Dopo la cessione di Venezia, l'Italia formò di nuovo una nazione sola, non essendo la sua unità più turbata che da Roma. Soltanto qui risiedevano ancora truppe straniere, l'esercito d'occupazione di Napoleone. Ma la posizione del Papato, che si appoggiava all'Imperatore francese, doveva ora mutarsi.
L'Austria aveva finora coperto il Vaticano dal Po; il formidabile quadrilatero era la trincea più valida del Vaticano. Ora essa era caduta e si era sciolto il legame di reciproci interessi che aveva fin allora tenuto avvinti il Papato e la Dinastia degli Absburgo. L'Austria cessò la sua politica italiana e con essa necessariamente vennero meno i suoi obblighi verso Roma. L'Italia poi, liberata dalla pressione dell'Austria, rafforzò l'alleanza colla Prussia, la quale era divenuta la prima potenza del continente, fiaccata la Francia, e inseguiva ora in Germania gli stessi ideali che aveva, in Italia, inseguito la Savoia.
Nell'autunno 1866 si sentì profetizzare che conseguenza di quegli avvenimenti doveva essere necessariamente la caduta del potere temporale dei Papi. Si avvicinava il momento in cui doveva cessare, secondo la convenzione del 15 settembre 1864, l'occupazione francese di Roma.
Ci si domandava se Napoleone si sarebbe attenuto strettamente a questa convenzione, cioè se avrebbe ritirato le sue truppe, e, nel caso affermativo, che sarebbe avvenuto del Papato. Sarebbero sufficienti le truppe pontificie, pochi reggimenti romani e pochi reggimenti stranieri, ad assicurare l'ordine nelle provincie dello Stato? Si diceva infatti che queste provincie si fossero legate con giuramenti segreti a sollevarsi al primo appello del Comitato Centrale mazziniano di Firenze. Per la difesa personale del Papa Napoleone aveva costituito la legione di Antibo. Questo corpo di 1200 uomini, in gran parte francesi, al comando del colonnello d'Argy, nel settembre 1866 era già sbarcato a Civitavecchia, ed era andato in guarnigione a Viterbo.
La caduta di Palermo in mano alle bande di Bentivegna (16 settembre), in cui potere rimase per 6 giorni, produsse in Roma un'impressione profonda: non poteva accadere qui alcunchè di simile dopo il ritiro delle truppe francesi? L'eccitazione divenne nell'ottobre assai acuta. Si parlava di diserzioni numerose nella legione di Antibo. Si sparsero notizie di un memorandum di Napoleone al Papa, nel quale costui, accennando agli eccessi di Palermo, proponeva che fosse accolta in Roma, dopo il ritiro delle sue truppe, una guarnigione italiana. Si parlava di dirette trattative fra Pio IX e Vittorio Emanuele per una riconciliazione.
Il 29 ottobre il Papa tenne un discorso ai cardinali, il quale fece cadere d'un tratto ogni speranza in questo senso. Pio IX protestò contro tutti gli atti del Governo italiano; anche, dopo la pace di Praga, non voleva saper nulla dei diritti della nazione italiana; considerava gli Italiani eretici ribelli, e finalmente esprimeva la sua risoluzione di lasciar Roma, se le circostanze lo richiedessero.
Vi era un partito di fanatici, che avrebbe voluto spingere il Papa ad andare in esilio. I Gesuiti desideravano la sua fuga non meno del partito democratico. Questo sperava di porre Roma a capo della Rivoluzione, e di proclamare la Repubblica in Campidoglio. Quelli non desideravano di meglio che di gettare l'Italia nell'anarchia coll'esilio del Pontefice, di suscitare le querele e gli aiuti dei cattolici di tutto il mondo, e finalmente l'intervento delle Potenze per ristabilire—possibilmente—lo Stato della Chiesa, come nell'anno di grazia 1815. Solo i moderati—e formavano la maggioranza—sostenevano concordi che il Papa doveva rimanere in Roma. Malgrado tutto essi speravano nella possibilità di un accordo col Papa, superando tutti gli ostacoli inerenti strettamente al sistema ecclesiastico—di un accordo con un Pontefice cui avevano tolto una gran parte dei suoi Stati, e la cui sede, Roma, era reclamata come capitale della nazione italiana. Si pretendeva un atto di sacrificio e di abnegazione da questo sovrano, un atto di cui la storia reale di nessuno Stato e di nessun monarca avrebbe potuto fornire un esempio! Il potere temporale è un principio antievangelico, ma è anche una condizione di cose che dura da oltre mille anni, e di tale importanza per la posizione del Papato, che questo dominio temporale potrà essere soppresso solo per mezzo di una riforma dei rapporti fra gli Stati europei. È vero che questa è già incominciata; ma finchè essa non sarà compiuta, nessun Papa intendenderà di rinunciare alla sua potenza temporale.
Il Governo italiano sembrava inclinato ad accettare trattative; esso affermava che, secondo gli articoli della Convenzione di settembre, non avrebbe, dopo il ritiro dei Francesi, nè attaccato il dominio pontificio, nè sopportato che altri lo attaccasse. Esso mandò truppe ai confini, per sorvegliarli, cioè per impedire che bande di volontari riuscissero a penetrare negli Stati del Papa. Intanto il Governo francese si dava pensiero di pareggiare la differenza del Debito pubblico dello Stato pontificio; e calcolava gli arretrati, per le provincie della Chiesa annesse all'Italia, in 12 milioni da pagarsi al Pontefice. Fece sapere al Governo italiano che era opportuno che mettesse all'ordine il partito d'azione, del quale si sapeva bene che, firmando la Convenzione di settembre, era intimamente risoluto a calpestarla alla prima occasione. Lo scopo dei democratici non era certo un segreto; avrebbe il Governo italiano autorità sufficiente per frenarne l'impeto? Dopo il ritiro dei Francesi essi volevano provocare la caduta del Papato e l'annessione di Roma all'Italia come sua capitale, facendo scoppiare la rivoluzione negli Stati pontificii e costringendo così il Governo italiano a rompere la Convenzione e marciare su Roma, sia col consenso di Napoleone, se egli voleva riconoscere per la seconda volta il fatto compiuto, sia senza, se egli intendeva di intervenire, e di opporsi all'esercito italiano.
Mentre il prossimo ritiro dei Francesi impensieriva la Curia e faceva sorgere in essa il dubbio, se fosse preferibile per il Papa, inerme di fronte alla rivoluzione, di abbandonare la città o di restarvi, i nazionali agitarono la questione: che cosa doveva fare il popolo romano in questo stato di cose. In novembre si pubblicò uno scritto: Il Senato di Roma e il Papa, che fu segretamente fatto pervenire agli ambasciatori, ai cardinali e ai notabili di Roma. Si risvegliavano in esso antiche idee di indipendenza municipale; le ombre di Cola di Rienzo, di Lorenzo Valla e di Stefano Porcari parlavano di nuovo ai Romani. Ma è dubbio se queste ombre apparissero in Roma per proprio conto, o, se, evocate in un gabinetto fiorentino, fossero poi mandate a Roma. Quello scritto cercava di dimostrare, rifacendosi a studiare la storia del Medioevo, che Roma non era mai stata in uno stato di sudditanza diretta e propria col Pontefice, che essa conservava ancora il suo diritto all'autonomia e che, ritiratisi i Francesi, si doveva ristabilire in Campidoglio il Senato e l'autorità municipale del popolo, e chiamare per plebiscito Vittorio Emanuele a farsi incoronare Re d'Italia in Campidoglio.
Ecco la chiusa di quel notevole scritto: «Passato è il tempo della violenza; le truppe francesi che per sedici anni hanno occupato Roma sono sul punto di abbandonarla; le milizie romane del papa vacillano: deboli per disciplina e per numero, esse sentono la vergogna di servire sotto un vessillo che non è quello della patria; le truppe mercenarie sono poche e malfide, e temono lo sdegno del popolo che mal tollera di vedersi limitato e impedito da una schiera di avventurieri l'esercizio di un sacro diritto. Il popolo romano vuole partecipare alla vita d'Italia; la gioventù si è già dichiarata, e alcuni patrizi si sono arruolati sotto la bandiera del Re. Tutti i cittadini infine vogliono pace, ordine, libertà, e non hanno intenzione di dipendere dall'arbitrio di cupidi condottieri o di pazzi ultramontani. Il Clero stesso, quel Clero romano, semplice, colto e virtuoso che non amoreggia con la Curia e con gli stranieri, desidera di unir la sua voce a quella di Milano e di Venezia. In una parola, la rivoluzione morale è compiuta. Se gli animi sono ancora tranquilli, se nulla è accaduto finora, ciò è perchè non si vuole in nessun modo turbare il tanto sospirato ritiro dei Francesi da Roma con un inopportuno movimento.