Un commento del Brocardo sulla Genesi fu condannato dal sinodo nazionale della Rocella nel 1581. Ritrattò poi i suoi libri mistici e profetici, pure fu sbandito dall'Olanda, e campò miseramente fin dopo il 1594.
Il modo di procedere in fatto d'eresie a Venezia appare da questa istruzione:
«Modus qui servatur in tribunali nostro in procedendo contra hæreticos.
«Et primo, porrecta querela, sive denuntia contra aliquem per judices ecclesiasticos, videlicet reverendum dominum Auditorem reverendissimi d. Legati apostolici et per patrem inquisitorem hæreticæ pravitatis, cum assistentia clarissimorum dominorum deputatorum contra hæreticos, ex offitio super ea testes assumuntur et examinatur; et si faciunt inditia aut probationes, ita quod deveniri possit ad capturam denunciati, tunc Judices ecclesiastici, accedente consilio prædictorum clarissimorum dominorum deputatorum, dictam capturam decernunt; sin autem, eundem ad comparendum personaliter citari mandant, qui si non comparuerit, proclamatur in scalis publicis, et contra ipsum proceditur, ejus contumacia non obstante. Si vero comparuerit, judices ecclesiastici cum assistentia prædictorum clarissimorum d. deputat. ejus rei recipiunt aut constitutum, et eo recepto, decernunt (accedente consilio ut supra) quod incarceretur aut consignetur in aliquo loco quem ei deputant pro carcere, cum fidejussione de se præsentando et de non recedendo, et successive ad ulteriora proceditur, examinando testes et contestes, et constituendo inquisitum qui confitetur se errasse, et qui se remittit sanctæ matris Ecclesiæ correctioni. Tunc formata abjuratione illa, reus, ore proprio, si scit legere, sin autem notarius reo præsente et omnia in eadem abjuratione confitente, recitat die statuto per judices. Deinde ipsi judices ecclesiastici, habito colloquio de pœna sive pœnitentia, ad quam reus veniat condemnandus, cum prædictis clarissimis dominis deputatis, et citato reo ad audiendiam sententiam, illam in scriptis, accedente consilio ut supra, proferunt et promulgant, et in ipsius sententiæ fine serenissimi principis pro executione ipsius sententiæ brachium humiliter implorant. Si vero reus negaverit delicta, de quibus in inquisitione, perpetrasse, tunc in arctiori carcere detrudi mandatur, ut eo mediante, delicta per se perpetrata confiteatur. Si vero illa confiteri negaverit, tunc et eo casu utatur deductis in processu et attestationibus testium, dummodo videantur esse conformes et sine aliqua inimicitiæ suspicione, ac tales quod in juditio fides eisdem adhiberi possit: et sic ad sententiam condemnatoriam, prout juris fuerit ut supra proceditur. Si vero testes examinati non plene probaverint, ita quod tantummodo inditia fecerint, aut semiplene probaverint, tunc et eo casu proceditur ad torturam, licet hactenus in tribunali nostro hujusmodi non evenerit casus, et ita hactenus fuit servatum et processum, cum assistentia prædictorum clarissimorum domin. deputatorum et eorum accedente consilio decretum et sententiatum».
L'archivio del Sant'Uffizio di Venezia, or riunito agli altri nel convento de' Frari, consta di cencinquanta cartelle. Eccetto un processo del 1541, la serie regolare non comincia che al 1548. Secondo il Romanin, fra quest'anno e il 1550 si fecero sessantatre processi sia nella dominante o nelle provincie; diciannove di essi vennero sospesi: gli altri riuscirono a condanne di multa o bando; alcuni di carcere temporario, uno di galera, uno di morte. Gl'imputati sono preti o artigiani: pochi civili, nessun nobile. Solo alla Marciana[170] esiste la sentenza contro Francesco Barozzi per stregheria, seduzione, apostasia ostinata: egli acconciossi a confessar tutto, purchè gli si lasciasse salva la vita e non confiscati i beni: restò alcun tempo in carcere, pagò cento ducati di cui fare due crocifissi d'argento, e s'obbligò a certe preghiere e a confessarsi regolarmente.
Nè scarseggiarono nel Veneto i processi di streghe; e ne' Diarj di Marin Sanudo ne occorrono varj, coi soliti abusi delle procedure d'allora, e con evidenti prove di superstizione, di delirio, di allucinazioni. Dagli Annali di Brescia, manuscritti alla Quiriniana, raccogliesi che nel 1455 frate Antonio inquisitore invocava il Governo contro eretici nella pieve di Edolo, che ricusavano i sacramenti, immolavano fanciulli, adoravano il diavolo. Nel 1510 a Edolo e Pisogne essersi bruciati da sessanta streghe e stregoni, che confessarono aver ammaliato uomini, donne, animali, seccato prati ed erbe: e menati al fuoco, non si mostravano sbigottiti, nella certezza che il demonio avrebbe fatto miracolo per salvarli. Nel 1518 essersi bruciate da settanta streghe in Valcamonica, togliendone i beni: e di quell'anno stesso una lettera da Orzinovi denunzia come infetti di stregoneria molti preti, che non battezzavano, e che dicevano la messa come Dio vuole.
Il dottor Alessandro Pompejo, in lettera da Brescia del 28 luglio 1518, racconta come sul monte Tonale si raccogliessero fin duemilacinquecento persone alla tregenda: e Carlo Miani patrizio veneto con maggiori particolarità riferisce che, sollecitate dalle madri, le fanciulle fanno una croce in terra, poi la calpestano, e sputacchiano; ed ecco presentarsi loro un cavallo, sul qual montato, subito si trovano sul Tonale alle turpi nozze. Introdotte in magnifica sala tutta a seta, vedono un signore, assiso in tribunale d'oro e gemme, che le fa scompisciar la croce, indi le accoppia a giovincelli bellissimi. Anche sul monte Crocedomini fra la val Sabbia e la Camonica teneansi di tali congreghe, testimonio il Gàmbara nelle note alle sue Geste de' Bresciani durante la Lega di Cambrai.
Per l'Inquisizione de' libri proibiti Venezia volle salve le ragioni del principato, e affidò tal materia al Consiglio dei Dieci, il quale, con decreto del gennajo 1526, comandò non si stampasse nulla senza licenza dei tre capi del Consiglio: poi passò tal cura agli Esecutori contro la bestemmia. L'Indice di Clemente VIII non fu ricevuto che con certe restrizioni, e nel concordato del 1596 si stabilirono nove capitoli: 1º i libri sospesi dal nuovo Indice per doversi espurgare, possano vendersi a chi abbia licenza dal vescovo o dall'inquisitore: 2º se gli stampatori volessero ristamparli, potran essere corretti dal vescovo o dall'inquisitore, senza mandarli a Roma; 3º de' libri nuovi si consegnerà l'originale al segretario de' riformatori dello studio di Padova o al cancelliere del capitano delle altre città; 4º sui libri si stamperà la licenza avuta e il nome di chi gli ha riveduti: 5º non si pongano figure disoneste; 6º i libraj per questa sola volta presentino all'inquisitore l'inventario dei libri che hanno, per espurgare i notati nell'Indice; 7º vescovi e inquisitori possano proibire solo per titolo di eresia o per falsa licenza: 8º non son obbligati gli stampatori a dare il giuramento; 9º gli eredi libraj diano all'inquisitore la nota de' libri proibiti che trovassero nell'eredità.
Siffatti rigori non tolsero che la tipografia fosse una delle principali e nobili industrie di Venezia, segnalata dagli Aldi, dai Baglioni, dai Comini, dagli Zatta: anzi i Baglioni ottenero la nobiltà veneta, e gli Albrizzi la dignità di procuratori di San Marco.
Ogni capoluogo del Veneto aveva il suo tribunal d'Inquisizione, organizzato a immagine di quel di Venezia; e d'accordo coi riformatori dello studio di Padova, facea la revisione de' libri e delle stampe; e la licenza dovea registrarsi dal magistrato degli Esecutori contro la bestemmia. Un consultore ecclesiastico ed uno secolare venivano interrogati nelle differenze fra gli avvedimenti religiosi e i politici; un Revisore dei brevi esaminava tutte le bolle e carte che venissero da Roma.