Altre autorità minori, col titolo di capitanati, furono erette da Landolfo arcivescovo milanese, uno a Carcano, l'altro a Pirovano e Missaglia, ed il terzo ad Incino di cui investì tre suoi fratelli. Capitanati erano Lomagna, Trezzo, Besana, Agliate, Mandello, Carimate, Mariano ed Asso.
Quando i Milanesi, sottomessi i nobili, si dichiararono in repubblica, i nostri avi, togliendone l'esempio, si affrancarono dai loro conti rurali, abbandonandosi alle violenze repubblicane, e scannandosi fratelli con fratelli. Miserabili ricordanze! Ma ben presto fummo di nuovo sudditi dei feudatarj milanesi, che continuarono ad opprimerci, fin quando furono essi alla loro volta domati da Federigo Barbarossa.
Durante le guerre tra i Milanesi e gli Alemanni, ai tempi di Federigo, noi fummo divisi di parte e di consiglio. Alcuni sull'esempio d'Algiso, abate di Civate, spalleggiarono il Barbarossa; altri, sostenendo i padroni dei nostri campi, combatterono pei Milanesi. Federigo, prevalendosi dell'ajuto dei primi, volle abbattere i secondi, e i Milanesi fecero lo stesso alla loro volta. Finalmente la battaglia di Tassera o di Carcano o d'Orsenigo, come la chiamano, (9 agosto 1160) pose termine alle contese fra noi segnalando il totale trionfo dei Milanesi. Gli uomini d'Erba e d'Orsenigo, mentre il combattimento pendeva indeciso, recando un improvviso soccorso ai Milanesi diedero il tratto della bilancia in favore di questi, onde da quel momento Erba ed Orsenigo furono donate dai Milanesi del diritto di cittadinanza, ripetuto poi da Ottone Visconti, dagli Spagnuoli e dai Tedeschi.
Ma la pace fu breve. I Milanesi ristorate le fumanti ruine della loro patria, si lacerarono tosto con intestine discordie, che rimasero sopite dalla Pace di Lecco (1223), ma che furono poi rinfrescate da Ardigotto Marcellino, che mise a nuovo rumore la città (1224).
Noi imitando l'esempio de' Milanesi ci dichiarammo repubblica, eleggendo a podestà generale della Martesana Enrico da Cernusco, e subalterno Pietro Cano da Agliate. Ma questa condizione di cose durò poco tempo, poichè ristabilita la fazione de' patrizi non solo i due nominati podestà furono obbligati a salvarsi colla fuga, ma i Brianzuoli finirono col perdere i rettori, i capitani e perfino i confalonieri, non rimanendo loro che i consoli comunali.
In quel tempo, i più ricchi possidenti della nostra Brianza erano il monastero di Sant'Ambrogio, da cui dipendevano Limonta e Civenna; l'arciprete di Monza che godeva la giurisdizione feudale sulle terre d'Oggiono, Sirone, Cassago, Monticello, Casirago, Massajola, Sorino, Maresso, Torrigia, Tresella, Castelmarte, le corti di Bulciago, Calpuno, e Velate, Monguzzo, Cremella ed Osnago e moltissime altre; il monastero di San Dionigi che possedeva alcune terre in Barzanò, Verzago, Cuciago, Merate, Pescate e Sabbioncello.
Intanto dalla Valsassina usciva una nuova potenza, che doveva passare dalla pace d'un umile paesello, al fasto d'un dominio potente, contendere colle prime autorità italiane, dare più presto de' re, che de' capitani, i quali sarebbero poi scomparsi, parte trafitti, parte condannati alle durezze dell'esiglio e delle prigionie.
Pagano della Torre, nativo di Primaluna, fattosi benemerito de' Milanesi, dopo la battaglia di Cortenova (1237), fu da essi nominato protettore del popolo, contro l'arcivescovo Leone, detto volgarmente da Perego dal nome del suo paesello natale.
Pagano trionfò, ma a mezzo delle sue vittorie cessò di vivere (6 giugno 1240) lasciando il protettorato a Martino degnissimo suo nipote, che proseguì le contese sanguinose coi nobili finchè la tregua di Parabiago (4 aprile 1257) sospese per qualche tempo lo scialacquo del sangue. Poco appresso l'arcivescovo Leone, infermatosi a Legnano, scese nella quiete della tomba, dopo la vita più tumultuosa ai 16 ottobre 1257.
A lui succedeva, come arcivescovo, Ottone Visconti, più uomo di guerra che di chiesa, il quale pieno d'ira contro i popolari milanesi si fece caporione dei patrizj di Milano e del contado, fra cui primeggiava Aliprando Confalonieri conte d'Agliate.