Dipoi gravi disturbi recò la pubblicazione della bolla in Cœna Domini, ridotta all'ultima sua forma, sul qual proposito corsero lunghissimi carteggi.
Già nel 53 erasi pubblicato in Toscana l'editto della romana Inquisizione contro i libri degli Ebrei, e nominatamente il Talmud. Nel 1558 Paolo IV mettea fuori l'Indice dei libri proibiti, dove inchiudeva non solo gli ereticali, ma quelli tutti scritti da eretici, o stampati da chi n'avesse stampato di eretici, obbligando i fedeli a portarli al Sant'Uffizio. Livio Torello, famoso giuridico, scriveva al Concino segretario del duca, esser troppo indiscreta questa legge, che colpiva i migliori libri, per esempio tutti i classici stampati oltremonte, e recherebbe il danno di centomila ducati alla sola città di Firenze; e consigliava di non attenervisi, come fecero e Milano e Venezia[459]. In fatto il duca ordinò non tenesse il divieto se non per libri concernenti religione, magia, astrologia giudiziaria, sospendendo l'esecuzione per gli altri: e massimamente impedì che i frati di San Marco bruciassero i libri riprovati che teneano nella loro biblioteca. Dopo lungo carteggio, l'Indice venne modificato dal Pasquali, ed allora il 3 marzo 1559 una quantità di libri fu mandata in fiamme sulle piazze di Santa Croce e di San Giovanni[460].
Eppure l'ottobre 1570, l'inquisitore scriveva al granduca come fosse smisurato il numero de' libri proibiti che vendeansi a Firenze, e domandava di poter ordinare; 1º che i libraj fra quindici giorni diano la nota di tutti i loro libri, nè abbiano a vendere che i catalogati; 2º nulla si stampi senza licenza dell'inquisitore; 3º non possano acquistarsi libri di morti, non visti dal Sant'Uffizio; proponendo multe pei trasgressori. Il segretario Torelli rispondeva esser inammissibile il 1º e il 3º punto, pel gran danno che ne ridonderebbe ai mercanti; il 2º già praticavasi; del resto i libraj avevano rimostrato come l'arte loro fosse già in tal decadenza, che per fattorini e garzoni di bottega non poteano omai trovar altro che figliuoli di birri[461].
Non vogliamo qui preterire come assai tardi sopravvivesse la venerazione verso il Savonarola; e al 20 agosto 1593 l'arcivescovo di Firenze[462], ambasciatore a Roma, scriveva al granduca che «per l'ostinazione de' frati di San Marco, la memoria di frà Girolamo Savonarola, che era dieci o dodici anni fa estinta, risorge, pullula, ed è più in fiore che mai stata sia: si seminano le sue pazzie tra i frati e le monache, tra i secolari, e nella gioventù: fanno cose prosuntuosissime; occultamente gli fanno l'offizio come a martire, conservano le sue reliquie come se santo fusse, insino a quello stilo dove fu appiccato, i ferri che lo sostennero, li abiti, i cappucci, le ossa che avanzarono al fuoco, le ceneri, il cilicio: conservano vino benedetto da lui, lo danno alli infermi, ne contano miracoli: le sue immagini fanno in bronzo, in oro, in cammei, in stampa, e quello che è peggio, vi fanno inscrizioni di martire, profeta, vergine e dottore. Io mi sono per l'addietro, per l'offizio mio, attraversato a molte di queste cose, ho fatto rompere le stampe. Un frà Bernardo da Castiglione, che n'era stato autore e le aveva fatte fare, lo feci levare di San Marco, e fu messo in Viterbo, dove si è morto: ho impedito che la sua immagine non sia dipinta nel chiostro di Santa Maria Novella in fra i santi dell'Ordine; il sommario della sua vita e miracoli ho fatto che non sia stampato: ho messo paura ai frati, gli ho fatti riprendere e ammonire, e penitenziare dai loro superiori, e a tutto questo mi favorì a spada tratta il cardinale Justiniano s. m., il qual conosceva l'importanza della cosa.....
«Serenissimo signor mio, per la molta pratica che io ho delli umori di cotesta città, a me pare che la devozione di frà Girolamo causa duoi effetti cattivi, anzi pessimi quando vi si gettano, come fanno di presente; il primo è, che quelli che vi credono si alienano dalla sede apostolica, e se non diventano eretici, non hanno buona opinion del clero secolare e de' prelati, e gli obbediscono mal volentieri, ed io lo pruovo. L'altra, che tocca a vostra altezza, è che si alienano dal presente felice stato, ed all'altezza vostra concepono un certo odio intrinseco, se ben la potenza e la paura li fa stare in offizio. Ed io mi ricordo che Pandolfo Pucci, una volta, poco innanzi che si scoprisse il suo tradimento, mi disse una mattina grandissimo bene di frà Girolamo con mia grandissima meraviglia: so che leggeva le sue opere con quelli altri congiurati... I suoi devoti son sempre queruli, sempre si lamentano, e perchè temono a parlar del principe, parlano dei suoi ministri et ordini; si fanno delle conventicole per le case: quando io lo so che sieno con pretesto di religione li proibisco, ma io di questo non posso essere molto informato».
E segue esortando a vigilar e punire.
Le cronache di San Marco riferiscono che in Firenze frà Ghislieri fece processo contro un grande ecclesiastico che tentava d'opporglisi, ma non sappiamo chi fosse[463].
Nell'archivio di Stato[464] troviamo memoria di Pandolfo Ricasoli, uomo di bontà singolare, che fe venir da Lione, nel 1636, de' libri di eretici col titolo di confutarli, e perciò ebbe brighe col Sant'Uffizio. Non va confuso con altro Pandolfo Ricasoli, di cui diremo a luogo e tempo.
A noi non parve nojoso il ripescare qua e là notizie relative all'Inquisizione in Toscana, per chiarire quanto tardi si arrivò a voler ottenere dalle coscienze spontaneamente fedeli un omaggio più prezioso, una sommessione più meritoria; a comprendere quanta dignità dia alla fede la libertà.