[19.] Sono a stampa varie sue scritture polemiche, fra cui le Lezioni Calviniche, recitate d'ordine del duca di Savoja in Torino il 1582, per opporsi ai novatori che tuttodì cresceano. Ivi loda il congiungere la predicazione colla teologia; questa gl'insegnò a fare più sicure le lezioni. Una sua apologia per negare la voce sparsasi, ch'egli si fosse fatto predicatore evangelico a Ginevra, è manuscritta nella libreria Soranzo a Venezia. Scrisse pure De Parisiensium obsidione (Roma, senza data). Ne' manuscritti della Magliabecchiana VII, 346 è quell'epigramma, probabilmente di Vincenzo Giliani, in lode del Panigarola.
Religionis honos et gloria magna, clerique
Seraphici summum, Panicarola, decus....
Ut nautæ occludant mundi a sirenibus aures
Quo valeat tuta sistere prora sinu,
Vitandumque mones Scillam, infestumque Caribdim....
Doctrinamque piam, sinceraque dogmata sectans
E scopulis navim litora ad alma vehis.
Nella classe XXXIV, cod. 17 de' manuscritti della Magliabecchiana è un Breve compendio della dottrina di Platone in quello ch'ella è conforme alla fede nostra, composto da un tal Verino, il quale dedicandolo a Giovanna d'Austria granduchessa di Toscana, dice: «Perlocchè l'A. V. S. con gran prudenza attende a sì bella notizia qual è quella de' movimenti de' cieli, servendosi dell'eccellentissimo astronomo Egnatio Danti... io stimo che vorrà sentire la non meno salutifera che gioconda dottrina della cristiana teologia del padre F. Panigarola».
[20.] Negli Archivj Medicei è una lettera del 26 aprile 1593, che Enrico IV scrive al granduca ringraziandolo d'avergli mandato il cardinale Gondi a consigliarlo di farsi cattolico ed «Ho voluto e voglio promettervi, com'io fo in fede e parola di re, per la presente, scritta e segnata dì mia mano, di far dichiarazione e professione pubblica della religione cattolica secondo le costituzioni della Chiesa, come hanno fatto i re di Francia miei predecessori, nel termine di due mesi». Accetta l'offerta fattagli di mille Svizzeri pagati per un anno, e del soldo per sei mesi di altri mille: gli fa comprendere di mancar affatto di denaro, e gli chiede a prestito altri ducento mila scudi contanti, coi quali mezzi potrà ridur in breve tempo la città di Parigi, sicchè a lui ne sarà debitore, e promette restituirglieli e restargliene obbligatissimo.