Alfonso fu portato in una sala del Vaticano. Un cardinale gli diè l'assoluzione. Nondimeno la gioventù la vinse: egli guariva. Lucrezia, che per lo spavento era stata colta dalla febbre, e Sancia lo medicavano. Esse stesse gli preparavano il cibo, e il Papa pose persone che lo vegliassero. Dell'assassinio e degli esecutori si parlava in Roma in vario senso. L'ambasciatore veneziano scriveva il 19 luglio alla Signoria: «Non si sa chi abbia ferito il duca; ma dicesi sia stata la persona medesima che ammazzò il duca di Gandia, e lo gettò in Tevere. Monsignor di Valenza ha emesso editto, che niuno da Castel Sant'Angelo a San Pietro possa lasciarsi vedere armato, pena la morte.»
Con diabolica ironia Cesare diceva all'ambasciatore stesso: «Io non ho ferito il duca; ma l'avessi fatto, ei l'avrebbe ben meritato.» — L'odio suo contro il cognato deve aver avuto anche motivi affatto personali, che a noi sono restati oscuri. Cesare non si peritò nemmeno di far visita all'ammalato; e, andando via, disse: «Quel che non è accaduto a mezzodì, può bene accader la sera.»
Passarono così giorni angosciosi, sino a che l'assassino perdette la pazienza. Il 18 agosto verso le 9 di sera andò di nuovo. Cacciò via dalla camera del cognato Lucrezia e Sancia; chiamò il suo capitano Micheletto, e da costui Alfonso fu strozzato. Senza suoni nè nenie, con un silenzio che metteva orrore, quasi apparizione fantasmagorica, il morto principe fu trasportato in San Pietro.
La cosa non fu più un mistero. Cesare stesso pubblicamente dichiarava aver egli ucciso il duca, perchè questi tendeva insidie alla vita sua; e, passeggiando lui nel giardino del Vaticano, Alfonso avevagli fatto tirare alle spalle da' suoi arcieri.
Nulla più di questo fatto, e del modo in che il Papa lo accolse, vale a mostrare tutto il formidabile potere che Cesare aveva acquistato sull'animo del suo immoralissimo padre. Da notizie dell'ambasciatore veneziano risulta che quello era avvenuto contro il volere di Alessandro, il quale aveva insin cercato salvare l'infelice principe. Ma consumato appena il fatto, non stette a pensarci su più che tanto. Egli, che aveva perdonato a Cesare l'uccisione del fratello, non poteva ora osare di chiamarlo a render conto. Dall'altro canto le conseguenze del misfatto non erano da lui stesso che troppo desiderate. Si sarà quindi risparmiata ogni inutile rampogna al figliuolo. Al sentimentalismo suo, se pure un Borgia avesse potuto esserne capace, Cesare avrebbe risposto col riso.
Giammai delitto di sangue non cadde così presto in dimenticanza. Della uccisione di un principe della Casa reale di Napoli non si fece più caso che della morte di vilissimo palafreniere del Vaticano. Niun uomo quindi schivò la vista o la compagnia di Cesare. Non un prete gli vietò l'ingresso nella chiesa, nè un solo cardinale cessò dall'accostarlo con riverenza profonda. I prelati eran solleciti a ricevere dalla mano dell'onnipotente omicida il cappello rosso, mentre egli a caro prezzo dispensava a' maggiori offerenti la dignità cardinalizia. Aveva bisogno di danaro per continuare le sue conquiste in Romagna. In quei giorni dell'agosto erano con lui i suoi condottieri, Paolo Orsini, Giulio Orsini, Vitellozzo Vitelli ed Ercole Bentivoglio. Il Papa aveva messo in ordine per lui 700 uomini d'arme; e il 18 agosto l'ambasciatore veneziano informava la Signoria di essere stato incaricato dal Papa, di pregare il doge di voler desistere dal proteggere i signori di Rimini e di Faenza. Fervevano i negoziati con Francia per procacciare a Cesare un appoggio serio e pratico. Il 24 agosto entrò in Roma l'inviato francese, Luigi De Villeneuve, e presso San Spirito gli venne incontro una maschera e l'abbracciò. Era Cesare. Quanto apertamente commetteva i suoi delitti, altrettanto amava andar per Roma mascherato.
Il giovane Alfonso di Aragona è fra le vittime de' Borgia la più tragica figura; e il destino suo commuove più di quello di Astorre Manfredi. Se Lucrezia, come v'è ogni ragion di credere, amava davvero suo marito, certo la fine di lui dovette immergerla in una desolazione disperata. E non avesse anche per lui nudrito passione alcuna, ogni sentimento suo doveva irrompere contro l'assassino, della cui infernale ambizione ella era la vittima. E doveva eziandio insorgere contro il padre, che per quel misfatto aveva mostrata tanta indifferenza.
Le scarse notizie, che abbiamo di quei giorni, non ci dipingono lo stato suo appena occorso il fatto, nè ciò che accadde in Vaticano tra i componenti di casa Borgia. Lucrezia, è vero, fu malata di febbre; ma nè morì di dolore, nè si levò vindice contro l'assassino di suo marito, nè fuggì via da quell'orrido Vaticano.
Ella si trovò nella stessa condizione di sua cognata donna Maria Enriquez alla morte di Gandia. Ma, mentre questa era col figlio sicura in Spagna, per Lucrezia invece non v'era alcun asilo, ove ridursi a vivere senza il volere del padre e del fratello.
Sarebbe stoltezza condannare la sventurata, se nel più spaventevole momento di sua vita non siasi fatta l'eroina di una tragedia. La verità è che in quel tragico ambiente ella apparisce troppo debole e piccola. Ma diritto di pretendere da Lucrezia Borgia le passioni di una grande anima, se non n'era capace, non ve n'ha alcuno. Noi non cerchiamo di comprenderla che qual fu realmente. E, se il giudizio non ci falla, essa fu donna, che non la potenza, ma solo la grazia della sua natura fece uscire dalla volgare schiera. Questa giovane donna, che alla fantasia romantica della posterità è apparsa qual Medea e qual face amorosa sempre ardente, forse non ha in realtà provato mai una passione profonda. Nel periodo della sua vita in Roma fu sempre dipendente dalla volontà di altri, e le sorti sue furon sempre decise dal padre prima, poi dal fratello. E non sappiamo sino a che punto, rimpetto a tali condizioni di reale soggezione, la sua resistenza morale fosse in grado di affermare, contro di quelle, la dignità della donna. Ma se mai Lucrezia sentì una volta in sè il coraggio di far valere i sentimenti e i diritti suoi contro coloro che la condannavano al sacrificio, questa dev'essere stata dopo l'uccisione del marito. Ed è molto probabile che siasi allora rivolta con accuse contro il fratello omicida, e con lagrime al padre. Cesare per tanto volle che l'importuna fosse allontanata dal Vaticano. Ed Alessandro la mandò per qualche tempo in esilio, probabilmente perchè essa stessa ardentemente lo desiderava. L'ambasciatore veneziano Polo Capello fa cenno di una rottura insorta tra lei e il padre. Egli avea lasciato Roma il 16 settembre 1500, e di ritorno a Venezia fece una relazione al suo Governo sulle condizioni di quella città, nella quale diceva: «Madonna Lucrezia, la quale è savia e liberale, stava prima in grazia del Papa, ma ora questi non l'ama più.»