Esso Altieri procurò che i Tedeschi e Svizzeri facessero ritirare il decreto del senato: ne scrisse al duca di Sassonia; andò in Isvizzera: protestava i Veneti esser tutti favorevoli ai Francesi e perciò nemici dell'imperatore, e in conseguenza dovere i principi di Germania tenerli in conto, come opportuni ai loro divisamenti: ma non potè ottenere se non lettere commendatizie, e reduce ebbe intimazione di professar il culto romano, o andarsene. Così in fatto fece, passando per Ferrara a Firenze, poi tornando nel Bresciano, donde scriveva ad esso Bullinger, il novembre 1549, trovarsi in gran molestie e pericoli della vita, nè scorger luogo in Italia ove stare sicuro colla moglie e il figlio: «nè avran posa gli empj finchè non mi assorbano vivo».
Più violento il Vergerio scriveva: «Se sarebbe crudeltà, barbarie ed asineria a voler impedire che fosse restituita la purità e bellezza della lingua volgare, perchè non è da dire che sia infinitamente maggior barbarie, crudeltà, asineria l'aver mandato un Archinto milanese legato in Venezia, il quale non pensa ad altro tutto il dì che di far strascinare in prigione e cacciar in bando gli uomini da bene, solamente perchè si dimostrano bramosi di veder restituita alle Chiese quella purità e bellezza dell'evangelo, che Gesù Cristo venne ad insegnarci, e la quale era stata sconcissimamente contaminata e vituperata?[162]»
E al Dolfin vescovo di Lésina: «La ingiustizia e crudeltà è grandemente cresciuta d'un tempo in qua appresso de' vostri, perciocchè a' tempi nostri i papi fan annegare i nostri fedeli di notte segretamente, senza che possano prima esser le loro difese ascoltate, almen in luogo pubblico, come s'è fatto novamente di que' due santi martiri di Cristo frà Baldo Lupetino d'Albona, di cui fu nipote e discepolo M. Mattia Flacio Illirico, ben conosciuto dal mondo, e M. Bartolomeo Fonzio, tra gli altri dico che di notte furon fatti annegare, nè vogliono i medesimi papi che i rei in questa causa possano essere ascoltati, se non appena da qualche diabolico inquisitor in un cantone Sed tu Domine usquequo?».
Sotto il 24 aprile 1551 racconta: «C'è di nuovo in Italia che i signori Veneziani avean fatto un decreto che niun legato papale nè vescovo nè inquisitore potesse procedere contro alcun suddito, senza la presenzia ed intervento di alcun magistrato laico; ed ora il papa freme, ed ha fulminato una sua bolla, che sotto gravissime pene niun principe secolare possa impacciarsi nè molto nè poco nelle materie degli accusati per conto di religione, e staremo a vedere se i Veneziani vorran obbedire. Buona cosa sarebbe se per questa via entrasse discordia tra loro e l'anticristo»[163].
Poi al Bullinger da Tubinga il 6 settembre 1554: «Ho qui con me Gerolamo Donzelino medico, cacciato or ora da Venezia pel Vangelo; uom prudente, che sa molto di ciò che si fa in Italia; e m'afferma che la peste servetana più che mai serpeggia, e ch'egli fu tentato dal Gribaldo per accedere a quella opinione. Certo è che da alcuni di Basilea si fe, con alquanti italiani, una cospirazione che, se non venga compressa, ci partorirà qualche gran male». E negli ultimi suoi giorni (1562) scriveva informando Venetos impios sœvire, quod antea non fecerunt; nec dubium est quin cum papa sint confœderati contra, ut ajunt, Lutheranos. Florentiæ ibidem; imo una vice propter religionem XVIII captos et in carcerem conjectos fuisse. Theologum, qui diversam de Trinitate sententiam pro concionibus defendere voluerit, Genevæ esse decolatum; quod factum non omnes approbant.
Aveasi dunque a Venezia libertà di costumi, non libertà d'opinioni, che spesso con quella è confusa[164]. Vero è che i Tre Savj dell'eresia, istituiti nel 1551, erano uno spediente per vigilar l'azione del Sant'Uffizio. Gli Esecutori sopra la bestemmia doveano approvare le stampe, vigilare sopra gli eretici, i bestemmiatori, i violatori di cose sacre, coloro che celebrassero messa non ordinati.
Ed è pur vero che i papi querelavano la Signoria di troppa mitezza; e segnatamente Giulio III nel 1550 ne mosse vive rimostranze all'oratore Matteo Dandolo[165], anche perchè i laici fossero chiamati a giudicare cogli ecclesiastici in materia di fede; contro la qual pratica esso pontefice pubblicò una bolla.
Fu forse per le instanze del papa che, il 3 novembre 1550, fu emanata questa provigione:
«Franciscus Donato Dei gratia dux Venetiarum etc. Nobilibus et sapientibus viris Francisco Venerio, de suo mandato potestati, et Hieronymo Grimani capitanio Veronæ, et successoribus suis, fidelibus dilectis salutem et dilectionis affectum. Avendo noi esistimato cosa equa e conveniente, che contra li imputati d'eresia da per tutto nella giurisdizione del Dominio nostro si abbi a procedere ad un modo istesso, avemo deliberato nel consilio nostro di Dieci e Zonta, che, nelli casi occorrenti e che occorreranno di essa eresia, si debba osservar la medesima forma di procedere che è statuito si servi in le città nostre di Bressa e di Bergamo, come in le lettere scritte alli rettori di quelle per il ditto Consilio di X con la zonta, sotto li 29 di novembre 1548 si contiene in tutto e pertutto, cioè: che ritrovatevi con quel reverendo Vicario, over con quel reverendo Episcopo se si troverà presente de lì, e l'inquisitore, debbiate insieme con loro e doi dottori delli primarj di quella città, che a voi pareranno prediti di bontà e dottrina, non ostante alcuno altro ordine, formar diligente processo in questa materia: nel qual vi troverete presenti in tutto quello che si opererà; ovvero, se qualche fiata per alcun necessario impedimento non poteste voi intervenire, farete che vi si ritrovi il Vicario di voi Podestà, appresso alli sopradetti, e usarete ogni diligenzia acciò che il processo sia formato di quel modo che si conviene, e noi possiamo intendere con bon fondamento come passano le cose nella prefata importantissima materia, e finito che sarà, lo mandarete alli Capi del Consilio preditto immediate, il quale poi che averemo veduto, vi daremo avviso di quello ch'occorrerà. Pertanto con l'autorità del preditto nostro Consilio di Dieci e Gionta vi commettemmo che debbiate così osservar e far osservare, facendo registrar queste lettere in quella cancellaria vostra per memoria de quelli che di tempo in tempo vi succederanno a effetto di tal osservanzia»[166].
Pio IV nel 1564 si doleva coll'oratore Marco Soranzo perchè la Signoria non operasse abbastanza severa ne' casi d'eresia, che si verificavano a Venezia, Verona, Vicenza. «Bisogna che si mostrino più severi, e che facciano migliori rimedj che non han fatto finora. Lo Stato loro da più bande è vicino ad eretici; è necessario che facciano buona guardia che questa peste non vi entri, e che, quando alcuno vien scoperto d'eresia, lo puniscano acerbamente. Il che non hanno fatto fin adesso in quel modo facea bisogno, e noi sapemo che anco in Padova hanno tollerato delli scolari tedeschi apertamente eretici, li quali hanno infettato degli altri»[167].