Calmata la prima commozione, Lucrezia potette benedire alla sua sorte. Se, anzi che esser moglie di Alfonso, i destini suoi fossero stati ancora legati a quelli de' Borgia, in quanta miseria non sarebbe anch'ella caduta! Presto si convinse che lo stato suo in Ferrara non era scosso. Doveva ciò parte alle proprie prerogative, e parte pure a quei solidi e duraturi vantaggi che aveva arrecati in dote alla casa d'Este. Se non che vedeva la vita de' suoi in pericolo a Roma. Il fratello Cesare vi giaceva malato. V'erano anche il figliuolo Rodrigo e Giovanni, il duca di Nepi. E intanto gli Orsini, spinti dal furore, cercavano vendicare nel sangue de' Borgia quello de' congiunti loro.
Ella assediò di preghiere il suocero, perchè aiutasse Cesare e gli mantenesse gli Stati. Ercole trovò più vantaggioso che la Romagna rimanesse a Cesare, anzichè cadesse in potere de' Veneziani. Mandò colà Pandolfo Collenuccio per eccitar le popolazioni a restar fedeli al loro duca. Al suo ambasciatore in Roma esprimeva la sua gioia per esser Cesare in via di guarigione.[230]
Ad eccezione della Romagna, lo Stato, messo insieme a furia di rapine dal figlio di Alessandro, cominciò in un momento ad andare in brani. I tiranni scacciati da lui ritornavano nelle loro città. Da Venezia Guidobaldo ed Elisabetta si condussero in fretta ad Urbino, che gli accolse festeggiando. Ed anche più presto di loro era Giovanni Sforza tornato da Mantova a Pesaro. Il marchese Gonzaga aveva mandato a lui la prima nuova della morte di Alessandro e della malattia di Cesare; e lo Sforza ne lo ringraziò con questa lettera:
«Illustre Signore e Cognato onorandissimo. — Ringrazio l'Eccellenza Vostra per la buona nuova che s'è degnata di darmi con le sue lettere dello stato del Valentino. N'ho in vero provato tanta allegrezza, che spero omai mettere un termine ai mali miei. Io l'assicuro, che quando rientri nel mio Stato mi considererò come creatura di Vostra Eccellenza, perchè ella è padrone del tutto e anche della mia propria persona. Io la prego, se altro la intende del nominato Valentino che sia morto, a volermene dare qualche avviso, che la mi farà singolare piacere. Di cuore me le raccomando per sempre. — Mantova, 25 agosto 1503. Di Vostra Eccellenza servitore Giovanni Sforza di Pesaro.»[231]
Già il 3 settembre lo Sforza potette informare il marchese di essere entrato in Pesaro fra le acclamazioni del popolo. Per il fausto avvenimento fece coniare una medaglia. Porta da un lato il suo busto; dall'altro un giogo spezzato con le parole: Patria recepta.[232] Sitibondo di vendetta, infuriò contro i ribelli di Pesaro con confische, col carcere e con esecuzioni capitali. Molti cittadini fece impiccare alle finestre del suo castello. Anche il Collenuccio, che aveva riparato a Ferrara sotto la protezione di Lucrezia e del duca, doveva ben presto cadergli in mano. Lo attirò a Pesaro con traditoresche promesse. Ma poscia per quell'accusa, dal Collenuccio un tempo indirizzata a Cesare Borgia, della quale asserì aver solo allora avuto cognizione, lo cacciò in prigione. Il Collenuccio, non privo certo di colpa verso l'antico signore ed amico, subì il suo destino e affrontò tranquillamente la morte nel luglio 1504.[233]
Infrattanto Lucrezia seguiva con grande ansietà il corso degli eventi in Roma. Niuna lettera sua a Cesare o di questo a lei, in quel periodo, è rimasta. Ne abbiamo solo alcune tra Cesare e il duca di Ferrara, che non cessò mai di scrivergli. Il 13 settembre Ercole lo felicitava per la ricuperata salute, e lo informava aver, mercè un inviato, esortato i popoli di Romagna alla fedeltà verso di lui.
Questa lettera giunse a Cesare in Nepi. Poichè per trattato con l'ambasciatore francese in Roma si fu messo sotto la protezione della Francia, egli, cedendo alla domanda de' cardinali, erasi ritirato in Nepi. Condusse seco la madre Vannozza e il fratello Jofrè, e, senza dubbio, anche la piccola figlia Luisa, come i due bambini Rodrigo e Giovanni, il quale ultimo era appunto duca di Nepi. La prossimità dell'esercito di Francia, accampato ancora in quel territorio, lo rendeva colà sicuro. Come se nulla fosse successo, egli scrisse lettere al marchese Gonzaga, che teneva allora il quartier generale a Campagnano. Gli mandò pure in regalo alcuni cani da caccia. Anche di Jofrè vi sono lettere da Nepi del 18 settembre allo stesso marchese.[234]
Quivi Cesare apprese che il suo protettore ed amico Amboise non era, com'egli aveva sperato, riuscito a farsi elegger Papa; ma che era stato invece eletto il Piccolomini. Il 22 settembre salì sulla Santa Sede, come Pio III, questo vecchio e già moribondo cardinale: del resto, padre felice di non meno di 12 figliuoli, tra maschi e femmine, che solo la morte gli tolse di poter introdurre nel Vaticano e farli principi. Egli permise a Cesare di rientrare in Roma e mostrò anche di favoreggiarlo. Ma non erano quasi ancora tornati i Borgia, che già il 3 ottobre gli Orsini si levarono pieni di furore gridando morte al loro nemico. Cesare con i bambini riparò in Castel Sant'Angelo; e già il 18 ottobre Pio III moriva.
I bambini non avevano omai altri difensori che Cesare e quei due cardinali, alla tutela de' quali Alessandro avevagli affidati. I loro Ducati svanirono come per colpo magico. Appena morto il Papa, i Gaetani tornarono da Mantova e s'impossessarono di nuovo di Sermoneta e di tutti gli altri beni, stati concessi al piccolo Rodrigo. Su Nepi affacciò pretensioni Ascanio Sforza o la Camera Apostolica. Di Camerino s'impadronì di nuovo l'ultimo dei Varano.
Il piccolo Rodrigo era duca di Bisceglia, e come tale sotto la protezione di Spagna. Difatti, con molta previdenza, Alessandro VI aveva sin dal 20 maggio 1502 ottenuto da Ferdinando il Cattolico e Isabella di Castiglia diploma, mercè il quale la Casa reale di Spagna assicurava alla famiglia Borgia tutti i suoi beni nel Napoletano. E in questo atto erano espressamente nominati Cesare e successori suoi, Don Jofrè di Squillace, Don Juan, il figliuolo dell'ucciso Gandia, Lucrezia qual duchessa di Bisceglia, e il figlio ed erede suo Rodrigo.[235] Nell'Archivio di casa d'Este si trovano ancora i documenti della Cancelleria di Lucrezia, relativi all'amministrazione de' beni di Rodrigo, insieme con altri che si riferiscono al piccolo Giovanni.[236]