Malgrado della protezione di Spagna, la vita del figliuolo di Lucrezia era allora in pericolo a Roma. Niun dovere incombeva a lei più stretto che di esigere che il figlio le fosse reso, e di prenderlo seco. Nol fece, perchè non potette o perchè non ebbe cuore abbastanza da farlo, o forse perchè le nacque il sospetto che appunto in Ferrara la vita di quel bambino sarebbe esposta a maggior pericolo. Il cardinal di Cosenza, tutore di Rodrigo, le propose di vendere tutti i mobili del figliuolo e di condurlo fuori d'Italia e metterlo al sicuro in Spagna. Essa comunicò la proposta al suocero, che le rispose così:
«Illustrissima Signora Nuora e figlia nostra dilettissima. — Abbiamo avuto la lettera di Vostra Signoria assieme a quella, che il reverendissimo cardinale di Cosenza le diresse, e ch'ella ci ha mandata. Qui, con questa nostra, gliela respingiamo, dopo essere stata letta da niun'altra persona se non da noi. Abbiam notato la prudenza, con la quale la Signoria Vostra stessa e il nominato Cardinale scrivono. E le parole loro sono accompagnate da tante buone ragioni, che non si può giudicare se non che siano amorevoli e savie. Onde, avendo tutto ben ponderato, ne pare che la Signoria Vostra possa e debba acconsentire a quanto il detto reverendissimo Monsignore propone di voler fare. A noi sembra che Vostra Signoria debba avergli qualche obbligazione per la prova di cordiale amore ch'egli addimostra verso di lei e dell'Illustrissimo Don Rodrigo, del quale accade dire essere stato preservato in vita per opra di colui. Quando anche esso Don Rodrigo avesse a stare un po' più lontano da Vostra Signoria, tanto meglio stare lontano e sicuro che vicino con pericolo, come il Cardinale fa vedere che sarebbe. Nè per questa lontananza l'amore tra voi diminuirà. Una volta poi fatto grande, potrà secondo le circostanze di tempo pigliar da sè partito, se tornare in Italia o rimanersi lontano. È buona idea quella dello stesso Cardinale d'invertire i mobili in danaro per supplire al vivere di colui aumentandone le entrate, siccome egli dice di voler fare. Per ogni rispetto adunque, come abbiamo detto, pare a noi sia bene acconsentire alla proposta. Non di manco se a Vostra Signoria, ch'è prudentissima, paresse altrimenti, ce ne rimettiamo a lei. Si tenga sana. — Codegorico, 4 ottobre 1503. Ercole Duca di Ferrara, etc.»[237]
Intanto il primo novembre 1503 salì sul trono papale il Della Rovere, come Giulio II. I Della Rovere, i Borgia, i Medici, tre famiglie di cui ciascuna contò due papi, hanno dato al Papato l'aspetto politico moderno. Negli annali della Chiesa non vi sono altre famiglie che abbiano avuto altrettanto influsso sulla storia. I nomi loro abbracciano un grande processo di rivoluzioni politiche e morali. Ora i Della Rovere occupavano ancora una volta il posto dei Borgia, de' quali fierissimo nemico era già stato un tempo Giuliano. La decadenza di Cesare poteva omai riguardarsi come decisa.
In altre storie si legge come Giulio II si servisse dapprima di Cesare per assicurarsi, mercè l'influenza di lui su' cardinali spagnuoli, l'elezione; e poscia, ottenuta una volta la dedizione delle fortezze di Romagna, lo mettesse da parte. Cesare si gettò nelle braccia della Spagna. Nell'aprile 1504 andò da Ostia a Napoli, ove il Gran Capitano Consalvo era luogotenente di Ferdinando il Cattolico. Fu accompagnato da Don Jofrè; e v'era già stato preceduto da' cardinali Francesco Romolini di Sorrento e Lodovico Borgia, fuggiti a Napoli per tema di un processo. Ma Consalvo ritrattò il salvocondotto che aveva dato a Cesare. E a nome del re Ferdinando lo fece arrestare il 27 maggio, e lo mandò nel Castello d'Ischia.
Nulla sappiamo della sorte de' bambini Borgia. È molto probabile che sian rimasti sotto la protezione de' cardinali spagnuoli in Roma o piuttosto in Napoli. Avendo appena salva la vita, Cesare fu imbarcato per la Spagna. Le cose sue di maggior valore egli aveva dato a custodire in Roma agli amici suoi, perchè gliele serbassero in modo sicuro e spedissero a Ferrara. Perciò il 31 dicembre 1503 il duca Ercole scriveva al suo ambasciatore a Roma, di prendere in consegna le casse di Cesare, quando il cardinale di Sorrento gliele rimettesse, e di spedirle quindi a Ferrara come proprietà del cardinale d'Este.[238] Se non che Giulio II, quando fu morto il cardinale Romolini, ancora nel maggio 1507, confiscò nella casa di lui 12 casse e 84 balle, contenenti tappeti, drappi e altre suppellettili di proprietà di Cesare. Altra parte de' tesori di costui, oro e argento e altri oggetti preziosi, il Papa esigette gli fosse resa da Firenze, ove Cesare l'aveva depositata. Però la Signoria Fiorentina dichiarò volersi essa stessa compensare.[239]
La deportazione di Cesare in Spagna fece molto senso. Niuno voleva darsene per autore, non Consalvo, non il Papa e nemmeno il re Ferdinando. Fu detto pure essere stata la vedova di Gandia, la quale alla Corte di Spagna aveva ottenuto che fosse preso l'assassino del marito.[240] I cardinali spagnuoli s'impegnarono per Cesare. Anche Lucrezia cooperò con grandi sforzi alla liberazione del fratello. Giunsero di lui notizie dalla Spagna; le prime dell'ottobre 1504. Il Costabili scriveva a Ferrara: «Gli affari del duca Valentino non sembrano tanto disperati quanto s'era detto. Il cardinale di Salerno ebbe lettere del 3 dal Requesenz, il maggiordomo del duca, da costui mandato anticipatamente, prima che egli stesso arrivasse colà, con lettere di parecchi cardinali alle Maestà Cattoliche di Spagna. Ora il Requesenz scrisse, il duca essere stato rinchiuso con un sol servitore nel Castello di Siviglia, che, ancorachè molto forte, pure è spazioso assai. Ma poscia gli sono stati dati otto servitori. Scrisse benanche aver parlato al re intorno la liberazione, e questi avergli risposto, che non lui aveva comandato l'imprigionamento del duca; ma aveva disposto che fosse in quel castello rinchiuso per molte cose, delle quali Consalvo lo chiama colpevole. Quando queste si provassero non vere, egli senza dubbio farebbe, rispetto a Cesare, il voler de' cardinali. Pure doveasi prima di tutto aspettare che la regina risanasse. Risposta identica diede pure agli ambasciatori del re e della regina di Navarra, che si eran presso lui con ogni fervore impegnati per la liberazione di Cesare. Epperò il Requesenz sperava che questi ben presto ricupererebbe la sua libertà.»[241]
Dalle lettere adunque del Requesenz risulta, che Cesare in prima fu portato a Siviglia; di là fu poi mandato al Castello Medina del Campo nella Castiglia. Le preghiere sue presso il re di Francia rimasero inascoltate. In Italia poi niuno poteva desiderare di vederlo rimesso in libertà. Ivi, tranne sua sorella, non v'era chi si prendesse cura dell'avventuriero decaduto. Ma gli sforzi di colei con difficoltà trovavano un buon appoggio da parte medesima degli Este. Ove Cesare fosse tornato in Italia, è chiaro che sarebbe venuto a turbar la pace alla corte di Ferrara, e forse anche avrebbe fatto di questa il centro de' suoi intrighi. Solo i Gonzaga sembrano non avergli tolto del tutto la loro benevolenza; abbenchè, in luogo d'imparentarsi con lui, come un tempo desideravano, diventassero ora congiunti de' Della Rovere. Difatti il marchese di Mantova il 9 aprile 1505 sposò la sua giovane figlia Eleonora col nipote di Giulio II, con Francesco Maria Della Rovere, l'erede di Urbino.[242] Era specialmente Isabella Gonzaga quella che, per compiacere alla cognata Lucrezia, appoggiava presso il marito le intercessioni di costei. L'Archivio di casa Gonzaga contiene ancora parecchie lettere di Lucrezia al marchese in favore di Cesare.
Il 18 agosto 1505 ella gli scrisse da Reggio, che aveva iniziato pratiche in Roma e nudriva speranza, che il Papa darebbe facoltà al cardinale Pietro Jsualles a fare un viaggio alla Corte di Spagna per ottenere la liberazione di Cesare. Pregava perciò il marchese di voler intercedere presso il Papa, perchè permettesse al cardinale siffatta commissione.[243] Gli scrisse di nuovo l'8 novembre da Belriguardo, e lo ringraziò della intenzione di lui di spedire nella Spagna un agente. E gli mandò al tempo stesso una lettera pel re Ferdinando e un'altra pel fratello Cesare.
Non si sa se il cardinale andasse in effetto alla Corte di Madrid. È poco credibile che Giulio II glielo abbia permesso.