Il primo custode dell'orto fu Luigi Anguillara bolognese, di cui abbiamo un libretto non dispregevole in materia di piante. Fu condotto al pubblico servizio nel 1546.
Nel 1551, non corrispondendo forse l'Anguillara all'aspettazione, fu dalli riformatori esortato e persuaso il patrizio Pierantonio Michiel, versatissimo nello studio delle piante, a volersi trasferire a Padova e assumere la direzione dell'orto, come fece, e sostenne per quattro anni tal carico, ne' quali moltissimo contribuì alla popolazione e fama dell'orto medesimo, trovato da esso in istato di somma povertà e desolazione, come afferma in una sua lettera all'Aldovrandi che trovasi tra' manoscritti di questo celebre autore, li quali si conservano nella libreria dell'Istituto di Bologna. Esiste presso lo scrittore di queste memorie un prezioso manoscritto del Michiel in cinque volumi in foglio, con bellissime figure miniate, degno, quanto il suo autore, d'essere fatto noto al mondo letterario[[3]].
È di quei tempi, e forse lavoro di Daniele Barbaro promotore e gran fautore di codesta impresa, la seguente bellissima iscrizione, che contiene le leggi poste dal principe a questo suo prediletto stabilimento, collocata sopra il portone d'ingresso, dove tuttora si legge:
| TRIVMVIRI LITTERARII. | |
| I | PORTAM HANC DECVMANAM NE PVLSATO ANTE DIEM |
| MARCI EVANGELISTAE NEC ANTE HORAM XXII. | |
| II | PER DECVMANAM INGRESSVS EXTRA DECVMANVM |
| NE DECLINATO. | |
| III | IN VIRIDARIO SCAPVM NE CONFRINGITO NEVE |
| FLOREM DECERPITO NE SEMEN FRVCTVMVE | |
| SVSTOLLITO RADICEM NE EFFODITO. | |
| IV | STIRPEM PVSILLAM SVCCRESCENTEMQVE NE ATTRE |
| CTATO NEVE AREOLAS CONCVLCATO | |
| TRANSILITOVE. | |
| V | VIRIDARII INIVRIA NON AFFICIVNTOR. |
| VI | NIHIL INVITO PRAEFECTO ATTENTATO. |
| VII | QVI SECVS FAXIT AERE CARCERE EXSILIO MVLTATOR. |
Ben presto divenne il giardino di Padova famoso per tutta l'Europa, e merita esser qui riferito un passo di Pietro Bellonio illustre autor francese di que' tempi, tratto dal suo libretto che ha per titolo: Les Remonstrances sur le default du labour et culture des plantes etc., stampato in Parigi nel 1588. 8.° Si la prudence d'une seigneurie de Venise eust faict fabriquer un theatre de Marbre bien enrichi d'or et d'argent, elle ne se fust acquis si grande recommandation d'honneur par luy, qu'elle a faict avec un de terre faict pour iardin, la ou ils ont eslevè et faict naistre
maints arbres, et herbes, et telles choses rares au grand bien de leur republicque et ornament d'icelle, et proffit des estrangers qui viennent illec pour apprendre les disciplines en leur université de Padoüe etc. (p. 70 t.). E poco dopo: Voila donc comment les grands seigneurs, et republiques reçoivent souventesfois honneurs souverains des choses estimées petites, à l'exemple de ce theatre, qui leur a servi de trompette, pour augmenter leur renomée et reputation autant que chose qu'ils agent sceu inventer depuis cent ans, et qu'ils inventeront d'icy à tel temps (p. 71 t.).
Ma in questo ritornato, dopo quattro anni di soggiorno fatto in Padova, il Michiel a Venezia, dove aveva e coltivava un giardino de' semplici proprio congiunto alla sua abitazione in contrada di san Trovaso, tutta la cura di questo di Padova rimase appoggiata al suddetto messer Luigui Anguillara fino all'anno 1561 in cui chiese ed ottenne il suo congedo.
All'Anguillara fu sostituito Melchior Guilandino con ducale 20 settembre 1561, e col semplice carico di custodire e governare l'orto de' semplici; al quale poscia con altra ducale 1565 20 febbrajo more veneto, e con aumento di stipendio, fu aggiunto l'obbligo di leggere, dichiarare, e mostrare alli scolari nel medesimo