Ma ben presto uno strano avvenimento doveva di nuovo convergere gli occhi del mondo su Napoli, un avvenimento che non si ripeteva più da secoli e che prometteva ora di avere conseguenze molto durevoli. Il 27 novembre giunse in Napoli il conte Spaur, ambasciatore di Baviera presso la Santa Sede, per consegnare nelle mani del re la seguente lettera:

«Sire! Il momentaneo trionfo dei nemici della Santa Sede e della religione hanno costretto il Capo della Chiesa cattolica di lasciare Roma. Io non so in quale punto della terra la volontà del Signore, al quale io affido umilmente l'anima mia, vorrà dirigere i miei passi; frattanto io mi sono rifugiato con alcune persone fedeli negli Stati di V. M. Io non so quali possano essere le vedute di V. M. a mio riguardo e non sapendolo, reputo mio dovere farle conoscere per mezzo del conte Spaur, ministro di Baviera presso la Santa Sede, che io sono pronto a lasciare il territorio napoletano se la mia presenza negli Stati di V. M. può diventare causa di timore o di difficoltà politiche. Pio IX».

Alle sette del mattino dopo, il re con tutta la sua famiglia s'imbarcò su di una nave per andare a Gaeta. Lo stesso papa che con le sue riforme aveva infiammato il movimento italiano e il di cui nome era stato gridato come un simbolo di rivoluzione in tutte le città in rivolta, veniva ora a chiedere, fuggitivo, l'ospitalità della Corte di Napoli. La Corte l'accolse con entusiasmo, lo fece alloggiare nel palazzo del governo di Gaeta e questa Gibilterra di Napoli divenne la Coblenza d'Italia, il centro della reazione.

Frattanto erano continuate le trattative per risolvere la questione di Sicilia. Ferdinando si piegò talmente alle pressioni della Francia e dell'Inghilterra che offrì il seguente ultimatum: la costituzione sulle basi di quella del 1812; il governatore siciliano o di sangue reale; l'amministrazione interna del tutto separata da quella di Napoli; ma esercito e flotta in comune e tutti i rapporti con l'estero trattati solo da Napoli. Concedeva inoltre un'amnistia, eccetto che per 45 persone, che dovevano abbandonare l'isola.

Gli ammiragli stranieri consegnarono a Palermo questo ultimatum assai benevolo. Ma le cose erano già andate troppo oltre, e per di più i Siciliani non avevano nessuna fiducia in quel re falso che già aveva violato la costituzione di Napoli. In quelle concessioni vi erano parecchi punti che dovevano col tempo rendere illusoria la costituzione. Tra gli altri il fatto che la nobiltà siciliana era minacciata di perdere i suoi diritti, perchè il re si riservava il diritto di nominare i membri della Camera Alta. E il Parlamento rispose all'ultimatum con un invito all'insurrezione generale (20 marzo 1849):

«Siciliani! Per noi il grido di guerra è grido di gioia! Il 29 marzo, giorno in cui cominceranno le ostilità con il despota di Napoli, sarà salutato con la stessa gioia, con cui fu salutato il 12 gennaio, perchè ci sarà possibile conquistare la libertà col prezzo del nostro sangue. La pace che vi si offre è vergognosa. Distrugge in un colpo tutto il bene che ci è venuto dalla rivoluzione. Voi avete meritato l'attenzione di tutta l'Europa; ma che avrebbe detto l'Europa, se vi foste mostrati poco gelosi dei nostri diritti, se vi foste piegati al fraudolento despotismo di un tiranno? Siciliani, quantunque la vittoria sia incerta, pure una Nazione, il di cui onore è un giuoco, ha, come un individuo, il sacrosanto diritto di sacrificarsi. È meglio seppellirsi sotto le rovine della patria, che dare all'Europa lo spettacolo di una inaudita viltà. La morte è da preferirsi alla schiavitù. Ma no, noi vinceremo, noi confidiamo nella santità della nostra causa e nella forza delle nostre armi. Pensate alla disperazione e alle rovine di Messina! La guerra è per noi simbolo di vendetta e di pietà. Un'unica città di Sicilia geme sotto il giogo del nemico della libertà. Alle armi! Alle armi! Vittoria o morte!»

Che cosa dava efficacia a questo manifesto? Quali erano i mezzi di difesa? quali i generali ed i capi del popolo? Quando i Magiari si sollevarono in circostanze simili, l'Europa attonita vide sorgere in un baleno una schiera di talenti organizzati e di generali, che in ogni epoca avrebbero potuto figurare come geni militari. Ma i Siciliani non avevano nessun uomo veramente superiore. Questo popolo appassionato ed intelligente era troppo indebolito dalla lunga schiavitù in cui i Borboni l'avevano tenuto; quella nobiltà feudale, così vigorosa nel medioevo, aveva perduto le qualità guerresche e brillava solo nelle arti della pace e del lusso.

Mieroslawoski, un Polacco di un talento molto dubbio, comandava il così detto esercito nazionale siciliano, 20.000 uomini appena di truppe regolari, tra i quali si trovavano parecchi Francesi e Polacchi. Nessuna meraviglia quindi che la guerra dell'indipendenza finisse così miseramente. Niente altro che scaramuccie e qualche scontro un po' più serio. Le ostilità cominciarono il 4 aprile, ed anche questa volta furono gli Svizzeri che fecero trionfare il partito dell'assolutismo. Filangieri da Messina si portò verso Taormina, la famosa città quasi imprendibile che domina la grande strada, tanto che egli si aspettava di trovarvi una resitenza assai pericolosa. Ma quantunque difesa da 4000 uomini e da nove cannoni, quella importante posizione fu conquistata in poche ore. Filangieri proseguì subito la sua avanzata verso Catania, occupando Aci Reale, accolto con simpatia dalla popolazione. Di qui a Catania, la bella città ai piedi dell'Etna, non vi sono che poche ore di marcia. Poichè a Catania si era riunito il grosso delle truppe siciliane, era da aspettarsi una battaglia campale. Il 5 aprile la città venne circondata per mare e per terra; le navi da guerra si ancorarono davanti al porto, la cui entrata era difesa da tre batterie. Il giorno dopo le truppe e le navi si avanzarono contemporaneamente, e la lotta incominciò. La legione straniera combattè valorosamente, ed anche i Catanesi si comportarono da eroi, ma la resistenza ebbe poca durata. Gli Svizzeri forzarono porta S. Agata, e penetrarono nella città dopo una breve lotta per le strade; si ripetettero le uccisioni, i saccheggi e gli incendi di Napoli e di Messina. La strada Etnea, la più bella di Catania, venne interamente devastata; anche il museo Biscari fu saccheggiato, e molte opere di gran pregio andarono perdute o distrutte.

Caduta Catania, Mieroslawoski fece da Regalbutto ancora un tentativo di sopraffare i Napoletani, ma respinto, dovette con gli avanzi delle sue truppe rifugiarsi nell'interno dell'isola. Siracusa, Augusta e Noto caddero senza colpo ferire. Tutta la costa orientale era stata riconquistata in pochi giorni, e oramai Filangieri poteva marciare tranquillamente su Palermo.

Il Parlamento, alla notizia che quei luoghi così importanti erano caduti in mano del nemico, era piombato in un grande sgomento. Il popolo cominciò ad agitarsi e a lamentarsi, e ben pochi pensarono ad una seria resistenza. Non venne nemmeno presidiato Castrogiovanni, l'antica Enna che i Bizantini ed i Saraceni avevano per tanti anni occupata. L'imprevidenza di tutti non aveva confine; mancava insomma il Garibaldi di quella lotta. E così accadde che il Ministero propose al Parlamento di sottomettersi. La Camera Alta accettò la proposta all'unanimità, la Camera dei Deputati con 60 voti favorevoli contro 30, e subito dopo si tentò di ottenere la mediazione dell'ammiraglio Baudin. Filangieri aveva raggiunto già Caltanissetta insieme con le sue truppe, quando fu raggiunto da una deputazione, della quale facevano parte il conte Lucchesi Galli, il principe di Pallagonia ed il marchese di Rudinì, con la notizia che Palermo si arrendeva senza condizioni. A dire il vero, i radicali, capitanati da Scordati si erano ribellati, avevano formato un governo provvisorio e si preparavano alla difesa, così l'8 ed il 9 maggio avvennero anche combattimenti con le truppe.