I Pisani avevano, per la libertà di Napoli, fatto uno sforzo ancora superiore a quello de' potenti loro alleati. Avevano armata una flotta di cento navi con cui entrando vittoriosamente nel porto vi ristabilirono ben tosto l'abbondanza[328]. Rivolsero in seguito le loro armi contro di Amalfi onde rivendicare l'affronto soffertovi due anni prima. La città s'affrettò di capitolare, ma i castelli di Scala e di Scalella che ne dipendevano avendo voluto resistere, furono presi a viva forza, ed abbandonati al saccheggio. Questo secondo disastro compì la rovina della repubblica d'Amalfi, che d'allora in poi andò sempre decadendo. A quest'epoca la sola città aveva cinquanta mila abitanti; e Brencman assicura che quand'egli v'andò in principio del secolo decimottavo ne contava appena mille[329]. Oggi ne ha sei in otto mila. Questa repubblica ebbe banchi di commercio in tutti i porti della Sicilia, dell'Egitto, della Siria, della Grecia, i quali furono tutti abbandonati, tosto che verso il 1350 i re di Napoli abolirono le forme repubblicane dell'interna sua amministrazione. Non pertanto due uomini nati in Amalfi illustrarono ancora questa città dopo perduta l'antica sua potenza; cioè Flavio Gioja che del 1320 inventò, o perfezionò la bussola, e Masagnello celebre capo della sedizione di Napoli l'anno 1647. Questo pescivendolo, giunto senza educazione al governo di un potente stato, si mostrò ancora superiore all'elevato rango in cui lo aveva posto l'azzardo, e meritò d'essere risguardato come padre di un popolo di cui aveva saputo calmare i furori.
La repubblica di Napoli non godette a lungo del suo trionfo sul re di Sicilia a cagione della discordia che si manifestò tra i suoi confederati nella presa di Salerno. Sdegnaronsi i Pisani che l'imperatore, senza il consentimento loro, segnasse la capitolazione di quella città, alla cui resa aveva contribuito la loro flotta quanto, o più dell'armata imperiale. Dal canto suo Innocenzo pretendeva, non si sa con quale fondamento, che Salerno fosse di spettanza della santa sede. Questa doppia contesa consigliò la ritirata de' confederati: i Pisani fecero vela per la Toscana, Corrado si mosse alla volta della Germania, ed il papa si stabilì in Roma. Ruggiero che non aveva omai in faccia che nemici vinti più volte, rientrò nel suo regno di qua del Faro. Salerno gli aprì le porte, sottomise Nocera, bruciò Capoa, e colla rapidità con cui le perdette, riebbe quasi tutte le province che gli furono tolte nella precedente campagna[330].
Innocenzo II, disgustato dell'imperatore, tentò di metter fine alla guerra ed allo scisma colle trattative. Tre cardinali del suo partito furono ammessi in presenza di Ruggiero a discutere contro tre altri del partito d'Anacleto i titoli della validità dell'elezione dei due competitori. Questa conferenza, come d'ordinario accade, lasciò tutti nella propria opinione; sicchè, quando fu terminata, i due papi si scomunicarono di nuovo perchè l'avversario non aveva voluto arrendersi all'evidenza delle proprie ragioni. Fortunatamente per la pace della Chiesa, Anacleto morì poco dopo; e quantunque i suoi partigiani si affrettassero di eleggere il successore, che prese il nome di Vittore III, Innocenzo con una grossa somma di danaro ne ottenne l'abdicazione e la cessazione dello scisma[331].
(1138) In un sinodo tenuto in Roma l'anno susseguente, Innocenzo rinnovò le censure fulminate prima contro Ruggiero ed i suoi aderenti, e per appoggiarle colla forza s'avanzò alla testa d'una piccola armata fino al castello di Galluzzo, di cui ne cominciò l'assedio, durante il quale fu sorpreso ed inviluppato dalle truppe di Ruggiero e di suo figlio, poste in fuga le sue truppe, ed egli, fatto prigioniero e condotto nel campo nemico.
La sorte di Napoli venne decisa da questa catastrofe. Innocenzo prigioniero sacrificò, senza difficoltà, i suoi antichi difensori al loro più caldo nemico; accordò a Ruggiero l'investitura di Capoa spogliandone lo sventurato suo amico Roberto; accordò pure al re di Sicilia l'onore di Napoli e delle sue dipendenze, vale a dire, la sovranità su questa repubblica, su cui i papi non avevano mai avuto verun diritto[332]. I Napoletani che avevano perduto il duca Sergio in una delle ultime battaglie[333], e che non sapevano a chi rivolgersi per ottenere soccorso, dovettero sottomettersi, cedendo alla necessità. Mandarono deputati a Benevento ad offrire la corona ducale al re Ruggiero, da cui furono uniti alla monarchia[334].
Il re che fin allora aveva trattati i paesi conquistati con estrema crudeltà, si mostrò più generoso verso i Napoletani. Confermò tutti i loro privilegi che non erano in opposizione col potere monarchico, e ne conservò l'amministrazione municipale, che mantennesi intatta quasi un secolo[335]. Intanto colla sommissione di Napoli a Ruggiero si spense affatto la libertà nell'Italia meridionale; e Napoli, perduta la sola prerogativa che possa rendere grandi le piccole nazioni, diventa straniera alla nostra storia. Quantunque crescesse in popolazione allorchè diventò la capitale del regno, le sue ricchezze ed il suo commercio diminuirono. Le leggi reali di Ruggiero, l'istituzione d'una nobiltà militare, l'introduzione d'una moneta falsificata posta in corso con infinito danno del commercio e dell'agricoltura, cavarono dagli occhi de' Napoletani amare lagrime sulla perdita della loro libertà[336].