In altre lettere il Casa avvisa d'aver inviato il processo a Roma entro una cassa di panni, diretta al guardaroba.
E al monsignor eletto di Pola il 6 ottobre 1548: «Sopra il vescovo di Capodistria io avrei desiderio che quella causa si finisse, ed egli è ben risoluto di non venire a Roma, e vassi attaccando ora a uno e ora a un altro, com'io veggo per lettere di molti che me lo raccomandano».
E al cardinale Farnese il 17 novembre.
«Ragionando io in Collegio (cioè nel senato di Venezia) sopra la provincia d'Istria quanto alle eresie, fu molto ben caricato ed incolpato il vescovo, dicendo il principe che, per quanto si diceva, egli n'era principio e fomento..., e che mio offizio era di provvederci. Io narrai a sua sublimità le diligenze fatte ed il processo formato e mandato a Roma, e sua signoria nol voleva fare. A che sua serenità mi replicò che io procedessi con interdetti..., e che non mi mancheria modo di convertirlo e correggerlo. Veda ora vostra signoria illustrissima se la vuol farmi dar facoltà di farli comandamento in forma sub poenis et censuris che 'l venga a Roma in termino, e non venendo, procedere, ecc., ecc.».
Annibale Grisoni ne avea fatto il processo: istrioto, prete e commissario apostolico, dato dal Papadopoli per gran dotto, dal Vergerio, per «inettissimo bargello de' papi».
E al 5 gennajo 1549 il Casa scriveva:
«Al Grisonio stamattina fu mandato le lettere ducali che mandi in qua i processi fatti a lui; ed io gli ho fatto scrivere a parte che operi che quel rettore, col qual mi par che sua signoria convenga benissimo, scriva alla signoria, e faccia buona relazion come può e debbe far per verità; ed allora si avrà facilmente il braccio secolare per Pola e gli altri luoghi..... Non è possibile che io ritrovi questo benedetto vescovo Vergerio, il quale è qui, ma incognito. Ho nondimeno, ragionando coll'ambasciador di Francia che me lo suol raccomandare assai spesso, operato con destrezza che lo meni un giorno a casa mia. Il qual mi ha promesso di farlo, ma dice intendere che il vescovo è ammalato di podagra. Poichè io l'arò pregato ed esortato che se ne venga a Roma, io sarei di parere, non consentendo egli venire, operar con la signoria di ritenerlo; che io dubito, se io gli presento il monitorio, che esso si assenterà. Vero è che, etiam caso che la signoria me lo dia, io non ispero poi di ottener di mandarlo fuori del dominio». Il Grisoni nelle due diocesi di Capodistria e di Pola usato aveva estremo rigore, frugando le case per trovarvi libri proibiti[97], facendo rimuovere le persone sospette, minacciando di fuoco chi non si accusasse o non consegnasse le bibbie vulgari; e predicando a Capodistria, diceva: «Voi vedete le calamità che vi affliggono da alcuni anni; le messi, gli ulivi, le vigne perirono; gli armenti deteriorarono; non v'ha alcuno de' nostri beni che non abbia sofferto danno. E chi n'è la causa? Il vostro vescovo, gli eretici che si trovano fra voi. Perchè non li lapidate?»
Queste odiose parole concitarono il furor popolare; nè solo contro di Pietro Paolo, ma di molti, e alcuni vennero cacciati in bando: Sereno e Teofanio ridotti ad abjurare: «Con la tirannide pretesca e peggio che turchesca ben sai che fu posto terror agli altri»[98]. Il Vergerio si difese sufficientemente dalle imputazioni in una pastorale; l'avvocato fiscale Giovanni Maria Bucello asserì, che dalle indagini non era risultata colpa, anzi attestava che esso vescovo «è il più giusto, il più dabbene, il più cattolico pastore ch'io abbia conosciuto a' miei giorni, e ha governato per lo spazio di parecchi anni tanto bene e cattolicamente quella sua diocesi, che non si potria dir di più; io per me credo non sia diocesi in Italia governata con più diligenza e frutto, e che più brami e riverisca il suo pastore.... E veramente sono state baje e calunnie di alcune male persone tutte quelle che ad esso vescovo sono state apposte» (5 gennajo 1547).
Anche frà Marino inquisitore ne attestava l'innocenza ad Ercole Gonzaga cardinale di Mantova, e «Non solo non ha predicato nè insegnato eresia alcuna, ma ha governato la sua diocesi con tanta carità e tanto frutto, quanto è possibile che un pastore possa fare, e così consta per più di ottanta testimonj esaminati. E della sua vita dalli suoi medesimi avversarj (benchè sono in poco numero) è confessato che ella è simpliciter et omnino irreprehensibilis juxta illud Pauli, oportet episcopum irreprehensibilem esse:» e conchiudeva che, gran torto erasi fatto al povero vescovo, mentre egli, inquisitore e teologo, l'avrebbe voluto pubblicare in pulpito assolto e pastor bonissimo: e ripetere che non omnis sermo facit hominem hæreticum (18 novembre 1546).
Gli è sopra queste testimonianze ed altre congetture che, cent'anni or fa, Rinaldo Carli tolse a difendere la fama di questo suo compatrioto, quasi mai non avesse aberrato dalla Chiesa finchè non fu costretto dai rigori di Roma a fuggire. Le nuove carte che noi recammo e più l'esame delle opere del Vergerio ripudiano quella scusa.