Nel 1585 comparve un Avviso piacevole dato alla bella Italia da un giovane nobile francese. Secondo il De Thou è opera di Francesco Peratto, calvinista, che vi costipa quanto di peggio dissero contro del papa i classici nostri, poi altri, e sostiene ch'esso è l'anticristo, e che il ben d'Italia vorrebbe fosse sterminato. Vi rispose il Bellarmino coll'Appendix ad libros de summo pontifice, quæ continet responsionem ad librum quendam anonymum, e vi sostiene che la bellezza d'Italia «in ciò consiste, che non è contaminata da veruna macchia d'eresia nè di scisma».
Eppure com'egli sentisse la necessità di riguardi e transazioni il mostrano certe istruzioni che dirigeva ad un nipote vescovo, tra il resto dicendogli: «Viviamo in un tempo dov'è difficilissimo tutelare le libertà ecclesiastiche senza incorrere nell'indignazione dei poteri secolari. D'altro lato, se noi siamo timidi o negligenti, offendiamo Dio stesso e il glorioso suo vicario. Bisogna col nostro modo di operare mostrar ai principi e ai loro ministri che non cerchiamo occasioni di cozzare con essi, ma che il solo timor di Dio e l'amore del suo nome ci determinano a difendere le libertà della Chiesa. L'esserci avvolti in un combattimento legittimo non ci tolga d'apprezzare la benevolenza de' principi del secolo».
Il Bellarmino, già predicatore cercatissimo a ventidue anni, da san Francesco Borgia spedito all'Università di Lovanio per opporsi all'eresia serpeggiante, vi fu consacrato sacerdote; combattè Bajo che deviava in punto alla Grazia, e continuò a predicare e istruire finchè per titolo di salute si restituì a Roma. Nelle Dispute delle controversie della fede espone prima l'eresia, poi la dottrina della Chiesa e i sentimenti de' teologi, rinfiancandoli non con argomentazioni, ma con testi della Scrittura, dei Padri, de' Concilj e colla pratica; infine confuta gli avversi. Modello d'ordine, di precisione, di chiarezza, scevro dalle aridità e dal formalismo di scuola, se sbaglia talvolta sul conto degli scrittori ecclesiastici, non ancora passati al vaglio d'una critica severa, sa arditamente ripudiare scritti apocrifi; non inveisce contro gli avversarj, ma appoggiato all'autorità di teologi, li ribatte con chiara e precisa verità; e Mosheim, uno dei più accanniti campioni dell'eterodossia, pretende che «il candore e la buona fede di lui lo esposero a' rimbrotti de' teologi cattolici, perchè ebbe cura di raccogliere le prove e le objezioni degli avversarj, e per lo più esporle fedelmente in tutta la loro forza».
Uno de' tanti libelli usciti contro di lui narrava come, straziato dai rimorsi, fossesi condotto alla santa casa di Loreto a confessare sue colpe: ma uditene alcune, il penitenziere lo cacciò come irreparabilmente dannato, sicchè cadde per terra, e fra orribili scontorcimenti perì. Ciò stampavasi mentr'egli viveva in umiltà laboriosa; ammirato per disinteresse e umiltà, in tutt'Europa volava il suo nome e traducevasi il suo catechismo; un Tedesco venne apposta a Roma, con un notajo attese presso la casa dove il Bellarmino abitava finchè questi uscisse, fece rogar atto d'averlo veduto, e di ciò glorioso tornò in patria: il papa lo creava cardinale quia ei non habet parem Ecclesia Dei quoad doctrinam. E morendo santamente, professava non solo tener tutta la fede cattolica, ma nel punto controverso della Grazia pensare come i Gesuiti[146].
Anche l'altro gesuita Santarelli insegnava poter il papa infliggere al re pene temporali, e per giuste cagioni sciogliere i sudditi dalla fedeltà. Invano i suoi confratelli ritirarono tosto quell'opera; il parlamento di Parigi e la Sorbona, cui era stata denunziata, la condannarono ed arsero, obbligando i Gesuiti a far adesione a tale condanna, e dichiarare l'indipendenza dei principi[147].
Per queste opinioni i Gesuiti furono dichiarati nemici ai re, apostoli della democrazia, predicatori del tirannicidio, insomma precursori dell'odierno liberalismo; il quale poi alla sua volta dovea sentenziarli dispotici, oppressori del pensiero, alleati de' tiranni; e allora e adesso senza esame o senza lealtà. Nè dobbiamo tacere come Clemente VIII, in un'istruzione sull'Indice, raccomanda «si abolisca ciò che, dietro alle sentenze, ai costumi, agli esempj gentileschi, favorisce la polizia tirannica, e ne induce una ragion di Stato avversa alla cristiana legge». Ecco da qual lato stesse il sentimento più umano.
Eppure corre opinione che la Riforma partorisse la libertà, e che la Chiesa nostra la esecrasse. Il vero è che, divisa da quel punto l'Europa in cattolica e protestante, cessò la comune azione civilizzatrice, e bisognò congegnare un equilibrio, che d'allora divenne la legge politica. Ridotta impotente alle più elevate attribuzioni sociali, e ristretta ognor più alla vita individuale e al bisogno di conservarsi, la Chiesa alleossi coi re, declinando dalla propensione popolare che l'avea controdistinta nel medioevo; la tirannide uffiziale, che essa avea sempre riprovata, ma che allora veniva introdotta dai principi protestanti, si comunicò pure ai cattolici; e il clero, che non poteva impedirla, pensò tornasse opportuna a frenare i dissensi baldanzosi: mentre i principi, sentendosi minacciati dalla libertà del pensiero, fecero sinonimi eretico e ribelle, e insieme li perseguitarono. Di rimpatto i fautori della Riforma e d'una libertà sfrenata e persecutrice, vedendo la Chiesa cattolica porsi dal lato della resistenza e dei regni assoluti, contro le sorgenti franchigie politiche, la denunziavano come sostegno del despotismo, inducendo quella confusione di cose umane e divine, che il secol nostro si compiace di rinnovare a sterminio della vera libertà.
Mentre dunque dapprima il delitto confondeasi col peccato, il fôro secolare stava a servigio dell'ecclesiastico, alla Chiesa affluivano tributi, tasse, diritti, or tutto cambiava. I papi, spoveriti di mezzi[148], scaduti d'autorità, trovaronsi ben presto soccombenti davanti all'assolutismo organizzato e armato, dovettero rassegnarsi a molte concessioni per salvar l'essenziale, e lasciar che i principi acquistassero passo a passo le attribuzioni ecclesiastiche, che i Protestanti aveano carpite. La sanzione di tali acquisti viene espressa ne' Concordati, che sono il preciso opposto della formola assurda e micidiale, or proclamata da certuni, la separazione della Chiesa dallo Stato. La Chiesa cattolica possiede la verità tutta, la verità pura, e con essa i principj puri della giustizia e della prudenza, talchè anche nell'ordine temporale è la più opportuna alla felicità. Ma se il dominio suo è desiderabile, non sempre è possibile: mentre è necessario v'abbia una potenza spirituale, sicura, indipendente, che eserciti diritti proprj e costanti, conferitile dal divino suo fondatore. Essa riconosce a se sola l'autorità di definire, corregger gli abusi, modificare, riformare la disciplina esteriore, in quanto non si opponga ai dogmi e al gius divino. Perciò, secondando i tempi, più volte consentì privilegi, indulti, dispense, grazie, esenzioni. Finchè concernevano piuttosto il favore concesso che non il vantaggio generale della Chiesa, ebbero la forma ordinaria; ma dacchè trattossi di assicurar l'esercizio dei diritti della religione, e modificavano talune discipline per un'intera nazione, sicchè acquistavano effetto di legge obbligatoria, vestirono forma più solenne, e chiamaronsi Concordati.
Furono sempre promossi dai principi per materie su cui non si estendono le loro facoltà, prendendo l'aspetto di domanda, anzichè d'esigenza; e la santa sede li sanzionò per gravi motivi, quali il libero esercizio della religione cattolica o della giurisdizione episcopale; la libera comunicazione dei fedeli col papa; l'uso dei beni; l'osservanza della disciplina ecclesiastica; la nomina de' vescovi, attribuita ai capitoli o ai principi; la cognizione delle cause ecclesiastiche e l'appello alla santa sede; l'incolumità della fede e dei costumi de' Cattolici viventi fra eterodossi, o simili intenti.
Roma li considerò come liberalità de' pontefici e dovere de' principi: questi riconoscendo l'indipendenza dell'autorità ecclesiastica, quelli dando concessioni per quiete delle coscienze. Non sarebbero patti bilaterali, giacchè la Chiesa riservasi il diritto di interpretare, modificare, abrogare: pure seguono la natura degli altri contratti quanto alla durata e alla soluzione.