E il 3 agosto 1549: «Sopra due eretici di Padova, per aver un poco di querela fondata contra di loro, si è commesso al vicario che faccia un poco di esamine secreto, e si vedrà di farli venir qua».
Infine il 9 novembre all'eletto di Pola a Roma: «Facendo io jermattina instanza in Collegio per aver il braccio secolare per il Grisonio nelle eresie di Conegliano, il principe m'interruppe dicendo, che aveano fatto un'esecuzione molto laudabile contra quei di Digiano ecc. e che si avvertisse che i preti che si poneano in luogo dei contumaci fossero buoni, e sedessero là per sanar e correggere quanto aveano infettato questi ecc.»
Nel 1546 Baldassare Archiew inglese domandava al senato licenza di rimaner in Venezia come residente per la sua nazione, e presentar lettere di cui lo aveano incaricato i principi di Germania. Sul consentirglielo si disputò per molti giorni. Michele Barozzi sostenea che in paese cattolico non poteasi tollerare un residente eretico, per cui favore l'eresia troverebbe modo d'insinuarsi: ma il Pesaro riflettea trattarsi di Stato, non di fede: i Protestanti erano grandi principi, occupavano mezza Europa, si opponevano all'imperatore, di che tornava vantaggio a Venezia: se poi si volesse aver riguardo alla fede, ben altri rigori occorrerebbero per reprimere la simonia. Il Barozzi replicava che la domanda dell'Archiew riguardava appunto la fede, poichè tendeva a procacciarsi stabile e riconosciuto dominio in Venezia, e perciò arbitrio di parlar liberamente, spacciare suoi libri, e scandolezzare i Cattolici coi liberi modi di protestante. Il Trevisan insisteva, i Protestanti non mandare certo a trattar di fede, bensì di Stato: i principi tedeschi non cercare che la conservazione della propria libertà e degli interessi religiosi: solo per questi, dopo ventinove anni che professavano la nuova fede, essersi ora uniti in lega spedendo nunzj alle diverse potenze, fra cui anche a Venezia, dirigendole per mezzo dell'Archiew una lettera alla quale sarebbe scortesia il non rispondere: come sarebbe improvido il non tenersi amica una Lega tanto potente. In fatto la lettera fu ricevuta, e datavi risposta evasiva; e l'Archiew rimase come residente d'Inghilterra. Del che lagnandosi il papa, gli fu risposto esser ciò necessario per le continue comunicazioni con quel regno; del resto sua santità non poter dubitare della devozione della Repubblica.
Nessun però creda che i Veneziani s'allentassero nel perseguitare l'eresia; sì perchè ve li portava l'indole dei tempi, sì perchè essa turbava la quiete pubblica, primario intento di quel Governo. Fin dal 22 aprile 1547 erasi data questa commissione agli assistenti del Sant'Uffizio.
«Nos Franciscus Donato dux Venetiarum, ecc. Conoscendo, niuna cosa esser più degna del Principe Cristiano, che l'essere studioso della Religione e difensore della Fede Cattolica, il che etiam n'è commesso per la promissione nostra ducale, e stato sempre istituito dalli Maggiori nostri; però ad onore della Santa Madre Chiesa avemo eletti in questi tempi col nostro minor Consiglio voi, dilettissimi nobili nostri, Nicolò Tiepolo, dottor Francesco Contarini e Marco Antonio Venier dottore, come quelli che sete probi, discreti e cattolici uomini, e diligenti in tutte le azioni vostre, e massimamente dove conoscete trattarsi dell'onore del Signore Iddio. E vi commettemo, che dobbiate diligentemente inquirere contro gli eretici, che si trovassero in questa nostra città, e etiam ad mettere querele contro alcuno di loro, che fossero date; e essere insieme col reverendissimo Legato e Ministri suoi, col reverendo Patriarca nostro e Ministri suoi, col venerabile Inquisitore dell'eretica pravità, sollecitando cadauno di loro in ogni tempo e in ogni caso che occorrerà, alla formazione de' processi: alla quale etiam sarete assistenti, etiam procurando, che siano fatte le sentenze debite contro quelli, che saranno conosciuti rei. E di tempo in tempo ne avvisarete tutto quello che occorrerà, perchè non vi mancheremo d'ogni ajuto e favore, secondo la formola della promozione nostra ecc.».
Il 21 ottobre 1548 fu presa questa parte, cioè determinazione nel Consiglio dei Dieci:
«In esecution della Promission del serenissimo principe nostro e del capitular di conseglieri, furono da Sua Serenità con il consenso loro deputati tre delli primarj nobili nostri ad inquirir e accettar denunzie contra eretici in questa città e ducato solamente. I quali essendosi ridutti insieme con l'auditor del reverendissimo legato e con l'inquisitor tre fiate alla settimana dal mese di aprile 1547 in qua, hanno fatto quel buon frutto che a cadauno è noto. Imperochè sono cessate le conventicule che prima si facevano in diversi luoghi publici e privati di questa città, e molti immersi in tale diabolica pravità si sono abjurati publicamente; la qual bona opera quando si facesse nelle altre città del Stato nostro, nelle quali vi regna questa detestanda setta, si come da diversi Rettori nostri per molti casi d'importanzia siamo stati ricercati a fare, e anco dal reverendissimo legato apostolico, non ha alcuno che non conosca quanto si faria cosa grata all'onnipotente Dio e Signor nostro Jesù Cristo, però,
«L'anderà parte, che la deliberazion di questo Consiglio del 21 marzo 1521 in materia de strigoni e heretici, sia, quanto spetta ad eretici della fede catolica e di sacramenti della santa Chiesa, riformata, e da novo sia dechiarito che si abbi ad osservar quanto si osserva in questa nostra città, cioè:
«Che li rettori delle infrascritte città, debbano primamente far elezione de dui dottori, over persone intelligenti, catoliche e di bona vita, e poi ridursi in qualche loco commodo con il reverendo vescovo over suffraganeo o vicario suo, e con il venerando inquisitor, e tutti insieme inquirir et accettar denunzie contra cadaun eretico sottoposto alla città, alle castelle e a tutta la diocese sua; assistendo continuamente li rettori e li dui per loro ut sopra eletti al accettar delle querele e alla formazione di processi e non altramente, prestando il consiglio e favor suo fino alla compita formazione di essi: e che per i ditti reverendi ecclesiastici siano fatte le sentenzie contra quelli che sarano conosciuti rei secondo il tenor di sacri Canoni. Al far delle qual sentenzie debba sempre intervenir il Consegio e li dui per loro eletti, si come è ditto di sopra e non altramente, e similmente assister e prestar il loro consegio in ogni cosa pertinente a questa materia. Fatte veramente le sentenzie, debbano li rettori darli la debita esecuzione. E se per qualche justo impedimento non potessero assister ambidue li rettori alle cose sopra ditte, vi debba almeno intervenir uno di loro, insieme con li dui qualificati ut sopra. E ove si attrova uno solo rettor, quello debba assister personalmente, avendo sempre appresso di sè li altri dui a questo deputati da lui. E questo ordine sia posto de cætero nelle commissioni di essi rettori, acciò ch'el sia del tutto osservato.
«Li processi veramente che sin ora fussero sta fatti in questa materia senza la presenzia di rettori nostri, s'intendino nulli, ma ben si possano da novo formar nel modo sopra ditto.