Folco ereditò i possedimenti italiani del padre, e consolidò la linea degli Este. Nella gran lotta degl'imperatori tedeschi col Papato i marchesi d'Este furono aspri e tenacissimi combattenti; prima seguaci fervorosi, poscia capi del partito guelfo; il che valse a fondare il loro potere anche in Ferrara.
Gl'inizii primi di questa città furono oscuri e ignoti. Si crede che fosse venuta su al tempo delle immigrazioni forestiere. Dopo la donazione di Pipino e di Carlomagno la Chiesa pretese di averne il possesso. Fu compresa anche nella donazione della contessa Matilde. Nelle guerre tra il Papa e l'imperatore, cui diè alimento la disputa intorno l'eredità di Matilde, Ferrara acquistò la sua autonomia come repubblica.
Il XII secolo era sul finire, quando gli Este cominciarono a mettervi piede. Il nipote di Folco, Azzo V, sposò in quel tempo Marchesella Adelardi, erede del capo dei Guelfi nella città; mentre Salinguerra v'era capo de' Ghibellini. Da quel momento i marchesi d'Este andaron man mano guadagnando influenza in Ferrara. Essi divennero capi del partito guelfo anche nell'Alta Italia.
L'anno 1208 riuscì ad Azzo VI di scacciare Salinguerra. La città era così profondamente stanca della lunga lotta partigiana, che diede al vincitore la qualità ereditaria di Podestà. Fu questo il primo esempio di spontanea dedizione di una libera repubblica alla mercè di un signore. Così gli Este furono i primi a fondare un potere dinastico sulle rovine di una repubblica. L'audace Salinguerra, figura eroica delle più notevoli del tempo degli Hohenstaufen in Italia, scacciò di Ferrara ripetute volte Azzo e il successore di lui Azzo VII, sino a che nel 1240 non soggiacque e finì di vivere nel carcere. Dopo d'allora gli Este furono padroni di Ferrara.
Per un certo tempo, durante l'esilio avignonese de' papi, ne furono scacciati per opera della Chiesa; ma ritornarono il 1317, chiamativi da' cittadini che s'eran sollevati contro il luogotenente di quella. Giovanni XXII gli confermò con diploma d'investitura, mercè il quale ricevevano Ferrara in feudo dalla Chiesa contro l'annuo tributo di 10,000 fiorini d'oro. Oramai gli Este ordinarono il loro Stato come tiranni di Ferrara. Era uno Stato, cui il perdurare della dinastia fra tante guerre rese consistente. La dinastia degli Este non fu, come quelle di quasi tutte le altre dominazioni italiane, il prodotto di momentanee conquiste, d'intrusi illegittimi, ma antica, ereditaria, fortemente abbarbicata.
Con Aldobrandino, signore di Ferrara, di Modena, Rovigo e Comacchio, cominciò a venire al potere una serie di principi la maggior parte illustri, mercè i quali la città di Ferrara potè levarsi a quell'importanza, ond'era in possesso al cominciare del secolo XVI. Ad Aldobrandino successero i fratelli, Niccolò dal 1361 al 1388, e Alberto sino al 1393. Poi sino al 1441 dominò il figliuolo di costui Niccolò III, uomo di spiriti gagliardi e bellicosi. Essendo i suoi figli legittimi Ercole e Sigismondo minorenni, gli successe il suo bastardo Lionello. Questo principe non solo continuò quello che il padre aveva iniziato; ma fece di Ferrara uno Stato splendido e temuto. Il grande Alfonso di Napoli gli diè in moglie nel 1444 la figlia Maria; e per tal guisa gli Este si strinsero in intimo legame con la Casa reale degli Aragonesi. Lionello fu savio e liberale, cultore di ogni arte e scienza, principe di nome immortale. Nel 1450 gli successe il fratello Borso, al pari di lui bastardo, usurpando anch'egli il posto ai figliuoli legittimi di Niccolò III.
Borso fu uno de' principi più splendidi e grandiosi del tempo suo. Federico III, di ritorno dal suo viaggio d'incoronazione, lo nominò in Ferrara duca di Modena e Reggio, conte di Rovigo e Comacchio, paesi che appartenevano tutti all'Impero. D'allora in poi gli Este, la cui arma era stata un'aquila bianca, presero l'aquila nera imperiale, alla quale unirono i gigli di Francia, che un tempo Carlo VII aveva loro concessi. Il 14 aprile 1471 anche Paolo II nominò in Roma Borso duca di Ferrara. Poco dopo, il 27 maggio, questo principe famoso morì nubile e senza discendenti.
Gli successe Ercole, figliuolo legittimo di Niccolò III. Per tal guisa il governo ritornò alla linea pura degli Este, dopochè, per opera appunto di due bastardi, Ferrara era diventata uno Stato potente. Nel giugno 1473 Ercole si ammogliò con Eleonora di Aragona, figliuola di Ferdinando di Napoli. Le feste pel matrimonio furono sontuosissime. Da quel tempo sino al giorno, in cui questo secondo duca di Ferrara con altrettanta pompa univa Lucrezia in matrimonio con suo figlio, eran scorsi 29 anni di lotte molte e varie. Ercole aveva corso il massimo pericolo, onde lo Stato suo potesse essere minacciato: la guerra di Venezia e di papa Sisto IV contro di lui, la quale il 1482 fu terminata felicemente, non senza però la cessione di alcuni territorii in favore de' Veneziani. Ma il pericolo poteva rinnovarsi. Accanitissimi nemici del suo Stato erano sempre Venezia e la Chiesa. La sua politica quindi prescrivevagli di collegarsi con Francia, la quale comandava a Milano e forse poteva rendersi per sempre padrona di Napoli. Per questo motivo stesso erasi visto nella necessità di dare in moglie a suo figlio Lucrezia Borgia, a condizioni però vantaggiosissime. Lucrezia adunque poteva aver coscienza dell'alta significazione che la persona sua aveva per lo Stato di Ferrara. E ciò sin dal bel principio svegliò in lei il sentimento della sicurezza, rispetto alla nobile casa, cui ella omai apparteneva.
Il duca destinò Castel Vecchio a residenza degli sposi. Ivi Lucrezia stabilì la sua corte officiale. Il celebre castello esiste tuttora come uno de' più grandiosi monumenti medievali. Esso torreggia su tutta Ferrara ed è visibile da miglia lontano. Il color rosso scuro; il carattere grave e triste, congiunto ad una regolarità architettonica, che può dirsi perfetta; le quattro poderose torri; tutto ciò produce addentro impressione fortissima, specialmente al chiaro di luna, quando queste ultime riflettono la loro ombra nell'acqua del fossato, onde il castello ancora oggi, come in antico, è intorno ricinto. Alla fantasia dell'osservatore riappariscono allora le figure de' personaggi notevoli, che una volta v'abitarono o lo animarono: Ugo e Parisina Malatesta,[216] Borso, Lucrezia Borgia e Alfonso, Renata di Francia e Calvino, l'Ariosto, Alfonso II, l'infelice Tasso ed Eleonora.
Castel Vecchio fu fatto edificare dal marchese Niccolò nel 1385, dopo una sommossa cittadina. I successori lo compirono e ornarono nell'interno. Mercè cammini coperti era in comunicazione con la residenza dirimpetto al Duomo. Prima che Ercole allargasse Ferrara dal lato settentrionale, il castello rimaneva alla parte estrema, presso le mura. Una delle torri, quella chiamata del Leone, copriva la porta della città. Un braccio del Po, che allora scorreva in vicinanza, forniva d'acqua il fossato, sul quale si passava su ponti levatoi.