D'ordine del Sant'Uffizio, il vescovo pubblicò un editto, invitando tutti i fedeli traviati a confessar fra tre mesi i loro errori, davanti a testimonj, impetrandone piena assoluzione: trascorso quel tempo, si procederebbe contro i contumaci coll'autorità apostolica, cioè con tribunale eccezionale. Spiaceva come indecoroso quel solenne perdono: spiaceva quella procedura eccezionale, e parea che il breve del Sant'Uffizio esagerasse l'estensione dell'eresia, mentre le dava tanta pubblicità; lo perchè Paolo IV sospese l'editto, commettendo al vescovo di udir in secreto le confessioni (1555). Ma a quel movimento, forse perchè si temesse veder ridotte ad effetto quelle che fin allora non erano state che minaccie, molti cittadini fuoruscirono, tra cui Filippo Rustici che a Ginevra tradusse la Bibbia (1562), Giacomo Spiafame vescovo di Nevers; il dottor Nicolao Liena, molto adoprato ne' pubblici affari; Pietro Perna, che posta tipografia a Basilea, moltiplicò edizioni principalmente di Riformati, avendo a correttore Mino Celsi senese; il medico Simon Simoni. Anche intiere famiglie sciamarono, come i Liena, gli Jova, i Trenta, i Bulbani, i Calandrini, i Cattani, i Minutoli, i Buonvisi, i Burlamacchi, i Diodati, gli Sbarra, i Saladini, i Cenami, che poi diedero alla Svizzera utili cittadini, e alla repubblica letteraria personaggi illustri[494].
Questi profughi erano stati condannati per eretici e confiscatine i beni, ma ciò piuttosto per mostra, attesochè erasi lasciato ad essi il tempo di metter al coperto le sostanze. Spirato il termine assegnato al ritrattarsi, Paolo IV aveva invocato il braccio secolare affinchè i renitenti fossero tradotti al Sant'Uffizio, e in fatto tre cittadini vennero arrestati. I senatori imputarono di queste durezze il loro vescovo, che disgustato da contrasti giurisdizionali, coglieva ogni occasione di fare sfigurar la sua patria. Contro sei profughi fu eretto processo a Roma, e arse le loro effigie; e il Governo lucchese s'affrettò a dichiararli ribelli e staggirne i beni, prima che vi mettesse mano l'Inquisizione. Michele Diodati, citato a Roma dall'Inquisizione, rinunziò al posto d'anziano por andar subito a scagionarsi, ma non vi riuscì che dopo due anni. Nel 1558 si proibiva ogni colloquio o corrispondenza colle persone dichiarate eretiche, o contumaci alle chiamate del Sant'Uffizio.
Il senato lucchese accettò i decreti del Concilio di Trento, e la bolla sulla stampa: obbligò gli albergatori a dar nota di tutti i forestieri sospetti di male dottrine: escluse dagli uffizj i discendenti fin al secondo grado di quelli dichiarati eretici: col che meritò che Pio V mandasse il principe Colonna a presentar alla repubblica la rosa d'oro benedetta, che suol darsi a gran principi in segno d'affetto. Troppo premeva ai Lucchesi di mostrarsi cattolici zelanti, attesochè Cosimo, ambendo annetterseli sudditi, li denunziava come marci d'eresia: onde, quanti erano domandati dal Sant'Uffizio, consegnavano od obbligavano a grossa malleveria di presentarsi. Di tempo in tempo rinnovavansi i tentativi di stabilir l'Inquisizione ed era non piccolo studio il rimoverla, lasciando anche processare magistrati e persone in grande stima.
Un Lorenzo Del Fabbro cospirò anzi per mostrar necessaria l'Inquisizione, raccogliendo deposizioni d'uomini vulgari. Se n'accorse il Governo, e fattone processo, il mandò a Roma. Dopo lunghe indagini, il Del Fabbro fu prosciolto, e il senato, secondando l'odio pubblico, tentò bandirlo col pretesto che cercasse trasferir fuori di patria l'arte della lana; ma il Sant'Uffizio si accorse che era un pretesto per vendicarsene, e lo difese.
Pure, qualvolta capitasse alcun inquisitore, era tenuto isolato per modo, che dovesse presto andarsene: e cercando i Gesuiti di farvisi domandare per diriger l'educazione de' nobil giovani, il senato dichiarò non potersi simil gente ricettare senza manifesto pericolo della repubblica.
Nel 1561, ad esortazione de' cardinali inquisitori, si raddoppiò d'oculatezza al confine sopra i libri proibiti, dando autorità di aprire i plichi e le valigie provenienti d'oltremonte. Quando Pio IV temette che i molti Lucchesi che viaggiavano in Isvizzera, nel Brabante e in Francia non ne contraessero l'infezione, il senato proibì di stabilire dimora in quelle contrade (1562, 20 gennajo); coloro che abitano in Lione devano tutti insieme comunicarsi il giorno di Pasqua; chi alloggi alcun forestiere, e gli veda far atti o discorsi meno cattolici, lo denunzii: ai dichiarati eretici dello Stato si proibisce di fermarsi in Italia, Spagna, Francia, Fiandra, Brabante, «luoghi ne' quali la nazione nostra suole conversar, abitare e negoziare assai»; e se «vi siano trovati, chiunque gli ammazzerà guadagni per ciascun di loro, de' danari del Comune, scudi trecento d'oro; se bandito, rimanga libero; se no, possa rimetter un altro bandito»[495].
Questo decreto attirò al Comune le lodi di Pio IV e di san Carlo, e fu proposto ad esempio altrui: ma che non abbia spinto nessuno all'assassinio ce ne dà speranza l'udire come molti eretici restassero in questa città, tenessero corrispondenza coi fuorusciti, e ricevessero opere protestanti, e san Carlo in lettera del 13 dicembre 1563 agli anziani di Lucca, rammentando i presi provedimenti, diceasi informato che i loro cittadini e sudditi in Francia, e massime a Lione, faceano alla peggio, e viveano sospesi circa la fede; lo perchè gli esortava a rinnovar gli ordini, e farli rigorosamente osservare.
In effetto a Lione, per maneggiarsi nelle turbolenze religiose, erano venuti da Ginevra molti profughi lucchesi, e mossero rumor grande di tali decreti, appellandosi alla protezione regia sotto cui viveano: laonde la regina Caterina e Carlo IX si dolsero colla republica dell'ingiustizia di quegli atti, e mandavano al governator di Lione che non lasciasse far loro violenze. Il senato scrisse giustificazioni alla Corte ed ai senati di Ginevra e di Berna; al che Caterina replicò non aver volulo impedire il corso della giustizia, nè dato quelle lettere se non per le importunità de' religionarj, che aveano esposto le cose in aspetto differente. Ne presero ardire i signori lucchesi, e una riformagione del 1570 contiene i nomi di nuovi banditi, che sono Giofredo di Bartolomeo Cenami, Nicola Franciotti, Giuseppe Cardoni, Salvatore dell'Orafo, Antonio fratello di Michelangelo Liena, Gaspare e Flaminia Cattani, Cesare di Vincenzo Mei, Benedetto di Filippo Calandrini, Michele di Francesco Burlamacchi, Giuseppe Jova, Lorenzo Alò, Venturini, Marco di Clemente di Rimino. I loro nomi stavano affissi sopra una tabella pubblica, affinchè niuno ignorasse l'obbligo di evitarne ogni corrispondenza, e se disobbedissero alla citazione, n'erano confiscati i beni.
Un altro Alessandro Guidiccioni era succeduto all'omonimo, il quale violentemente procedeva nelle riforme e cozzava col Governo: molestò alcuni tedeschi acattolici che per commercio erano accasati a Lucca; sparlava contro l'uffizio sopra la religione, quasi negligente ad adempier le leggi lodate da Pio IV; e decantava come rimedio necessario l'Inquisizione (1603); e ne vennero tali urti, che il Governo lo dichiarò nemico della città. Paolo V parve secondar il vescovo col voler sottrarre al Governo l'esame de' libri proibiti ed altri uffizj affidatigli dalle leggi encomiate da Pio IV, e trovava strano che una città, dond'erano pure usciti tanti eretici, ricusasse quel tribunale, che aveano accettato e Venezia e Genova. Pure il senato riuscì ancora a quietarlo, promettendo che, appena l'uffizio sulla religione scoprisse qualche mancanza, ne darebbe avviso all'ordinario perchè vi riparasse.
Ancora nel 1679 il cardinale Giulio Spinola vescovo di Lucca diresse una lettera alle famiglie lucchesi dimoranti in Ginevra, esortandole a ritornar nella patria e in seno della Chiesa romana. Francesco Turrettini, professore di teologia, gli rispose, giustificando l'emigrazione d'un secolo prima. «Possiamo assicurarla (diceva egli) che, se si trattasse di qualsivoglia altra cosa, ci avrebbe trovati prontissimi ad ascoltarla, ma in un punto così importante, che tocca la coscienza la quale da Dio solo dipende, non troverà strano che, essendo pienamente persuasi della verità che professiamo, non possiamo porger orecchio ad abbandonarla per qualunque considerazione»: avrebbero essi voluto tener segreta tal pratica, ma poichè erane corsa voce, e che essi propendessero a cambiar fede, trovavansi costretti a darvi pubblicità. Sono firmati F. Turrettini, B. Calandrini. F. Burlamacchi, G. Diodati, M. Micheli, V. Minutoli[496].