Mentre ciò accadeva a Milano, un bel giorno arrivò al campo, col mandato d’arresto, l’auditore di Sanità Gaspare Alfieri, lo stesso che aveva esaminati il Mora ed il Piazza. Il marchese Manfrino Castiglioni, commissario generale, intimò al Padilla, per ordine di S. E., che si costituisse prigione nel castello di Pomate. Et esso sig. D. Giovanni con ogni prontezza se ne andò di longo al castello; ma prima senza che alcuno glielo dimandasse, si levò dalle calci una borsa senza quattrini, con dentro una reliquia et un’altra con dentro alcune lettere che erano d’amore e scritti alla francesa o fosse piemontesa, e le consegnò al Castiglioni, che gettolle al fuoco.

L’Alfieri fece una minuta perquisizione delle sue robe, ma senza trovare nulla di sospetto e nemmeno denari, giacchè il nostro D. Giovanni, quantunque facesse debiti allegramente, non haueua mai un soldo.

Dopo essere rimasto qualche tempo nel castello di Pomate, venne condotto in quello di Pizzighettone, dove era libero sulla data parola di girare nel recinto. Spensierato ma leale, non pensava nemmen per sogno violarla, e fermavasi sul limitare del castello ogni qualvolta accompagnava gli amici che lo visitavano. E tanta fiducia avevasi in lui che morto il comandante di Pizzighettone, egli ne fe’ le veci sino all’arrivo del successore.

Alfine, dopo parecchi mesi, giunse l’ordine del Senato di tradurlo a Milano. Il capitano D. Cristoforo Caviglia andò a pigliarlo da Codogno, e, cavalcando uniti da buoni amici, giunsero a Milano la sera del 9 gennajo 1631. L’ordine portava di consegnare il Padilla al giudice della causa, ma il Caviglia, che da vero soldato nulla sapeva nè di giudici nè di uffizj, mandò uno de’ suoi uomini a prender lingua, e intanto coll’amico si mise a passeggiare su e giù nella chiesa di Sant’Antonio, non discosta dal Palazzo di Giustizia. Il messo tornò, dicendo aver trovate chiuse le porte, ed il Caviglia, stanco della lunga cavalcata, s’avviava per dormire all’albergo. Se non che D. Giovanni, colla puntigliosa esattezza d’un castigliano, rispose che voleua andare consegnarsi prigione.

E quasi non vi riuscì, perocchè il custode del Capitano di Giustizia, non avendo ordini, gli diede per grazia una camera. La mattina vegnente, messo in prigione in tutte le regole, fu interrogato, ma siccome, cessata omai la peste, e con essa lo spavento degli untori, le cose avevano ripresa l’ordinaria lentezza, soltanto il 9 maggio il Senato decretò che si procederebbe contro l’inquisito come reo d’aver fabbricati e sparsi gli unti in Milano.

Il 24 luglio cominciò il Padilla a produrre le sue giustificazioni per testimonj, e continuò più d’un anno, dovendo far esaminare parecchi soldati della sua compagnia, i quali si trovavano nelle Fiandre; stante le difficili e scarse comunicazioni a quei tempi, vi volevano mesi per avere le risposte.

Il Padilla provò con un gran numero di testimonj di non avere abbandonato il campo per recarsi a Milano che una sola volta nella quaresima, dando minuto conto delle poche ore che rimase con suo padre. Deposero in favor suo soldati, uffiziali d’ogni grado, e lo stesso governatore Spinola. Il commissario generale della cavalleria Montera disse: Se bisognasse entrare in un fuoco per mantenere questa verità, purchè li miei peccati non resistessero, io v’entrerei sicuro di riuscirne salvo. E il tenente Pojetta: Dio perdoni a chi ha fatto male a questo cavagliere, perche sibbene io ho ricevuto male da lui, perche m’ha levata la tenenza sua al torto, non posso di manco, che non dica la verità che questo cavagliere non è mai mancato in tutta la campagna fuorche questo mercordì santo ed il giorno di S. Pietro. Inoltre l’accusato provò come durante il mese di giugno, essendo straripate le acque del Tanaro, della Sesia e del Ticino, e chiusi tutti i passi a motivo della peste, egli era nell’impossibilità di venire inosservato dal suo campo, lontano novanta miglia, a Milano, come l’avevano accusato il Mora e gli altri.

Quanto all’accusa di essere capo degli untori, egli la ribattè vittoriosamente, confrontando ad una ad una le deposizioni del Mora e del Piazza ne fe’ risultare le incongruenze, le assurdità, le false date, e dimostrò le loro confessioni non attendibili, poiche oltre all’essere tante volte spergiuri (il qual vizio non si può purgare colla tortura se non una volta sola) inverisimili, falsi, vili, et infami si scoprono, e nei particolari esami loro tanto varj che non si può far certo giudizio sopra quale delle loro deposizioni debbasi fondare il fisco. E per le quali contrarietà tanto manifeste che risultauano e risultano dal detto processo era pur necessario, essendo l’accusato in prigione far qualche confronto tra il sudetto, il Mora e gli altri perche di tanto delitto si potesse finalmente cauar la verità. Inoltre queste confessioni estorte a furia di tormenti non fanno prova contro li nominati, perche vedendosi questi scellerati persi et condannati, si movono a nominare persone grandi, sperando saluarsi mediante il studio o privilegio delli nominati, o almeno portar in longo l’esecutione della loro condanna.

E tolse ogni ombra di dubbio con una scrittura che troncava di netto la questione. I difensori del Padilla avevano introdotto fra i testimonj un capitano Gorini, il quale raccontò, che trovandosi in prigione, mentre il Piazza era in confortatorio, l’aveva udito altercare con doi padri capucini; Ed io mi leuai dal letto così in camisa, et andai all’uschio et dando orrecchio al detto contrasto quale durò circa mezzora sentei che detto Commissario strepitaua et diceva che moriua al torto per essere stato assassinato sotto promessa et che perciò si voleuano far perder l’anima. Insomma li padri capucini partirono senz’hauerlo potuto disporre a confessarsi nè a far atto di contrizione. In quanto a me m’accorgei che lui haueva speranza che si douesse retrattare la sua causa e agiutarlo. Partiti che furono i capucini io mi misi li calzoni et gippone et andai dal detto commissario, pensando far atto di carità col persuaderlo a disporsi a ben morire in grazia di Dio come in effetto posso dire che mi riuscii. Poiche li padri non toccarono il ponto che toccai io; qual fu che l’accertai di non hauer mai visto ne sentito dire che il Senato retrattasse cause simili dopo seguita la condanna. Anzi li dissi che se hauesse trouato altrimenti mi accontentauo di morir per lui.

Il Piazza, rassegnatosi, gli domandò come potesse sgravarsi la coscienza di aver indebitamente aggravati innocenti, ed il Gorini gli suggerì di rivolgersi per consiglio al cappuccino che l’assisteva. Avuti questi dati, riuscirono a trovare l’anzidetta scrittura che era nelle mani di un prete Francesco Gallarati Varese, coadjutore nel 1630 a San Vito in Pasquirolo, e conteneva le proteste del Mora e del Piazza, dettate al Padre Giacinto cappuccino loro confessore la notte prima di andare al supplizio.