Contro questa pericolosa potenza della Chiesa al tempo di Innocenzo, che risolutamente tendeva alla dominazione universale, mentre considerava il suo stato come un suo feudo privato, sorsero a combattere l'eresia evangelica e l'Impero monarchico rinnovato dal grande Hohenstaufen Federico II. Se questi due elementi si fossero alleati, una precoce riforma avrebbe fiaccato la Chiesa gerarchica; ma i tempi non erano maturi nel secolo xiii, e non erasi ancora formato un forte stato nazionale; ma già i germi di una riforma futura da parte della Germania si diffondevano per tutta Europa. Invano Federico II chiamò i re ed i popoli ad unirsi sotto la sua bandiera per strappare al papa la giurisdizione temporale e per rendere al clero il suo carattere spirituale; rimase solo nell'eroica lotta. Lo spirito indipendente dei reami che si erano sottratti all'autorità imperiale, l'aristocrazia e la cittadinanza democratica lo avversarono, alleati del fanatismo religioso, mentre egli stesso si era allontanato dalla terra nazionale germanica che, sola, poteva dargli autorità, potenza, vigore. La sua patria non voleva più in quel tempo sostenere guerre italiche per uno scopo dinastico; essa lasciò cader Federico. Egli morì incompreso dal suo tempo, in tragica solitudine, l'ultimo vero Imperatore del grande Impero; incapace di riunirlo tutto di nuovo in una forte forma monarchica, egli fu vinto. Gli epigoni della casa Hohenstaufen, Corrado, Manfredi e Corradino lottarono invano per la ricostituzione del legittimo Impero. Il tempo lo aveva soverchiato. L'accordo che sembrava regnare fra l'Italia e la Germania dal tempo di Ottone I, si sciolse; l'Italia si rese indipendente, di fatto, dall'Impero, le cui ultime provincie si dissolvevano grado a grado, mentre l'autorità imperiale si andava perdendo anche in Germania durante il lungo interregno.

Si potrebbe credere a questo punto che anche l'idea imperiale dovesse andar perduta sotto le rovine della dinastia degli Hohenstaufen; ma ciò non accadde in nessun modo. Essa continuò a vivere in Germania e in Italia come un principio tradizionale di gloria, e dalla Chiesa medesima essa fu conservata con cura. Solo in apparenza questa era riuscita vincitrice nella gigantesca contesa cogli Hohenstaufen; in realtà essa era profondamente scossa ed esaurita dalle sue lotte. Praticamente essa non poteva mantenere nelle sue mani l'artifizioso congiungimento dell'autorità temporale e spirituale; esso rimase come dottrina teorica della Chiesa, alla quale si opponevano lo spirito stesso del cristianesimo e l'indole occidentale. Il papato si vide isolato, solo, alla vertiginosa sua altezza. L'Italia, dove esso era tornato come un trionfatore, non gli offrì più una base razionale, poichè lo vide incapace a riempire l'abisso che separava tuttora i Guelfi dai Ghibellini, ed a rovesciare la democrazia comunale che era venuta in potenza anche nella città di Roma.

Gl'Italiani si erano liberati dall'Impero feudale tedesco coll'aiuto del Papa, ma non avevano ora nessuna intenzione di subire la signoria teocratica di lui. Lo spirito d'individualità insorse contro di lui, sotto la forma sia di repubblica cittadina, sia di tirannide o signoria. Si presentò intanto un altro pericolo: lo stato nazionale monarchico, del quale Federico II aveva portato in Sicilia il disegno, e che si sviluppava già in Francia. La debolezza della Germania e dell'Impero fecero sempre la forza della Francia: dopo la caduta degli Hohenstaufen l'autorità politica passò necessariamente con gran vigore a quella nazione. Con essa però si era alleato il papato per combattere gli Hohenstaufen; esso aveva chiamato in Italia una dinastia francese, e, con Carlo d'Angiò, l'aveva posta sul trono delle Due Sicilie. Così questa dinastia, appoggiandosi alla Francia, minacciò di divenire un pericolo per il papato come lo era stato, sullo stesso trono, la dinastia degli Hohenstaufen che si appoggiava alla Germania. Era cambiata la provenienza del pericolo, ma il pericolo rimaneva, e presto il papato se ne doveva accorgere a sue spese. Esso si affrettò a ristabilire l'impero nella nazione tedesca: Rodolfo di Asburgo fu eletto re dei Romani e come tale riconosciuto dal Papa. La restaurazione dell'Impero della nazione tedesca per mezzo degli Asburgo non era più che una vana apparenza. Gli Asburgo divennero volentieri i difensori della Chiesa, e ad essa abbandonarono senz'altro tutti i diritti imperiali, e riconobbero nell'Impero un feudo del pontefice. Già i primi fondatori di questa dinastia, nella quale la Chiesa ha trovato sempre finora (1866) la sua più valida difesa, cedevano al romanismo e ad esso si alleavano. Intanto però lasciavano il papato e l'Italia tranquillamente al loro destino, giacchè nè Rodolfo, nè Alberto passarono le Alpi per venire a prendere la corona Imperiale, ciò che Dante riprova così severamente. I nuovi difensori della Chiesa non salvarono nemmeno Bonifacio VIII, e non liberarono il papato dalla schiavitù francese, nella quale esso doveva necessariamente languire dopo aver voluto ad ogni costo annientare la potenza imperiale.

L'Impero, entità astratta, non aveva potuto trionfare sulla Chiesa gerarchica; la nazione francese lo potè. Il papato cadde per sempre dall'altezza a cui l'aveva innalzato Innocenzo III; esso era stato forte, finchè era stato in lotta coll'Impero; questa lotta l'aveva rafforzato; appena essa cessò, il papato si sentì debole.

Riprendendo l'idea di una completa signoria sulle anime e sui corpi di tutti gli uomini, di tutti i principi, di tutti i popoli, Bonifacio VIII lanciò la famosa bolla Unam Sanctam, ritorcendo la teoria del congiungimento dei due poteri nelle mani del pontefice, contro la monarchia francese, e, ciecamente sfidandola, precipitò in sua balìa. Il papato fu condotto prigioniero ad Avignone. Là si gallicizzò, e per settanta anni rimase vassallo dei re di Francia. La Chiesa d'Ildebrando e l'Impero degli Ottoni erano finiti, deformati dall'aristocrazia gerarchica e feudale, dall'arbitrio sfrenato e dagli abusi. Queste grandi forme universali, nelle quali aveva riposato per tanto tempo l'Occidente, si dissolsero rapidamente sotto l'influenza dell'individualismo germanico. La monarchia incipiente e l'approssimarsi della riforma laceravano quà in modo visibile e rapido, là in modo lento ed oscuro, la grande tela dello spirito medioevale.

Quando, al principio del secolo xvi, il papato abbandonò il suo terreno storico, l'Italia, e si ridusse nella lontana Avignone, in quella terra che agitavano terribili lotte fra Guelfi e Ghibellini, dovè tornare d'un tratto l'idea dell'Impero e dell'Imperatore come una via di salvezza.

Questo principio latino si risvegliò con tale delirante e ardente fede nell'animo degl'infelici Italiani, da ricordare l'attesa del Messia da parte dei Giudei. Infatti gl'Italiani di quel tempo somigliavano, nelle loro sventure agli Ebrei: Dante fu il loro profeta. Il suo immortale ditirambo: Ahi serva Italia di dolore ostello, ha avuto la sua significazione e giustificazione storica fino al nostro tempo, quando nel dicembre 1866 gli ultimi francesi si imbarcarono a Civita Vecchia. L'apoteosi dell'Impero fatta da Dante, egli ne vide l'aquila librarsi fino in paradiso, i suoi ammonimenti all'imperatore, il benvenuto dato ad Arrigo VII, sono prove del culto per l'Impero che aveva tradizionalmente profonde radici nel mondo latino, anzi in tutto l'Occidente.

Arrigo di Lussemburgo rispose all'appello dei Ghibellini e venne in Italia a placarla come Imperator Pacificus e a restaurare l'imperiale maestà, veltro allegorico, per dirla con Dante. Ma il suo tragico viaggio verso Roma e le infelici sue lotte in Toscana mostrarono la debolezza dell'ideale di fronte alle pratiche circostanze della vita, l'evanescenza del sogno di fronte alla realtà. Il suo sarcofago, nella ghibellina città di Pisa, è il monumento funebre di tutto l'impero.

Ma l'idea imperiale non era morta, e si nutriva col nuovo spirito della riforma. Sua arme era lo spirito irrequieto e anelante al meglio, che anima l'umanità, e con essa combatteva ancora la Chiesa dottrinaria. Mentre dunque l'Impero precipitava sempre più in basso, e perdeva ad uno ad uno i suoi diritti e le sue provincie, esso persisteva in Occidente come teoria filosofica, alla quale si alleavano gli elementi eretico-evangelici che uscivano dal seno della Chiesa corrotta.

Alle pretese degli arditi papi francesi, i quali, ritirati in Avignone al sicuro dagli Italiani e dai Tedeschi, reclamavano la signoria imperiale come loro dovuta, e sempre più cercavano di umiliare l'Impero, rispondeva lo spirito secolare del tempo nella scuola dei monarchisti, dei quali era guida e luce Dante Alighieri. La monarchia fu simbolo di rigenerazione, per la gioventù che cresceva; il principio monarchico segnò, caso unico nella storia, il progresso della riforma nello spirito umano per la sua liberazione dai ceppi della Chiesa gerarchica medioevale. L'opera famosa di Dante, De Monarchia, poneva le basi alla nuova scienza di un diritto di stato, sebbene egli non trattasse di stati reali, ma di una grande ideale monarchia, o repubblica universale, sotto lo scettro dell'Imperatore. Con una dialettica scolastica e sofistica Dante dimostrava che la monarchia universale, l'Impero, era necessario al bene della società umana; chè l'autorità imperiale apparteneva di diritto al popolo romano, e, attraverso questo, all'Imperatore; che l'autorità dell'imperatore derivava immediatamente da Dio e non dal pontefice. Dimostrava l'indipendenza dell'Impero dalla Chiesa, e, colla separazione dei due poteri già tentata da Arnaldo da Brescia e dagli Hohenstaufen, riduceva la Chiesa nei suoi veri confini.