Intanto il marito Alfonso erasi pur deciso, per sciagura sua, ad ubbidire al comando del Papa e recarsi di nuovo dalla moglie, forse perchè egli effettivamente l'amava. Il Papa gli ordinò d'andare a Spoleto per Foligno, e di condursi poscia con la moglie a Nepi, ove anch'egli si sarebbe trovato. Scopo dell'incontro era d'investire la figlia come signora anche di quel luogo.
Nepi non era stata mai feudo baronale, abbenchè i Prefetti di Vico e gli Orsini se ne fossero temporaneamente impadroniti. La Chiesa amministrava la città e il territorio per mezzo di rettori. Alessandro stesso, come cardinale, n'era stato governatore, nominatovi dallo zio Callisto, ed era stato tale sino alla sua assunzione al trono papale. La diede quindi in feudo al cardinale Ascanio Sforza. Nell'Archivio della città si conservano ancora le nitide pergamene, contenenti gli statuti comunali, che Ascanio sanzionava il primo gennaio 1495. Ma sugl'inizii del 1499 Alessandro s'impadroniva di nuovo di Nepi, e costringeva il castellano, comandante dell'arce a nome del fuggiasco Ascanio, a consegnarla a lui. E della città, del castello e territorio di Nepi investiva la figlia.[88] Il 4 settembre 1499 Francesco Borgia, tesoriere del Papa e vescovo di Teano, ne prendeva possesso in nome di quella.
Alessandro andò colà il 25 settembre, accompagnato da quattro cardinali. Nel castello, fatto tempo innanzi da lui stesso edificare, ebbe luogo il convegno con Lucrezia, che aveva seco il marito e il fratello Jofrè. Il primo d'ottobre era già di ritorno al Vaticano. Di qui indirizzò il 10 un Breve alla città di Nepi, col quale comandava di obbedire, qual signora, a donna Lucrezia, duchessa di Biseglia. Il 12 mandò pure lettera alla figlia, con la quale le permetteva di sgravare i Nepesini di alcuni balzelli.[89]
Per tal guisa Lucrezia era divenuta signora di due grandi terre. Il che mostra quanto stésse nella grazia del padre. Pure ella non tornò più a Spoleto, il cui governo affidò ad un luogotenente. Tuttocchè Alessandro su' primi d'ottobre avesse nominato il cardinale Gurk legato per Perugia e Todi, escluse nullameno dalla legazione Spoleto, per far cosa grata alla figliuola. Più tardi, il 10 agosto 1500, nominò governatore colà Ludovico Borgia, arcivescovo di Valenza, senza per questo ledere i diritti della figlia, consistenti nelle ragguardevoli entrate di quel territorio.
Il 14 ottobre Lucrezia già tornava di nuovo a Roma. Il primo novembre 1499 diede alla luce un bambino. Gli fu posto il nome del Papa, Rodrigo. Il battesimo di questo primo figlio venne solennizzato con gran pompa nella Cappella Sistina, che non era allora quella d'oggi, ma una cappella che Sisto IV aveva fatta edificare in San Pietro. Il neonato fu portato da Giovanni Cervillon; accanto a lui andavano il governatore di Roma e l'ambasciatore dell'imperatore Massimiliano. Assistettero alla cerimonia tutti i cardinali e gli ambasciatori d'Inghilterra, di Napoli, di Savoia, della Repubblica di Venezia e di Siena. Il bambino fu tenuto al fonte battesimale dal governatore della città. Furono padrini Podocatharo, vescovo di Caputaqua, e il vescovo Ferrari di Modena. Il corteo lasciò la cappella fra i suoni delle trombette.
In quel mentre Luigi XII, il 6 ottobre, erasi impossessato di Milano; e Ludovico Sforza, all'avvicinarsi delle armi francesi, aveva riparato presso l'imperatore Massimiliano. In conformità del trattato con Alessandro il re fornì truppe a Cesare Borgia per la conquista di Romagna. Ed i vassalli e vicarii della Chiesa colà, i Malatesta di Rimini, gli Sforza di Pesaro, i Riario d'Imola e Forlì, i Varano di Camerino, i Manfredi di Faenza furono a un tratto dichiarati dal Papa decaduti dalle loro investiture.
Cesare venne a Roma il 18 novembre 1499. Non si fermò in Vaticano che tre giorni, e poscia fece ritorno all'esercito, che assediava Imola. Egli voleva prender prima questa città, e poi assalir Forlì, nel cui castello la signora di quelle due terre s'apparecchiava alle difese.
Mentr'egli guerreggiava in Romagna, il padre tentò di togliere ai baroni romani i loro beni aviti. Prima di tutto pose la mano su' Gaetani. Questa celebre stirpe era sin dalla fine del XIII secolo divenuta padrona di esteso territorio in Campagna e Marittima. Erasi divisa in parecchi rami, uno de' quali viveva nel Napoletano. Colà difatti i Gaetani erano duchi di Traetto, conti di Fondi e Caserta, e quindi feudatarii e grandi dignitarii della corona di Napoli.
Centro delle terre de' Gaetani nella Campagna romana era Sermoneta, antico paese con castello baronale sulle prime pendici de' Volsci. Di lato, verso il di sopra, stanno gli avanzi della città ciclopica Norma; e verso il basso le incantevoli rovine di Ninfa. Giù, a' piedi, gli si distende, insino al mare, la palude pontina. La più gran parte di quel territorio, attraversato dalla via Appia, e che includeva anche il Capo Circèo, era, ed è ancora oggidì, proprietà di quella famiglia.
Al tempo di cui parliamo v'erano signori i figli di Onorato II, uomo eminente, che aveva risollevato la casa sua all'altezza, donde era caduta. Egli morì l'anno 1490, lasciando la vedova Caterina Orsini, e i figliuoli Niccola, il protonotario Giacomo e Guglielmo. Sua figlia Giovannella era moglie di Pierluigi Farnese e madre di Giulia. Niccola erasi sposato con Eleonora Orsini, e morì nell'anno 1494; cosicchè, oltre il protonotario Giacomo, Guglielmo Gaetani era il capo della casa di Sermoneta.