Quanto dicemmo nel Discorso IX sulla scuola di Padova vuolsi inteso per Venezia, di cui quella città era il ginnasio. Il Caracciolo denunzia Padova come «ricetto di eretici; vi furono per alcun tempo non solo il Vergerio, ma Enrico Scotta, Sigismondo Gelvo, Martin Borrao, il Gribaldo e lo stesso Calvino, quando, fuggito di Picardia, venne in Italia e arrivò sino a Firenze. Chioggia aveva il vescovo molto sospetto d'eresia, sicchè poi al Concilio non fu arrestato sol per la protezione del cardinale di Trento. In universale di tutta questa provincia di Venezia quanto fosse macchiata di eresie, si può scorgere dalla relazione fatta di lei a papa Clemente VII dal vescovo Teatino».
Fra le lettere del Bullinger n'ha una del 30 marzo 1543, dove Osvaldo Miconio parla d'un decano di Padova, il quale parea voler combinare i riti cattolici colle nuove credenze; e d'un altro, non nominato, che in colloquio sosteneva volersi un solo pastore e un solo ovile, si osservasser la quaresima, il digiuno, le feste, l'intercession dei santi, insomma (dice) connettere Cristo e Belial. Accenna pure d'un altro italiano, che cattivossi Calvino in modo, da ottenerne una commendatizia; eppure venuto ad Arovia, palesò di non credere nello Spirito Santo.
Anche Bernardino Tomitano di Padova, che stampò una Esposizione letteraria del testo di Matteo evangelista (Venezia 1547), che probabilmente è tradotta da Erasmo, fu accusato d'eresia, ma se ne scolpò colla «Orazione I e II ai Signori della Sant'Inquisizione di Venezia»; (Padova 1556).
Nell'archivio vaticano si trova una «Scrittura fatta sotto Federico Cornaro vescovo di Padova circa il tollerare o non tollerare la licenza della nazion germanica»[171], dove si muove lamenti perchè anche in questa Università si esiga altrettanto che in quelle d'Inghilterra, di Ginevra, di Germania, «che vogliono che tutti li forestieri dopo tre giorni siano obbligati, lasciando il proprio rito, accomodarsi all'abuso e licenza loro».
L'insegnamento degli Averroisti[172] sopravvisse nella scuola di Padova anche dopo che di quelli la barbara forma era condannata dagli umanisti, e il fondo dai Cattolici. Zabarella, Zimara, Federico Pendasio, Luigi Alberti ed altri proseguirono quella tradizione, benchè repudiassero tutti l'unità dell'intelletto. Francesco Ludovici veneziano, in una delle tante continuazioni del poema dell'Ariosto, intitolata il Trionfo di Carlo Magno, canta di Rinaldo, che penetrato nelle viscere del monte Atlante, si trova nel tempio della Natura, e là vede dar l'esistenza a quanto vegeta e respira; la quale Natura v'è collocata al posto di Dio, come l'intelligenza e la ragione tengono luogo dell'anima. Interrogata da Rinaldo perchè gli uomini abbiano anima più intelligente che le bestie e immortale, la Natura risponde:
Nell'uom ne pon'io più (d'intelletto) ch'è mio volere;
E tanto è quel, che d'ogni altro animale
Eccede di lontan vostro savere.
Quell'altro poi, che in voi dici immortale,
Io non lo fo. Se Dio lo fa, sel faccia: