Nella deserta città entrò Imilcone dopo 8 mesi di assedio. Quelli che vi erano rimasti, furono trucidati. Si dice che il ricco Gellia, rimasto in vita, si nascondesse nel tempio di Atena e quando vide che gli Africani non risparmiavano nemmeno gli Dei, incendiò il tempio e perì con le sacre offerte.
Il bottino d'Agrigento, che non era stata mai conquistata da nessun nemico e che, secondo l'affermazione di Diodoro, era allora la più ricca città ellenica, dovette essere stato immenso. Imilcone mandò le opere d'arte più preziose a Cartagine, che poi caddero nelle mani dei Romani. Fece quindi devastare Agrigento e bruciare i templi. Tracce d'incendio si vedono ancor oggi in parecchi architravi. E dopo che i Punici vi ebbero svernato, Imilcone distrusse completamente la città. Come racconta Diodoro, fece infrangere tutte le opere d'arte dei templi, ritenendo che il fuoco non le avesse sufficientemente annientate. La cultura subì allora una perdita inestimabile, proprio nel fiorire del tempo di Pericle; avendo inoltre molte altre guerre devastatrici funestata la Sicilia, il suolo dell'isola è rimasto assai impoverito. I popoli che distrussero la Sicilia greca, il Cartaginese e il Romano, erano egualmente barbari.
Questo terribile destino aveva colpito Agrigento nell'autunno dell'anno 406 prima della nascita di Cristo e d'allora in poi la città non si sollevò, sebbene una nuova popolazione vi si stabilisse. Corinzio la popolò con una colonia nell'anno 341, sicchè a poco a poco si rialzò. Essa persino si sollevò durante la tirannide di Agatocle di Siracusa, mentre questi era occupato nel suo strano viaggio in Africa allo scopo di assoggettarsi tutta la Sicilia. Però il piano fallì e Agrigento cadde di nuovo in potere degli Africani.
Sorse in seguito, come tiranno, Finzia, un nuovo Falaride. Gli Agrigentini lo cacciarono via e si diedero a Pirro di Epiro, la cui signoria fu però assai breve. La città divenne di nuovo cartaginese ed anzi una delle loro piazze principali, nella guerra contro i Romani; essi mantennero questa città ancora dopo la caduta di Siracusa. Nella prima guerra punica fu di nuovo in Agrigento un figlio di Annibale, Giscone con 50,000 uomini.
I consoli L. Postumio e Q. Emilio circuirono Agrigento con 100,000 uomini, dove Annibale si difendeva accanitamente. Avendo però Annibale fatto una sortita per liberarsi, ed essendo stato battuto, i Cartaginesi furono sloggiati dalla città. I Romani l'avevano assediata per 7 mesi, e quando vi entrarono, massacrarono il popolo con accanito furore e lo trattarono più iniquamente di come i Punici avevano fatto una volta. I cittadini rimasti in vita furono tutti tratti in schiavitù (262 a. C.). Non molto tempo dopo però ricadde Agrigento in potere del generale cartaginese Cartalus che fece distruggere e incendiare l'infelice città. Quando cadde Siracusa si trovavano ancora in Agrigento Epecide, Annone e Mutines contro Marcello. Mutines fu un Punico d'Ippona, che aveva spinto il grande Annibale in Italia; egli ottenne dei brillanti successi comandando la cavalleria, sì che tutta la Sicilia era piena del suo nome. Annone invidioso, gli tolse il comando e Mutines, per vendetta, cedette Agrigento ai Romani. Notte tempo aprì le porte della città al console Lavinio. Annone ed Epecide ebbero appena il tempo di salvarsi su di una barca. Coll'usata ferocia i Romani punirono Agrigento, i maggiorenti della città furono uccisi, i rimanenti furon venduti come schiavi.
D'allora la bella città di Empedocle e di Tirone si perdette nella storia.
Al tempo degli Elleni si distinse per nobili intelletti. Le diedero lustro Empedocle, Pausania, Acrone il filosofo, oratori e medici, Proto scolaro di Gorgia, Dinoloco lo scrittore di commedie, Phaas l'architetto, Metello il maestro di Platone, nella musica, Fileno lo storico e ancora nel tempo della miseria, quando Verre rubò alla decaduta Agrigento gli ultimi tesori che la grazia dello spogliatore di Cartagena gli aveva lasciati, onorò la sua patria Sofocle, difendendola davanti ai Romani contro quel ladro.
Si può supporre che Agrigento, prima delle ultime conquiste si sia limitata al Kamikus, dove sta anche oggi, da 2000 anni durevole nella miseria come nello splendore. Nell'anno 825 la presero i Saraceni, i successori dei Punici provenienti dalle stesse terre. Il loro ultimo emiro, Kamul, vi fu sconfitto nel 1106 dal conte Ruggiero. D'allora Agrigento diventò feudo di nobili famiglie cadendo sempre più in basso, arrivando ad una popolazione di soli 16,000 abitanti.
Passando sul colle di Minerva si raggiunge quella fila di templi che stanno sul confine meridionale delle mura della città. La loro vista sullo sfondo del mare Libico, quando il sole ardente illumina le loro pietre gialle e fa sfavillare le colonne potenti, è ancor oggi incantevole; e fa pensare quanto stupenda dovesse essere nell'antichità.
Il bel tempio di Giunone Lucina è il primo della serie. S'innalza su di un piccolo colle, ed è a metà distrutto; soltanto da una parte esistono ancora le sue 13 colonne doriche che sostengono l'architrave.