In conformità, il Consiglio dei Dieci emanò un'ordinanza, ove professava non potersi fare a Gesù Cristo e a tutti i fedeli cosa più grata, che il cercar tutti i mezzi d'allontanare que' mali uomini, i quali in materia di religione seguono opinioni particolari: pertanto ingiungevano ai rettori di sbandirli da tutte le terre della repubblica fra quindici giorni dalla pubblicazione del decreto, con minaccia che, se tornassero, verrebbero chiusi in prigione sicura, appartata da quella pe' delitti ordinarj, e sottoposti a grave multa.
Ciò non tolse che l'anno medesimo scrivessero a' Grigioni di venir pure a negoziare in Venezia senza paura dell'Inquisizione, sicuri sulle promesse già date anche per tutto lo Stato, purchè vivessero modesti e non recassero scandali.
Sollecitato da Pio V perchè la Signoria applicasse rigorosamente l'Inquisizione, l'ambasciatore veneto Paolo Tiepolo scrive avergli risposto si farebbe, ma guardando «troverebbe che in quel dominio si vive più religiosamente e cattolicamente che forse in qualsivoglia altra parte; e non sapeva dove più si frequentassero le chiese e i divini uffizj che in quella città. Di che rimase alquanto sopra di sè, forse per l'informazione avuta del contrario».
E altra volta: «Venne a trovarmi l'inquisitore di Brescia, e mi disse che il papa l'aveva lungamente esaminato sopra le cose di quella città, e che egli, che conosceva che con sua santità non era bisogno di sperone ma di freno, avea fatto ogni sorta di buon officio, scusando e raddolcendo quelle cose che erano venute alle orecchie della sua santità, affermando che da quei clarissimi rettori gli erano prontamente prestati tutti quegli ajuti e favori che sapea desiderare. Mi soggiunse aver detto a sua santità d'aver sentito che non era ben disposto verso quel serenissimo dominio: ma come devoto della sua santità volea dirle che non sapea Stato che facesse più di quello per la santa sede; che, sebbene in una moltitudine grande si trovasse qualcuno che non avesse mente del tutto retta, non bisognava fare mal concetto di tutta una repubblica così degna e così buona come quella».
Altrove narra come rassicurasse il santo padre che la Signoria vigilava occulatissima sugli eretici, non solo per zelo religioso, ma per la concordia e unione de' cittadini, la quale ne rimarrebbe turbata; e che «le cose erano in buono stato, e forse migliori che in altra parte della cristianità, non ostante che quel dominio avesse per più di trecento miglia continui confini colla Germania, e per questo rispetto convenisse aver molto commercio con Tedeschi». Aggiungeva «che noi usiamo più effetti che dimostrazioni, non fuochi e fiamme, ma far morire segretamente chi merita... Quelle dimostrazioni palesi, più grandi, severe e terribili, portavano maggior danno che utile, e poteano piuttosto confermar quei che seguirono i loro umori che spaventarli: in Francia e ne' paesi di Fiandra si eran fatte ammazzare le decine di migliaja di persone, non solo senza frutto, ma con vedere ogni giorno moltiplicar la gente nell'opinione dei morti; che il Consiglio dei Dieci aveva ultimamente fatto legge, che, chiunque fosse bandito da qualsiasi città per conto di religione, s'intendesse bandito da tutto il dominio, cosa che forse non si avrebbe potuto fare per gli ordinarj termini di giustizia».
Quella terribile frase del Tiepolo «far morire segretamente chi merita» speriamo fosse una di quelle diplomatiche, ove la seconda parte distrugge l'effetto della prima, e che si usano da chi cede nelle forme per conservare il fondo. Chè, se vi furono supplizj segreti, dovettero essere eccezionali, non mai per sistema. Ed anche nel 1588 querelandosi Sisto V de' portamenti della Repubblica, il cardinale Farnese replicò sorridendo: «Padre santo, que' signori governano lo Stato colle regole di Stato non con quelle del Sant'Uffizio; e se devesi aver occhio sincero alla religione, bisogna averlo anche ad altro»[168].
Nelle carte Medicee cogliemmo una lettera del cavaliere Nobili ambasciadore di Toscana, il quale da Madrid scrive, l'8 giugno 1568[169]:
«Io ho ritratto dall'ambasciadore di Venezia, com'egli è qua un Italiano, il quale è stato molti mesi in terra di Svizzeri e Grigioni là al confine di Milano, ed è venuto in notizia di molti vassalli del re, che tengono intelligenza con Luterani di que' paesi; ed è venuto alla Corte per manifestar a sua maestà questi tali infetti d'eretica opinione. E costui medesimo ha parlato con l'ambasciatore di Venezia, dicendogli che nel trattare questo negozio ha trovato molti delle terre de' Veneziani, uomini di qualità, di questa mala intenzione: e che se la Signoria vorrà remunerarlo, andrà là, e darà conto di tutte queste cose con molta giustificazione e verità. Onde l'ambasciadore s'è mosso a scrivere alla Repubblica, esortandola a volerne veder il vero, e castigar severamente chi tenesse queste pratiche nello Stato loro, e massime in Bergamo e Brescia, terre dove costui accenna esser seminata questa infezione».
Poi il 30 luglio: «Sopra quello che per lettera delli 11 aprile passato scrissero il duca mio signore e vostra eccellenza a sua maestà Cattolica del pericolo che sovrastava all'Italia da' Franzesi e dalli eretici quando si fossero volti a tentar questa provincia, sua santità ancora n'ha scritto in conformità, e particolarmente s'ingegna di mostrare in qual sospetto si doveano tenere il duca di Savoja e i Veneziani; l'uno per l'infezione ch'è nello Stato suo di questa peste dell'eresia e per la vicinità con Francia, e questi per tener poco conto come ciascun viva o cattolicamente o altrimenti; e con l'ajuto o pur con la sola permissione di questi duoi pare che possino derivare tutte le turbazioni che altri disegni per Italia: e contro quel duca e quella Repubblica s'è disteso, caricandoli molto appresso sua maestà, come quelli dei quali è molto dubbiosa la volontà in servizio della fede cattolica e di sua maestà».
Jacopo Brocardo veneziano (secondo altri, piemontese) seguì Calvino, e pretese confermare colla santa scrittura le visioni che dicea d'avere: nel 1565 ritiratosi nel Friuli, scrisse di fisica, ma scoperto fu arrestato dai Dieci: rilasciato, andò vagando a Eidelberga, in Inghilterra, in Francia, in Olanda, ove pubblicò libri sostenendo che i profeti aveano vaticinato gli avvenimenti particolari del secolo XVI: e gli applicava ai fatti venturi, a quanto accadrebbe a Filippo, a Elisabetta, al principe d'Orange. Il sinodo di Middelburg disapprovò questa guisa d'interpretar la Bibbia. Segur Pardalliano bretone credette che il personaggio, designato in queste profezie come destinato ad abbatter l'idra papale, fosse Enrico IV, e indusse questo a spedirlo ai principi protestanti per tal oggetto; ma divenne ridicolo quando palesò donde traeva tali persuasioni.