito[446].
Il residente veneto ai 27 settembre 1567 scriveva alla signoria:
«Fu fatto domenica l'atto solenne della Inquisition nella Minerva, con intervento di tutti i cardinali che qui si trovano, secondo che sua santità nel concistoro precedente li aveva esortati, eccetto il cardinale Boncompagno, che non vi volse andar per rispetto d'un suo nepote che doveva abjurar. Ed un altro cardinale (Morone?) ancora prese licenza dal papa per andar fuori della terra, per non si ritrovare, dubitando di poter essere da tutti riguardato, pel rispetto della stretta amicizia e conversazion che avea avuta col Carnesecchi, che dovea comparir tra' condannati. Furono i rei diecisette, de' quali quindici si sono abjurati, restando condannati, chi serrati in perpetuo fra due muri, chi in prigion perpetua, chi in galea perpetua o per tempo, et alcuni appresso in certa somma di danari per la fabbrica che s'ha da far d'un ospital per gli eretici, e tra questi vi sono stati sei gentilomini bolognesi; ma gli altri due sono stati rimessi al foro secolare, e conseguentemente destinati alla morte et al foco. L'uno di loro è da Cividal di Bellun, frate di san Francesco Conventuale, maestro di teologia, condannato come relasso; e l'altro il Carnesecchi, incolpato di aver tenuta già lungo tempo continuamente la eresia di Lutero e di Calvino, e d'aver più volte ingannato l'officio della Inquisizione fingendo di pentirsi, ma infatto esser stato sempre impenitente e pertinace, et in fine d'aver avuto stretta conversazione et intelligenza con eretici e sospetti d'eresia, scrivendo loro spesse volte, et ajutandoli con denari. E tra sospetti d'eresia si è nominato qualcuno che è morto, del quale universalmente si ha già avuta ottima opinion di bontà e santità, ma pare che si abbia premuto assai in tassar la Corte del cardinal Polo, non avendo rispetto di nominar alcuno, con intenzion principalmente di far parer che con qualche causa Paolo IV avesse cercato di procedere contro di lui e contra i suoi dipendenti, e per tassar anco con questo forse qualche cardinale.
«Così è passato questo atto di inquisizione, sopra ogn'altro che s'abbia fatto notabile. E il Carnesecchi, al qual per maggior infelicità è occorso di essere stato condannato dinanzi la sepoltura di papa Clemente VII, che sopra ogn'altro lo aveva caro e favoriva, fu vestito di fiamme, come si usa, insieme col frate, e condotto alla sagrestia a digradare, e poi menato in Torre di Nona prigione, dove ancora si ritrova per esser quest'altra settimana giustiziato. Hanno i cardinali dell'Inquisizione fatta ogni opera per salvargli la vita, ma, come dicono, egli in prigione ancora dimostrandosi impenitente, ha scritto fuori lettere per avvertir altri suoi complici, ed ha negata ogni verità, ancor che chiarissima, lasciandosi convincere sempre colle proprie lettere sue, onde sono stati astretti far questa sentenza. Si desiderava ch'egli non morisse, per rispetto di dar qualche satisfazione al duca di Fiorenza, che lo diede a sua santità, e si sapeva che la regina di Francia, riconoscendo in parte da lui la sua grandezza, desiderava la sua salute, se ben ha avuto rispetto di domandarla; ma egli ne' suoi costituti ha avuto a dire, che la regina dovea ricercar la serenità vostra che intercedesse per lui. Delle entrate de' suoi benefizj già riscosse, o che si devono riscuoter fin questo dì, le quali dicono che importano circa cinquemila scudi all'anno, sua santità in gratificazione del duca di Fiorenza ha fatto grazia alli suoi parenti. Ma li beneficj che vacano, che sono principalmente due buone abbazie, l'una nel reame di Napoli, e l'altra nel Polesine, sua santità non ha voluto in modo alcuno conferir.....
«Mercoledì fu qui giornata per diversi accidenti assai notabile. Perciocchè la mattina per tempo fu tagliata in ponte la testa al frate di Cividal e al Carnesecchi, e l'uno e l'altro poi abbruciato. Morì il frate di Cividal assai disposto; ma se il Carnesecchi avesse dimostrato perfetto pentimento, averìa salvata la vita, che tale era la inclinazion del pontefice e dei cardinali della Inquisizione. È stato egli tanto vario nel suo dir e forse nel suo creder, che egli medesimo in ultimo confessò non aver satisfatto nè alli eretici, nè alli cattolici. Fu fatto domenica passata l'atto della Inquisizione nella Minerva con la presenza di 72 cardinali: sono stati quattro impenitenti condannati al fuoco; uno dei quali pentitosi quand'era per essere giustiziato, ebbe grazia della vita: altri dieci sono abjurati e condannati a diverse pene, e fra questi Guido Zinetti da Fano, che fu già mandato qua da Venezia, il quale è stato forse vent'anni immerso nelle eresie, ed ha avuto parte in tutte le sette. È stato condannato a prigion perpetua, e gli è stata salvata la vita, parte perchè dicono che per lui si ha avuto notizia di molte cose importanti, parte perchè non è mai stato abjurato, e però non si può aver per relapso, se ben ha continuato nell'errore tanti anni, e li canoni non levano la vita a chi è incorso in errore per la prima volta».
L'anno stesso il cardinale di Pisa al 2 agosto lodava il principe di Toscana di quanto apparentemente fu fatto a proposito del Carnesecchi e narra alcune sue deposizioni intorno a' libri proibiti che quegli aveva, come Bibbie di Leon Judæ e di Roberto Stefani, il Testamento Nuovo tradotto da Erasmo, la Medicina animæ, il commento di Pietro Martire sull'epistola ai Romani: il commento di Lutero sopra il Genesi e quello sopra il Deuteronomio[447].
Oltre il Mollio e Pietro Martire, fuggirono da Firenze per religione Bardo Lupetino, Antonio Albizi, Gianleone Nardi, il quale molto scrisse a sostegno delle nuove credenze; frà Michelangelo predicatore, che vedremo apostolare a Soglio nei Grigioni, e stampò un'Apologia, nella quale si tratta della vera e falsa Chiesa, dell'essere e qualità della messa, della vera presenza di Cristo nel sacramento della Cena, del papato e primato di san Pietro, de' concilj e autorità loro ecc.
Lodovico Domenichi, prete e noto letterato di mestiere, si credette avesse tradotto e stampato a Firenze colla data di Basilea la Nicomediana di Calvino[448], e fu condannato abjurare col libro appeso al collo, e a dieci anni di carcere, ma ne ottenne remissione per interposto di monsignor Paolo Giovio. Lo Zilioli, che lasciò manuscritte certe vite di letterati poco benevole, dopo parlato dello scriver lascivo del Domenichi soggiunge: «Per quello e per un altro più importante vizio, dell'avere malamente sentito o parlato della fede cristiana, fu una volta dagl'inquisitori di Firenze trattenuto, e con severissimi tormenti esaminato, con tanto rischio della vita che, benchè non confessasse alcuna di quelle cose, delle quali per chiarissimi indizj era convinto, restò nondimeno condannato nelle stinche a perpetue calamità: ancorchè poco dopo, ad istanza di Paolo Giovio ed altri, ottenesse grazia di uscir di carcere, e di trattenersi in un monastero e finalmente l'intera libertà».
Il Tiraboschi crede non sia stato processato dall'Inquisizione, bensì dal duca ad istanza di Carlo V, perchè nella patria Piacenza teneva relazioni con quei che detestavano la usurpazione fattane allora dall'imperatore. Si ha del 1553 una medaglia, coniata del valente Domenico Poggi a onor del Domenichi, il cui rovescio rappresenta un vaso di fiori, colpito, non bruciato da fulmine, colla legenda ΑΝΑΔΙΔΟΔΑΤΑΙ ΚΑΙ ΟΥ ΚΑΙΕΙ: ha colpito e non abbrucia. Il Domenichi, nel Dialogo delle imprese, ne dà una spiegazione che parrebbe alludere ad una persecuzione religiosa, dicendo: «Il vaso sta là per la vita umana, i fiori per le virtù e le grazie che sono doni del Cielo: Dio ha voluto ch'esse fossero fulminate e colpite, ma non abbruciate e distrutte. Voi sapete che vi sono fulmini di tre specie, di cui l'uno, per servirmi delle parole di Plinio, colpisce e non abbrucia: questo è quello che, arrecandomi tutti i flagelli e le tribolazioni per parte di Dio, il quale, siccome dice san Paolo, castiga quelli che ama, mi ha fatto scorgere e riconoscere i benefizj infiniti che mi aveva dispensati, e la mia ingratitudine».
Prete come lui era il suo antagonista Anton Francesco Doni, bizzarrissimo come uomo e come scrittore, e che, tra infiniti libercoli pazzi, scrisse una Dichiarazione sopra il terzo dell'Apocalisse contro gli Eretici. Costui voleva esser emulo dell'Aretino, al quale pareggiavasi Nicolò Franco, fiero dilaniatore di principi, di papi, del Concilio di Trento, finchè Pio V lo condannò alla forca. Egli esclamò: «Questo è poi troppo».